Luận án tiến sĩ: Nghiên cứu PCR đa mồi trong chẩn đoán sớm tác nhân viêm phổi - ĐH Y Hà Nội

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƢỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGHIÊN CỨU PCR ĐA MỒI TRONG CHẨN ĐOÁN SỚM TÁC NHÂN GÂY BỆNH VÀ HƢỚNG DẪN ĐIỀU TRỊ TRONG VIÊM PHỔI BỆNH VIỆN Chuyên ngành : Hồi sức cấp cứu và chống độc Mã số : 9720103 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC HÀ NỘI - 2023 LỜI CẢM ƠN Để thực hiện thành công luận án này, tôi đã được giúp đỡ từ rất nhiều các thầy, các cô cùng với nhiều cá nhân và tập thể khác. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới các thầy, các cô, các bạn đồng nghiệp đã giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. Tôi xin trân trọng cảm ơn: - Ban giám hiệu, Phòng đào tạo sau đại học trường Đại học Y Hà Nội đã luôn tạo mọi điều kiện thuận lợi giúp tôi hoàn thành luận án. cùng toàn thể các thầy, cô trong Bộ môn Hồi sức cấp cứu Trường Đại học Y Hà Nội đã động viên và giúp đỡ tôi.

- Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin chân thành cảm ơn PGS. những người thầy đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và ủng hộ tôi trong suốt quá trình thực hiện luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn: - Ban giám đốc, tập thể Khoa Hồi sức tích cực và Đơn nguyên Hồi sức tích cực ngoại Bệnh viện Thanh nhàn đã tạo điều kiện cho tôi trong quá trình học tập và nghiên cứu. Tôi cũng xin bày tỏ lòng biết ơn tới các bệnh nhân điều trị tại Khoa Hồi sức tích cực nội, Đơn nguyên Hồi sức tích cực ngoại Bệnh viện Thanh Nhàn, Khoa Cấp cứu A9 bệnh viện Bạch Mai đã tham gia vào nghiên cứu để tôi có thể hoàn thành luận án này.

Đặc biệt tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới những người thân trong gia đình: bố, mẹ, anh chị, chồng, con đã luôn ở bên tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. Tôi xin ghi nhận, biết ơn những tình cảm và công lao ấy. Hà Nội, ngày 08 tháng 04 năm 2023 LỜI CAM ĐOAN Tôi là nghiên cứu sinh khóa , Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Hồi sức cấp cứu và chống độc, xin cam đoan: 1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của PGs.

Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này. Hà Nội, ngày 08 tháng 04 năm 2023 Người viết cam đoan DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Các chữ Tiếng Anh Tiếng Việt viết tắt Ac Acinetobacter baumannii Vi khuẩn Acinetobacter baumannii ALI Acute Lung Injury Tổn thương phổi cấp Acute Respiratory Distress ARDS Hội chứng suy hô hấp cấp tiến triển Syndrome ARR Absolute risk reduce Giảm nguy cơ tuyệt đối ATS American Thoracic Society Hội lồng ngực Hoa Kỳ AUC Area Under the Curve Diện tích dưới đường cong BAL Bronchoalveolar Lavage Dịch rửa phế quản phế nang Số lượng bạch cầu đa nhân trung tính/số BCTT/LP lượng bạch cầu lympho BMI Body Mass Index Chỉ số khối cơ thể BN Bệnh nhân Centers for Disease Control and CDC Trung tâm kiểm soát bệnh tật Hoa Kỳ prevention CĐ Chẩn đoán CFU Colony Forming Units Đơn vị khuẩn lạc Clinical Pulmonary Infection CPIS Điểm viêm phổi Score CR Carbapenem resistant Kháng thuốc carbapenem Enterobacter carbapenem CRE Enterobacter kháng carbapenem resistant CRP C- reaction protein Protein phản ứng C Ct Cycle Threshold Chu kỳ ngưỡng CTSN Chấn thương sọ não DNA Acid Deoxyribonucleic Phân tử di truyền Ec Escherichia coli Vi khuẩn Escherichia coli ETA Endotracheal Aspirate Dịch hút qua nội khí quản FDA Food and Drug Administration Cơ quan quản lý dược phẩm Hoa Kỳ FN False negative Âm tính giả FP False positive Dương tính giả ICU Intensive Care Unit Đơn vị hồi sức tích cực Infectious Diseases Society of IDSA Hội bệnh lý nhiễm trùng Hoa kỳ America Kp Klebsiella pneumoniae Vi khuẩn Klebsiella pneumoniae LR - Likelihood ratio negative Chỉ số khả dĩ âm LR + Likelihood ratio positive Chỉ số khả dĩ dương MDR Multidrug- Resistant Đa kháng thuốc Minimal Inhibited MIC Nồng độ ức chế tối thiểu Concentration MPCR Multiplex realtime PCR PCR đa mồi Methicillin-Resistant MRSA Tụ cầu vàng kháng Methicillin Staphylococcus NNT Number need to treat Số bệnh nhân cần điều trị NPV Negative predict value Giá trị dự đoán âm tính Pa Vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi PCT Procalcitonil Chỉ số sinh học của phản ứng viêm PPV Positive predict value Giá trị dự đoán dương tính PCT Procalcitonil Chỉ số sinh học của phản ứng viêm Bệnh phẩm lấy bằng chổi quét có bảo vệ PSB Protected specimen brushing qua nội soi phế quản RL Rối loạn RNA Acid Ribonucleic Phân tử di truyền RRR Relative risk reduce Giảm nguy cơ tương đối Sa Staphylococcus aureus Vi khuẩn Staphylococus aureus Se Sensitivity Độ nhạy Sp Specific Độ đặc hiệu TN True negative Âm tính thật TLTV Tỷ lệ tử vong TP True positive Dương tính thật TT Tổn thương VK Vi khuẩn VPBV Viêm phổi bệnh viện VPLQTM Viêm phổi liên quan thở máy XDR Extensively Drug-Resistant Kháng thuốc rộng rãi YTNC Yếu tố nguy cơ WHO World Health Organization Tổ chức y tế thế giới MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ.

1 CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN. Tổng quan về viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy:. Định nghĩa viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: 3 1. Dịch tễ học viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy:3 1.

Chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy: 5 1. Căn nguyên vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Sử dụng kháng sinh trong điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Ngày nằm viện và chi phí điều trị của viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy.

Điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Các kỹ thuật vi sinh chẩn đoán căn nguyên gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Kỹ thuật nhuộm soi trực tiếp:. Các kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn thông thường:.

Các phương pháp định danh vi khuẩn. Tổng quan về quantitative multiplex realtime PCR. Vài nét về PCR. Nguyên lý kỹ thuật PCR:.

Realtime PCR và Classical PCR. Quantitative multiplex realtime PCR. Tình hình nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật multiplex realtime PCR trong viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR ở Việt nam.

Tình hình nghiên cứu multiplex realtime PCR trong viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máytrên thế giới. Chiến lược sử dụng kháng sinh điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Các căn cứ cơ sở lựa chọn và sử dụng kháng sinh hợp lý điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Một số phác đồ kháng sinh cụ thể điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy.

36 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Đối tượng nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu.

Thời gian nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu. Thiết kế nghiên cứu. Tiêu chí đánh giá của nghiên cứu.

Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu. Tiến hành nghiên cứu. Quy trình nghiên cứu. Phác đồ điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy áp dụng trong nghiên cứu.

Thu thập số liệu nghiên cứu. Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu. 66 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Đặc điểm chung của hai nhóm bệnh nhân trong nghiên cứu.

Đặc điểm chung lúc nhập viện. Một số đặc điểm lâm sàng , cận lâm sàng thời điểm chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong trong nghiên cứu. Giá trị multiplex realtime PCR trong chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy.

Phân tích vai trò của multiplex realtime PCR trong điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Sử dụng kháng sinh phù hợp thời điểm chẩn đoán viêm phổi. Thời gian thở máy, thời gian nằm viện điều trị của hai nhóm bệnh nhân trong nghiên cứu. Tỷ lệ tử vong của các bệnh nhân trong nghiên cứu.

Số bệnh nhân cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm một bệnh nhân tử vong do viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. 95 CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN. Đặc điểm chung của hai nhóm bệnh nhân nghiên cứu:. Đặc điểm chung lúc nhập viện:.

Đặc điểm các bệnh lý đi kèm. Một số đặc điểm lâm sàng của hai nhóm. Một số đặc điểm cận lâm sàng thời điểm chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Các yếu tố liên quan đến tỷ lệ tử vong do viêm phổi trong nghiên cứu.

Giá trị multiplex realtime PCR trong chẩn đoán viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. So sánh khả năng phát hiện 5 loại vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy giữa multiplex realtime PCR và nuôi cấy thường quy. Sự phù hợp kết quả giữa multiplex realtime PCR và nuôi cấy thường quy đối với 5 loại vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR với từng loại vi khuẩn trong viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy 118 4.

Giá trị chẩn đoán của multiplex realtime PCR trong viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy do 5 loại vi khuẩn gây bệnh thường gặp. Phân tích vai trò của multiplex realtime PCR trong điều trị viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. Sử dụng kháng sinh phù hợp. Thời gian thở máy, thời gian điều trị, tỷ lệ tử vong do viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy của hai nhóm bệnh nhân trong nghiên cứu.

Số bệnh nhân cần áp dụng multiplex realtime PCR để giảm một bệnh nhân tử vong do viêm phổi bệnh viện, viêm phổi liên quan thở máy. 130 CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC BẢNG Bảng 1. Ngưỡng chẩn đoán viêm phổi của các mẫu bệnh phẩm. Tổng hợp các yếu tố nguy cơ mắc phải các vi khuẩn đa kháng.

Trình tự Primer-Probe sử dụng trong nghiên cứu .