Luận án TS Y học: Nghiên cứu viêm phổi cộng đồng: Lâm sàng, cận lâm sàng, căn nguyên

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TẠ THỊ DIỆU NGÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG VÀ CĂN NGUYÊN CỦA VIÊM PHỔI MẮC PHẢI TẠI CỘNG ĐỒNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI – 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƢỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TẠ THỊ DIỆU NGÂN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG VÀ CĂN NGUYÊN CỦA VIÊM PHỔI MẮC PHẢI TẠI CỘNG ĐỒNG Chuyên ngành: Truyền nhiễm và các Bệnh Nhiệt đới Mã số : 62720153 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: 1. Nguyễn Vũ Trung HÀ NỘI - 2016 LỜI CAM ĐOAN Tôi là Tạ Thị Diệu Ngân, nghiên cứu sinh khóa 29, Trƣờng Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Truyền Nhiễm, xin cam đoan: 1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dƣới sự hƣớng dẫn của PGS. Nguyễn Văn Kính, PGS.

Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã đƣợc công bố tại Việt Nam 3. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã đƣợc xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trƣớc pháp luật về những cam kết này. Hà Nội, ngày 16 tháng 10 năm 2016 Ngƣời viết cam đoan Tạ Thị Diệu Ngân LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, tôi đã nhận đƣợc rất nhiều sự giúp đỡ của các thầy cô giáo, đồng nghiệp, bạn bè, cơ quan và gia đình.

Tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới: PGS. Nguyễn Văn Kính, Giám đốc Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ƣơng, Trƣởng Bộ môn Truyền nhiễm Trƣờng Đại học Y Hà Nội PGS. Nguyễn Vũ Trung, Phó Giám đốc Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ƣơng, Trƣởng Bộ môn Vi sinh Trƣờng Đại học Y Hà Nội Các Thầy đã trực tiếp hƣớng dẫn, chỉ bảo tận tình cho tôi trong suốt quá trình học tập và cho tôi nhiều ý kiến quý báu trong toàn bộ quá trình thực hiện để hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn trân trọng nhất tới: Đảng ủy, Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo Sau Đại học Trƣờng Đại học Y Hà Nội; Đảng ủy, Ban Giám đốc, các Khoa Phòng của Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ƣơng; PGS.

Bùi Vũ Huy và các thầy cô trong Bộ môn Truyền nhiễm Trƣờng Đại học Y Hà Nội, đã tạo mọi điều kiện cho tôi trong quá trình học tập và thực hiện nghiên cứu. Tôi xin chân thành cảm ơn PGS. Heiman Wertheim và các cán bộ của Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng Trƣờng Đại học Oxford, Vƣơng Quốc Anh.; Ban Giám đốc và các thành viên tham gia nghiên cứu 03HN của Bệnh viện Đa khoa Đống Đa, Bệnh viện Đa khoa Đức Giang đã nhiệt tình hỗ trợ tôi trong quá trình thu thập số liệu, thực hiện xét nghiệm để hoàn thành luận án. Với tất cả tấm lòng kính trọng, tôi xin cảm ơn các Thầy Cô trong Hội đồng chấm luận án tốt nghiệp đã đóng góp những ý kiến quí báu để tôi có thể hoàn thành tốt luận án này.

Tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới bạn bè, đồng nghiệp đã động viên, cổ vũ, giúp đỡ tôi rất nhiều trong quá trình học tập. Tôi xin dành tất cả tình cảm yêu quý và biết ơn tới những ngƣời thân trong gia đình tôi, những ngƣời đã hết lòng vì tôi trong cuộc sống và học tập. Hà Nội , ngày 10 tháng 5 năm 2016 Tạ Thị Diệu Ngân DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN Axit deoxyribonucleic AFB Acid fast bacilli (Trực khuẩn kháng acid) ANSORP Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens (Mạng lƣới Giám sát Tác nhân Kháng thuốc Khu vực châu Á) ARDS Acute respiratory distress syndrome (Hội chứng suy hô hấp cấp) ARN Axit ribonucleic ATS American Thoracic Society (Hội lồng ngực của Mỹ) BTS British Thoracic Society (Hội lồng ngực của Anh) CAP Community-acquired pneumoniae (Viêm phổi mắc phải tại cộng đồng) CF Complement fixation (Cố định bổ thể) CMV Cytomegalovirus COPD Chronic obstructive pulmonary disease (Bệnh phổi mạn tính tắc nghẽn) CRP C-reactive protein (Protein C phản ứng) CS Cộng sự CT Computerized tomography (Chụp cắt lớp vi tính) Ct Cycle threshold (Ngƣỡng chu kỳ) CURB65 Confusion-Uremia-Respiratory-Blood pressure-65 (Rối loạn ý thức-Ure máu-Nhịp thở-Huyết áp động mạch-65 tuổi) ĐTTC Điều trị tích cực ELISA Enzyme-linked immunosorbent assay (Phản ứng hấp phụ miễn dịch có gắn men) FEV1 Forced expiratory volume in 1 second (Thể tích thở ra gắng sức trong 1 giây) FVC Forced vital capacity (Dung tích sống thở mạnh) HA Huyết áp HAP Hospital acquired pneumoniae (Viêm phổi mắc phải tại Bệnh viện) HCAP Health care-associated pneumoniae (Viêm phổi liên quan đến chăm sóc y tế) HIV Human immunodeficiency virus (Vi rút gây suy giảm Miễn dịch ở ngƣời) HMPV Human metapneumovirus HPIV Human parainfluenza virus (Virus á cúm ở ngƣời) IDSA Infectious Diseases Society of America (Hội Bệnh Nhiễm trùng của Mỹ) IFA Immunofluorescence assay (Thử nghiệm miễn dịch huỳnh quang) IgG Immunoglobulin G IgM Immunoglobulin M IL Interleukin IQR Interquartile range (Tứ phân vị) KT Kháng thể MIC Minimum inhibitory concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) MIF Migration inhibition assay (Thử nghiệm ức chế di chuyển) PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng khuếch đại chuỗi) PCT Procalcitonin PMN Polymorphonuclear (Bạch cầu đa nhân trung tính) PORT Pneumonia Patient Outcomes Research Team (Nhóm nghiên cứu các kết cục của bệnh nhân viêm phổi) PSI Pneumoniae severity index (Chỉ số đánh giá mức độ nặng của viêm phổi) RSV Respiratory syncytial virus (Vi rút hợp bào hô hấp) RT-PCR Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction Phản ứng khuếch đại chuỗi dùng men sao chép ngƣợc SARS Severe acute respiratory syndrome (Hội chứng hô hấp cấp tính nặng) SEC Squamous epithelium cell (Tế bào biểu mô vẩy) SGMD Suy giảm miễn dịch TCLS Triệu chứng lâm sàng VAP Ventilation acquired pneumoniae (Viêm phổi do thở máy) VC Vital capacity (Dung tích sống) VK Vi khuẩn VP Viêm phổi VPMPTCĐ Viêm phổi mắc phải tại cộng đồng WHO World health organisation (Tổ chức Y tế Thế giới) MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC BIỂU ĐỒ DANH MỤC SƠ ĐỒ, HÌNH VẼ ĐẶT VẤN ĐỀ 1 1 TỔNG QUAN 3 1.2 Sinh bệnh học của viêm phổi .1 Các đường vào phổi của vi sinh vật .2 Cơ chế bảo vệ của bộ máy hô hấp .3 Dịch tễ học và căn nguyên gây VPMPTCĐ .1 Dịch tễ học của VPMPTCĐ .2 Căn nguyên gây VPMPTCĐ .4 Các yếu tố nguy cơ của VPMPTCĐ .5 Triệu chứng lâm sàng và cận lâm sàng của VPMPTCĐ .1 Triệu chứng cơ năng và toàn thân .2 Triệu chứng thực thể.3 Diễn biến lâm sàng cuả bệnh nhân VPMPTCĐ .4 Các thay đổi cận lâm sàng trong VPMPTCĐ .5 Viêm phổi ở các đối tượng đặc biệt .6 Chẩn đoán viêm phổi mắc phải tại cộng đồng .1 Chẩn đoán dựa vào lâm sàng .2 Xác định căn nguyên gây VPMPTCĐ .3 Chẩn đoán mức độ nặng của VPMPTCĐ .7 Kháng kháng sinh trong VPMPTCĐ .8 Tình hình nghiên cứu VPMPTCĐ .35 2 ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .1 Đối tượng nghiên cứu .1 Tiêu chuẩn lựa chọn .2 Tiêu chuẩn loại trừ .3 Định nghĩa ca bệnh Viêm phổi mắc phải tại cộng đồng .2 Thời gian và địa điểm nghiên cứu .3 Phương pháp nghiên cứu .1 Thiết kế nghiên cứu.2 Cỡ mẫu nghiên cứu .3 Quy trình nghiên cứu .4 Các kỹ thuật xét nghiệm tìm căn nguyên gây bệnh .4 Nội dung nghiên cứu .1 Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu .2 Đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của VPMPTCĐ .3 Căn nguyên gây VPMPTCĐ và tính nhạy cảm kháng sinh .4 Đánh giá tính nhạy cảm kháng sinh của vi khuẩn .5 Các định nghĩa sử dụng trong nghiên cứu .1 Viêm phổi nặng .2 Căn nguyên gây VPMPTCĐ .6 Xử lý số liệu .7 Đạo đức trong nghiên cứu .58 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 60 3.1 Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu .2 Đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của bệnh nhân VPMPTCĐ .1 Đặc điểm lâm sàng của VPMPTCĐ khi nhập viện .2 So sánh đặc điểm lâm sàng khi nhập viện .3 Đặc điểm cận lâm sàng của VPMPTCĐ .4 Các yếu tố tiên lượng tử vong ở bệnh nhân VPMPTCĐ .3 Căn nguyên gây VPMPTCĐ và mức độ nhạy cảm kháng sinh của một số vi khuẩn gây VPMPTCĐ .1 Căn nguyên gây VPMPTCĐ .2 Căn nguyên vi khuẩn được xác định ở bệnh nhân gây VPMPTCĐ .3 Căn nguyên vi khuẩn C. psittaci mới phát hiện ở bệnh nhân VPMPTCĐ .4 Mức độ nhạy cảm kháng sinh của một số vi khuẩn phân lập được.1 Đặc điểm chung của nhóm nghiên cứu .1 Tuổi mắc bệnh .2 Tiền sử bệnh tật .3 Phân bố bệnh nhân theo các thang điểm đánh giá mức độ nặng .2 Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng và diễn biến của VPMPTCĐ .1 Đặc điểm lâm sàng của VPMPTCĐ .2 Đặc điểm cận lâm sàng .3 Diễn biến và các yếu tố tiên lượng của VPMPTCĐ .3 Các căn nguyên gây VPMPTCĐ và tính nhạy cảm kháng sinh .1 Căn nguyên vi khuẩn gây VPMPTCĐ .2 Đồng nhiễm các căn nguyên trong VPMPTCĐ .3 So sánh lâm sàng, xét nghiệm và diễn biến của VPMPTCĐ theo nhóm căn nguyên gây bệnh .4 Tính nhạy cảm kháng sinh của một số vi khuẩn phân lập được.115 KẾT LUẬN 119 KIẾN NGHỊ 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO 122 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các căn nguyên gây VPMPTCĐ ở châu Á và châu Âu .2 Căn nguyên gây VPMPTCĐ theo Khoa Điều trị trong các nghiên cứu ở khu vực Đông Nam Á .3 Các xét nghiệm huyết thanh học đƣợc sử dụng để chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây VPMPTCĐ .4 Các xét nghiệm chẩn đoán tìm căn nguyên vi khuẩn ở các bệnh nhân VPMPTCĐ nặng theo các hƣớng dẫn quốc tế .5 Thang điểm PSI (theo tiêu chuẩn PORT) .6 Tỷ lệ tử vong theo thang điểm PSI .7 Thang điểm CURB65 .8 Tỷ lệ tử vong và khuyến cáo điều trị dựa theo thang điểm CURB65 .1 Phân bố bệnh nhân theo nghề nghiệp .2 Tiền sử của bệnh nhân .3 Các triệu chứng thực thể tại phổi.4 Các triệu chứng cơ năng của VP không nặng và VP nặng.5 So sánh triệu chứng cơ năng của VP ở bệnh nhân .6 So sánh triệu chứng cơ năng theo thang điểm PSI .7 So sánh triệu chứng cơ năng theo thang điểm CURB65 .8 So sánh lâm sàng giữa nhóm VP còn sống và tử vong .9 So sánh xét nghiệm giữa nhóm VP không nặng và VP nặng .10 So sánh thay đổi xét nghiệm ở nhóm trên 65 và dƣới 65 tuổi.11 So sánh các chỉ số xét nghiệm theo thang điểm PSI .12 So sánh các chỉ số xét nghiệm theo thang điểm CURB65 .13 Tổn thƣơng X-quang phổi .14 So sánh mức độ tổn thƣơng phổi theo mức độ nặng .15 Các yếu tố liên quan đến tử vong (phân tích đơn biến).16 Các yếu tố liên quan đến tử vong ở bệnh nhân VPMPTCĐ (phân tích hồi quy logistic).17 Tỷ lệ ổn định các triệu chứng của VPMPTCĐ.18 Tỷ lệ vi rút phát hiện đƣợc bằng PCR từ dịch mũi họng.