Nghiên cứu đa hình thái đơn gen MUC1 và PSCA trên bệnh nhân ung thư dạ dày - Luận án TS

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ NGỌC LAN NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH THÁI ĐƠN GEN MUC1 VÀ PSCA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ DẠ DÀY LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI ========== NGUYỄN THỊ NGỌC LAN NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH THÁI ĐƠN GEN MUC1 VÀ PSCA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ DẠ DÀY Chuyên ngành : Hóa sinh Y học Mã số : 62720112 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. Đặng Thị Ngọc Dung HÀ NỘI - 2020 LỜI CÁM ƠN Trong suốt quá trình thực hiện đề tài này tôi đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ của Lãnh đạo cơ quan, các đơn vị, Thầy Cô, đồng nghiệp, các bệnh nhân, bạn bè và gia đình thân yêu của mình. Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng tri ân sâu sắc tới GS. Tạ Thành Văn và PGS.

Đặng Thị Ngọc Dung, là những người thầy, người hướng dẫn khoa học, đã tận tình giúp đỡ, động viên tôi trong suốt quá trình học tập, trực tiếp hướng dẫn tôi thực hiện nghiên cứu, góp ý và sửa chữa luận án. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến những thầy cô, đồng nghiệp, những người đã tạo mọi điều kiện, giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án: - Ban Giám Hiệu, Phòng Đào tạo Sau Đại Học - Trường Đại học Y Hà Nội. Phạm Thiện Ngọc - Nguyên trưởng Bộ môn Hóa - Trường Đại học Y Hà Nội. Trần Huy Thịnh, Phó trưởng Bộ môn Hóa sinh – Trường Đại học Y Hà Nội.

- Các em học viên bác sỹ nội trú Ngô Diệu Hoa, Nguyễn Văn Tân, Trần Văn Chức, Đặng Thị Nga, em học viên cao học Đinh Thị Thảo, Nguyễn Thị Phương Thảo và các em học viên Sau đại học khác đã giúp đỡ tôi trong suốt quá trình nghiên cứu. - Tập thể cán bộ nhân viên Bộ môn Hóa sinh và Trung tâm Kiểm chuẩn Xét nghiệm Y học – Trường Đại học Y Hà Nội đã giúp đỡ tôi trong suốt quá trình nghiên cứu. Xin được gửi lời cảm ơn đến các bệnh nhân cùng gia đình của họ đã giúp tôi có được các số liệu trong luận án này. Xin cảm ơn các bạn bè, đồng nghiệp cùng các học trò thân yêu đã giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và thực hiện luận án.

Cuối cùng, tôi xin ghi nhớ công ơn sinh thành, dưỡng dục của bố mẹ tôi, bố mẹ chồng tôi cùng sự ủng hộ, động viên của chồng, hai con đã luôn ở bên tôi, là chỗ dựa vững chắc để tôi yên tâm học tập và hoàn thành luận án. Hà Nội, tháng 04 năm 2020 Nguyễn Thị Ngọc Lan LỜI CAM ĐOAN Tôi là Nguyễn Thị Ngọc Lan, nghiên cứu sinh khóa 34, Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Hóa sinh Y học, xin cam đoan: 1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của Thầy GS. Tạ Thành Văn và Cô PGS.

Đặng Thị Ngọc Dung. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này.

Hà Nội, ngày 06 tháng 04 năm 2020 Người viết cam đoan Nguyễn Thị Ngọc Lan DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Tên viết tắt Ý nghĩa ASIR Age – Standardised Incidence Rate Tỷ lệ mắc theo tuổi AUC Area Under Curver Diện tích dưới đường cong bp base pair Cặp base nito cs Cộng sự CDC Centers for Disease Control and Trung tâm kiểm soát và Prevention phòng chống bệnh tật CDH1 Cadehin -1 CI Confidence Interval Khoảng tin cậy DNA Deoxyribose Nucleic Acid GWAS Genome – Wide Association Study Nghiên cứu mối liên quan bệnh tật và gen H.pylori Helicobacter pylori HR Hazard Ratio Tỷ suất nguy cơ IARC International Agency for Research Tổ chức nghiên cứu ung thư on Cancer quốc tế MUC1 Mucin – 1 n Số lượng NST Nhiễm Sắc Thể OR Odds Ratio Tỷ suất chênh PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng khuếch đại chuỗi PGI Pepsinogen I PGII Pepsinogen II DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT (tiếp) Chữ viết tắt Tên viết tắt Ý nghĩa PGI/II Pepsinogen I/II Tỷ lệ PepsinogenI/II PSCA Prostate Stem Cell Antigen RFLP Restriction Fragment Length Đa hình chiều dài đoạn giới Polymorphism hạn ROC Receiver Operating Characteristic Đồ thị đường cong trong mô hình biến nhị phân RR Relative Ratio Tỷ suất nguy cơ SNP Single Nucleotide Polymorphism Đa hình đơn nucleotid TB Trung Bình SD Standard Deviation Độ lệch chuẩn UTDD Ung Thư Dạ Dày UTBMDD Ung Thư Biểu Mô Dạ Dày WHO World Health Organization Tổ chức Y tế thế giới MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ. 1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN. Đại cương về ung thư dạ dày. Dịch tễ học của ung thư dạ dày.

Phân loại ung thư dạ dày .3 Chẩn đoán ung thư dạ dày. Điều trị và tiên lượng ung thư dạ dày. Cơ chế bệnh sinh của ung thư dạ dày. Các yếu tố nguy cơ ung thư dạ dày.

Cơ chế phân tử trong ung thư dạ dày. Đa hình gen MUC1 và gen PSCA. Cấu trúc và chức năng của gen MUC1. Cấu trúc và chức năng gen PSCA.

Đa hình đơn nucleotid của gen MUC1 và gen PSCA trong ung thư dạ dày. 28 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu.

Thời gian và địa điểm nghiên cứu. Các biến số nghiên cứu và cách thức thu thập số liệu. Trang thiết bị, dụng cụ và hóa chất nghiên cứu. Trang thiết bị và dụng cụ.

Các cặp mồi và enzym cắt giới hạn trong nghiên cứu. Quy trình kỹ thuật phân tích đa hình đơn nucleotid của gen MUC1 và gen PSCA. Xử lý và phân tích số liệu. Xây dựng mô hình tiên lượng ung thư dạ dày.

Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu. Các biện pháp tránh sai số. 48 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Đặc điểm của nhóm đối tượng nghiên cứu.

Kết quả phân tích các đa hình gen MUC1 và gen PSCA. Đa hình gen rs4072037 trên gen MUC1. Đa hình gen rs2070803 của gen MUC 1. Đa hình gen rs2294008 của gen PSCA.

Đa hình gen rs2976392 của gen PSCA. Mối liên quan giữa đa hình đơn và các yếu tố nguy cơ. Mối liên quan của đa hình gen rs4072037 và các yếu tố nguy cơ. Mối liên quan của đa hình gen rs2070803 và các yếu tố nguy cơ.

Mối liên quan của đa hình gen rs2294008 và các yếu tố nguy cơ. Mối liên quan của đa hình gen rs2976392 và các yếu tố nguy cơ. Sự kết hợp của các đa hình gen của hai gen MUC1 và gen PSCA với nguy cơ ung thư dạ dày. Mô hình tiên lượng nguy cơ ung thư dạ dày.

79 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN. Bàn luận về đặc điểm các đa hình đơn gen MUC1 và gen PSCA. Bàn luận về mối liên quan giữa các yếu tố nguy cơ và các biến thể đa hình gen MUC1 và gen PSCA. 123 HƯỚNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO.

124 CÁC CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Trình tự mồi của phản ứng PCR. Các enzym cắt giới hạn và vị trí cắt của chúng. Thành phần của phản ứng PCR.

Chu kỳ nhiệt của phản ứng PCR. Đặc điểm về tuổi của nhóm nghiên cứu. Đặc điểm phân bố theo nhóm tuổi của nhóm nghiên cứu. Đặc điểm về giới của nhóm nghiên cứu.

Đặc điểm tiền sử hút thuốc lá và uống rượu của nhóm nghiên cứu. Đặc điểm tiền sử bệnh lý dạ dày cá nhân, tiền sử UTDD gia đình và tiền sử nhiễm H. Đặc điểm nồng độ pepsinogen của nhóm nghiên cứu. Nồng độ PGI và tỷ lệ PGI/II so với ngưỡng chẩn đoán.

Đặc điểm mô bệnh học trên bệnh nhân ung thư dạ dày. Phân tích ảnh hưởng của các yếu tố nguy cơ trên nhóm nghiên cứu trên mô hình hồi quy logistic. Phân bố của các kiểu gen rs4072037. Kiểu gen rs4072037 và nguy cơ ung thư dạ dày.

Phân bố các kiểu gen rs2070803. Các kiểu gen rs2070803 và nguy cơ mắc ung thư dạ dày. Phân bố các kiểu gen rs2294008. Các kiểu gen rs2294008 và nguy cơ ung thư dạ dày.

Phân bố các kiểu gen rs2976392. Kiểu gen rs2976392 và nguy cơ ung thư dạ dày. Phân tích nguy cơ UTDD của kiểu gen AA so với AG+GG của nhóm bệnh so với nhóm chứng. Phân tích nguy cơ UTDD của kiểu gen GG so với AG+AA của nhóm bệnh so với nhóm chứng.

Phân tích nguy cơ UTDD của kiểu gen TT so với CT+CC của nhóm bệnh so với nhóm chứng. Phân tích nguy cơ UTDD của kiểu gen AA so với AG+GG của nhóm bệnh so với nhóm chứng. Tổng hợp các mô hình hồi quy logistic đa biến. Tổng hợp các kết quả nghiên cứu từ Tokyo, Aichi và Korea về kiểu gen nguy cơ GG của rs2070803.

89 DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 3. Kiểu gen AA của rs4072037 kết hợp với một số yếu tố nguy cơ trên mô hình hồi quy đa biến logistic. Biểu diễn sự kết hợp của các đa hình gen và các yếu tố nguy cơ trên mô hình hồi quy đa biến logistic. Biểu diễn sự kết hợp của các đa hình gen và các yếu tố nguy cơ trên mô hình hồi quy đa biến logistic.

Biểu diễn sự kết hợp của các đa hình gen và các yếu tố nguy cơ trên mô hình hồi quy logistic. Tổ hợp từng cặp gen của bốn SNP trên gen MUC1 và PSCA. Tổ hợp 3 kiểu gen của bốn SNP trên gen MUC1 và gen PSCA. Tổ hợp 4 kiểu gen của bốn SNP trên hai gen MUC1 và gen PSCA.

Biểu diễn đường cong phân định chẩn đoán của mô hình tiên lượng ung thư dạ dày. Chuẩn hóa tiên lượng ung thư dạ dày. So sánh kết quả nghiên cứu rs2294008 với các nghiên cứu trên thế giới. So sánh kết quả nghiên cứu rs2976392 với các nghiên cứu trên thế giới.

95 DANH MỤC HÌNH Hình 1. Hình biểu thị tỷ lệ số ca mới mắc và tử vong của ung thư dạ dày. Tỷ lệ mới mắc các loại ung thư dạ dày tại Việt Nam. Cơ chế gây ung thư dạ dày.

Minh họa về đa hình đơn nucleotid SNP. Vị trí gen MUC1. Vị trí gen PSCA. Cơ chế hoạt động của gen PSCA.

Sự khác biệt về sản phẩm của SNP rs4072037 .