Luận án Tiến sĩ: Dịch tễ học phân tử E. faecalis, gen độc lực, kháng sinh (Hoàng Thị An Hà)

BỌ GIÁO DỤC VÀ DÀO TẠO BỌ Y TẺ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HÀ NỘI HOÀNG THỊ AN HÀ ĐẶC ĐIÉM DỊCH TỀ HỌC PHÂN TỦ VÈ GEN ĐỘC LỤC, GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ENTEROCOCCUS FAECAL1S PHÂN LẬP TỪ NGƯỜI, ĐỘNG VẬT, THỤC PHẤM, NGOẠI CẢNH LUẬN ÁN TIỀN Sỉ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 w 'ZiH CC <c ■> 41 ># BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TÉ TRƯỜNG DẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG THỊ AN HÀ ĐẬC ĐIÉM DỊCH TẺ HỌC PHẲN TỬ VÈ GEN ĐỘC LỤC, GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ENTEROCOCCUS FAECALIS PHÂN LẬP TÙ NGƯỜI, ĐỘNG VẬT, THỤC PHẨM, NGOẠI CẢNH Chuyên ngành: Vi sinh. Ngành: Khoa học y sinh Mà sổ: 9720101 LUẬN ÁN TIẾN Sỉ Y HỌC Người hướng dản khoa học: 1. PGS - TS Nguyền Vù Trung 2. TS Trằn IIuy Hoàng HÀ NỘI - 2023 TI*/ .ự:, c<: cc • */ -C LỜI CĂM ƠN Tôi xin bày to lòng biết ơn sâu sấc đến PGS.BS Nguyên Vù Trung.

Viện tnrờng Viện Pasteur thành phổ Hỗ Chi Minh dã tận tinh giúp dờ. dộng viên và hưởng dàn lỏi trong suốt quá trinh học tập nghiên cứu. Tỏi xin bây to lõng bicl on sâu sác den TS.BS Trằn Huy Hoàng. Trương phỏng Kháng Kháng sinh.

Phó Trương khoa Vi khuân. Viện vệ sinh Dịch tẻ Trung ương, người thảy luôn có những ý tương sáng tạo vê nội dung, phương pháp nghiên cứu. đã luôn lo lằng, tận tinh chi báo vã tạo mọi diều kiện tốt nhất giúp tôi hoàn thành luận luận án này. Trân trọng biết ơn Thầy.

Tôi xin bày to lòng biết ơn sâu sắc den các thầy cô giáo Bộ môn Vi sinh. Trường Đụi hục Y Hả Nội dã nhiệt tinh giang dạy vả tạo diều kiện thuân lọi nhất cho lõi trong suốt quá trinh học lập tại Bộ mòn dồng thời cỡ những ý kiến dõng góp qui bâu giúp ban luận án này dược hoàn thiện lum. Tôi cũng xin gưi lời cám ơn tới Ban lãnh đạo Viện vệ sinh dịch tè Trung ương, lành dạo và tập thê khoa Vi khuân, đục biệt là các anh chị em phòng thi nghiệm Kháng kháng sinh dã tạo diều kiện thuận lợi. giúp dờ và đồng hành cùng tôi trong suổt thời gian nghiên cữu.

Tỏi xin tràn trọng cám ơn quỹ NAFOSTED đã hỗ trợ kinh phi tử đe tài mã sổ: IO8.32O do tiên sỳ Trân Huy Hoàng lâm chú nhiêm dẽ chúng lói có thê hoãn thành nghiên cứu nãy. Với tất ca sự kinh trọng, lòi xin gứi lời cám ơn chân thành tới các thầy cô Ban Giảm hiệu. Phòng Dào tạo Sau dại học Trường Dại học Y Hã Nội dã luôn giúp đỡ các hục viên với thái độ nhiột tinh, vò tư vả thân thiện. Cam ơn cô Doãn Thi Thu Huyền dà song hành cũng nghiên cứu sinh khỏa 37 chúng em.

Xin chân thành cam ơn Ban giâm hiệu Trường Dụi học Y khoa Vinh, các phông ban liên quan, các giang viên bộ môn Vi sinh. Ký sinh trùng dã tạo mọi diêu kiện thuận lợi về chế độ và thời gian giang dạy dê tôi có thè tập trung hoãn thành luận ãn. Xin chân thành cam ơn các dồng nghiệp, bạn bé dã chia se. dộng viên khuyến khích và giúp dờ tôi trong suốt quá trinh học tập.

Cuối cũng tôi xin ghi nhớ cõng ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dỗ cũa bố mọ hai bẽn vã sự úng hộ. dộng viên, thương yéu. khích lộ cùa chồng, con vã các em. những người luôn ớ bên và là chỏ dựa vừng chắc đê tôi yên tâm học tập vã hoàn thành luận án này.

ngây 2 tháng 8 nãm 2023 Nghiên cứu sinh Hoảng Thị An Hà TI*/ 'Zin CỊ/ <c ■> 41 ># LỜ! CAM ĐOAN Tôi lã Hoàng Thị An Hà. nghiên cứu sinh khỏa 37. Trường Đụi học Y Hà Nội. chuyên ngành Vi sinh y học.

xin cam đoan: I. Đây là luận án do bân thân tỏi trực ticp thực hiện dưới sự hướng dần cùa Thầy Nguyền Vũ Trung vã Thầy Trần Huy Hoàng 2. Cõng trinh nãy hoãn toàn không trùng lộp vói bắt kỷ nghiên cữu nào khác đà được công bô tại Việt Nam 3. Các sổ liệu và thông tin trong nghiên cứu lả hoàn toàn chinh xác, trung thực vả khách quan, dã dưực xác nhận và chắp thuận cua cơ sờ nơi nghiên cừu Tòi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật VC những cam kết này.

ngày 2 thẳng X nãm 2023 Người viết cam doan Hoàng Thị An liã TI*/ ,ựi( ;>: <c- 4i ■<: MỤC LỤC DẠT VÁN ĐÊ. Tống quan về E. Đặc diem sinh học cua E. Kha nảng gảy bệnh.

Phân bô cua Enterococcus. Các cơ chế kháng kháng sinh cua Enterococcus faecalis. Tiếp cận một sữc khoe. Các kỳ thuật phát hiện vi khuân kháng kháng sinh, gcn đề kháng và mối liên hệ kiêu gcn giữa các chúng.

Kỳ thuật phát hiện vi khuân khảng kháng sinh. Các kỳ thuật sinh hục phàn tư phát hiên gcn kháng kháng sinh. Các kỳ thuật sinh học phân tư phát hiên mỗi liên hộ kièu gcn giừa các chung vi khuân. Tinh thời sự.

tính mới cua nghiên cửu. Tinh thời sự. 47 Chương 2••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••••■•••••••••■•••••••••a 48 DÔI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIẾN CỦT. Địa diem nghiên cữu.

Địa diêm lấy mẫu. Địa diêm thực hiện các xét nghiệm phân tích vi sinh. Thiel ke nghiên cữu. Thời gian nghiên cữu.

Đổi tượng nghiên cứu. Cờ mẫu nghiên cứu. Phương pháp và phương tiện nghiên cừu. Phương pháp lựa chọn mẫu.

Phương pháp ỉấy mẫu xét nghiệm. Nuôi cắy, phân lập. định danh vi khuân. Kháng sinh đồ với các vi khuân E.

Phân tích mỗi liên hệ kiêu gen bằng kỹ thuật PFGE. Kỹ thuật giai trinh tự toàn bộ bộ gcn. biển số nghiên cứu. Thu thập và phân tích sổ liệu.

Khống che sai sổ. Đạo đức nghiên cửu. Sơ đồ tóm tắt nghiên cứu. Đặc diem dịch tẻ học cua E.

Tý lộ EJaecalix phán lập dưực trong nghiên cứu. Mức độ nhụy cam cua E. faecalix với các loại kháng sinh. Tý lệ kháng kháng sinh cua EJaecalix phân lập lừ các nguồn khác nhau.

Gen lien quan tới dộc lực vã gcn kháng kháng sinh cua E. Gcn dộc lực. Các gcn dộc lực trong các chúng E. faecalix từ các nguồn khác nhau.

Gcn liên quan đến kháng kháng sinh. Ty lộ gen kháng kháng sinh trong cãc chung E. laecalix dề kháng theo nguồn gốc phàn lập dược. Mối lièn hệ kiểu gen giữa các chung EJaecalis bằng kỹ thuật PFGE.

Đục diêm sinh hục phân tứ các chung giái trinh tự toàn bộ bộ gen (WGS). Kiêu ST cua cảc chung E. Các gcn dộc lực. Các gcn kháng kháng sinh.

Các loại plasmid trong các chúng EJaecalix. Mối liên hệ kicu gcn cua các chúng mang opưA. Đặc diem dịch tc học cua E. Tỹ lộ phân lập E.

Mửc độ nhạy cam cua E. faccalis với cãc loại kháng sinh. Cãc gcn dộc lực và gcn liên quan den kháng kháng sinh cua E. Các gen độc lực.2 Các gen lien quan den kháng kháng sinh.

Mối liên hệ kiéu gcn giữa các chung E. Mối liên hệ kiêu gcn xác định bảng kỳ thuật PFGE. Mối liên hệ kiêu gcn xảc định bàng kỳ thuật MLST vã WGS. 1 lạn che cua nghiên cửu.

159 DÓNG GÓP MÕI CỬA LUẬN ẢN KHUYỂN NGHỊ DANH MỤC CẤC CÔNG TRÌNH ( ÔNG BÕ KÉ I QUÀ NGHIÊN CỨU CÙA LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHÁO PHỤ LỤC TI*/ '.$<&*: u;c V H1 Hỉỉ DAMI MỤC CÁC CHÍ” VIẾT TAT AME Aminoglycoside modifying enzyme Enzym biến dối amino^Ịycosid ABC ATP-binding cassette He thống vận chuyên liên kết A TP ABR Antibiotic resistance Kháng khàng sinh AMR Antimicrobial Resistance Kháng chut khảng khuân AS Aggregation substance Chat ket lụp AST Antimicrobial susceptibility testing Thư nghiêm mire dộ nhạy cam với khàng sinh ATCC American Type Culture Collection Ngàn hàng cluing chuàn vi sinh vật Hoa Kỳ BSI Bloodstream infections Nhiễm khuân huyết CAƯTI Catheter-Associated Urinary Tract Infection Nhiễm trùng dường tiết niêu liên quan den ông thòng CLSI The Clinical and Laboratory Standards Institute Tien Tiêu chuãn Lãm sũng vã Xét nghiêm DANMAP Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme Chương trinh nghiên cừu và giâm sãt khảng thuòc cùa Dan Mạch DAP Daptomycin ECM Extracellular matrix Chãt nền ngoụi bào EDTA Ethylene diamine tetraacctic acid TI*/ 'Zin cc <c ■> 41 ># ESBL Extended-spectrum bcta-lactamase Mett hetadactamase phô rụng EƯCAST European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing Uy ban Châu Âu vè Thư nghiựm (lộ nhụy cam với khàng sinh FDA Food and Drug Administration Cục quan lý Thực phàm và Dược phàm Hoa Kỳ GRE Glycopeptide resistant enterococci Enterococci kháng glycopeplid HLAR High level aminoglycoside resistance Kháng aminoglycoside mức độ cao HLGR High level gentamicin resistance Khang gentamicin mữc độ cao HLSR High level streptomycin resistance Kháng streptomycin mừc dộ cao LD50 Lethal Dose 50 Liều chết 50 1 Intermediary (Trung gian) ICU Intensive care unit (Dơn vị chàm sóc tích cực) IE Infective endocarditis (Viêm nội tủm mục) KS Kháng sinh LEADER Linezolid Experience and Accurate Determination of Resistance Thử nghiệm và xác định dề kháng linezolid LZD Linczolid MDR Multiple drug resistance (Da kháng thuốc) MDRO Multidrug-rcsistant organism (Vi khuân da kháng) TI*/ 'Zin cc <c ■> 41 ># MGEs Mobile genetic elements Các yểu tố di truyền động MFS Major Facilitator Superfamily Hộ thỗng vận chuyên cơ chầl MIC Minimal Inhibitory concentration (Nồng độ ửc chế lôi thiêu) MLSA Macrolidc-Lincosamidc-Strcptogramin A MLSB Macrolide-Lincosamidc-Strcptogramin B MLST Multilocus sequence typing (Chuỗi trinh tự da điểm) MSCRAMM Microbial surface components recognizing adhesive matrix molecules Ma trận phân tư ket dinh nhận biết các thành phần bề mật cúa vi khuân MRSA Mcthici 11 in-resislant Staphylococcus aureus (Tụ cầu vàng kháng Methicillin) NGS Next-generation sequencing Giai trinh tự gen thề hộ mới NIIIE National Institute of Hygiene and Epidemiology (Viện Vệ sinh Dịch tc Trung ương) NKBV Nhiễm khuân bệnh viện PA1 Pathogenicity island Dao bệnh sinh PCR Polymerase Chain Reaction (Phân ứng khuếch dại gcn) PBP Penicillin binding protein (Protein gấn penicillin) PFGE Pulsed Field Gel Electrophoreses (Diện di xung trường) R Resistance (Kháng) TI*/ 'Zin cc <c ■> 41 ># RAPD Random Amplified Polymorphic DNA (DNA đa hĩnh khuếch dại ngầu nhiên) RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism (Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn) s Sensitivity (Nhạy cám) SNP Single nucleotide polymorphisms (Đa hình dơn nucleotid) SOI’ Standard operating procedure (Quy trinh thao tác chuàn) ST Sequence type (Kiêu trinh tự) TCS Two*componcnt regulatory system (Hộ thống điều tiết hai thành phan) ƯTI Urinary tract infections (Nhiễm khuẩn tiềt niệu) VRE Vancomycin-resistant Enterococci (Enterococci kháng vancomycin) VSE Vancomycin-scnsilivc Enterococci (Enterococci nhạy cám vancomycin) WGS Whole genome sequencing (Giãi trinh tự toàn bộ bộ gcn) ZAAPS Zyvox Annual Appraisal of Potency and Spectrum Đánh giá thường niên hiệu lực và hoạt phó của Zyvox TI*/ 'Zin cc <c ■> 41 ># DANH .MỤC HÌNH Hình I. Cầu trúc vách E. Mô hình cho cư chế kích hoạt Ậr trong E.faecaHs vã tác dụng cua nó đỗi với sự tổng hợp gelatinase vã serine protease. Cấu trúc Esp cùa E.

Cấu trúc Ace cùa E. Cẩu trúc các opcron van. Hình anh dại diện kểt qua diện di xung trường của. Mỗi liên hệ kiêu gcn cua các chung E.

Mồi liên hệ kiêu gcn giửa các sequence type xác định đượcờ các chung trong nghiên cửu và trên the giới.