Luận án tiến sĩ sinh học: Phát hiện biến thể gen ở bệnh nhân tự kỷ Việt Nam bằng giải trình tự exome - Nguyễn Thu Hiền
Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam nhờ phương pháp giải trình tự exome, nghiên cứu đột phá về di truyền học.
Năm xuất bản
Số trang
192
Thời gian đọc
29 phút
Lượt xem
1
Lượt tải
0
Phí lưu trữ
50 Point
Tổng quan nhanh
- Chủ đề:
- Giới thiệu và mục tiêu phát hiện gen tự kỷ Việt Nam
- Số trang:
- 192 trang
- Trường:
- Viện Công nghệ sinh học
- Tác giả:
- Nguyễn Thu Hiền
- Năm:
- 2019
Tóm tắt nội dung luận án
I.Giới thiệu và mục tiêu phát hiện gen tự kỷ Việt Nam
Rối loạn phổ tự kỷ (ASD) là một tình trạng phức tạp về phát triển thần kinh. Tình trạng này đặc trưng bởi khó khăn trong giao tiếp xã hội và các hành vi lặp đi lặp lại. Tỷ lệ mắc ASD trên thế giới đang gia tăng. Chẩn đoán ASD thường dựa vào quan sát hành vi. Tuy nhiên, nguyên nhân gốc rễ vẫn chưa được hiểu rõ hoàn toàn. Yếu tố di truyền đóng vai trò quan trọng trong sự phát triển của ASD. Nghiên cứu sâu về gen là cần thiết. Nghiên cứu di truyền học tự kỷ ở Việt Nam còn hạn chế. Dữ liệu về biến thể di truyền ở bệnh nhân Việt Nam còn thiếu. Điều này gây khó khăn cho chẩn đoán di truyền học tự kỷ chính xác. Mục tiêu của nghiên cứu là phát hiện các biến thể gen liên quan đến ASD. Nghiên cứu tập trung vào quần thể bệnh nhân tự kỷ Việt Nam. Điều này giúp tăng cường hiểu biết về cơ sở di truyền của bệnh. Kết quả nghiên cứu có thể hỗ trợ phát triển các phương pháp chẩn đoán và điều trị hiệu quả hơn. Nhu cầu xác định các biến thể di truyền gây bệnh ở bệnh nhân Việt Nam là rất cấp thiết.
1.1. Hiểu về Rối loạn Phổ Tự kỷ ASD
Rối loạn phổ tự kỷ (ASD) là một nhóm các tình trạng phát triển thần kinh phức tạp. ASD biểu hiện qua các khiếm khuyết kéo dài trong tương tác xã hội, giao tiếp và các khuôn mẫu hành vi lặp đi lặp lại. Tỷ lệ mắc ASD toàn cầu đang tăng lên đáng kể. Việc chẩn đoán chủ yếu dựa vào các tiêu chí lâm sàng và quan sát hành vi. Tuy nhiên, nguyên nhân sinh học chính xác của ASD vẫn còn nhiều điều chưa sáng tỏ. Các nghiên cứu đã chứng minh vai trò quan trọng của yếu tố di truyền trong cơ chế bệnh sinh của ASD.
1.2. Nhu cầu nghiên cứu di truyền học tự kỷ Việt Nam
Công tác nghiên cứu về di truyền học tự kỷ tại Việt Nam còn ở giai đoạn sơ khai. Dữ liệu về các biến thể di truyền đặc trưng ở bệnh nhân tự kỷ Việt Nam còn hạn chế. Điều này tạo ra rào cản lớn trong việc chẩn đoán di truyền học tự kỷ một cách chính xác. Nghiên cứu này đặt ra mục tiêu chính là phát hiện các biến thể gen liên quan đến ASD trong quần thể bệnh nhân Việt Nam. Việc này nhằm nâng cao hiểu biết về cơ sở di truyền của bệnh. Kết quả hứa hẹn hỗ trợ phát triển các phương pháp chẩn đoán và can thiệp điều trị hiệu quả hơn, phù hợp với đặc điểm dân tộc.
II.Phương pháp giải trình tự exome phát hiện biến thể gen
Giải trình tự toàn bộ exome (WES) là một công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS) mạnh mẽ. WES tập trung giải mã các vùng mã hóa protein trong hệ gen. Đây là nơi chứa khoảng 85% các đột biến gây bệnh được biết đến. Quy trình bắt đầu bằng việc thu thập mẫu DNA của bệnh nhân. DNA được tách chiết và kiểm tra chất lượng. Tiếp theo, thư viện DNA được tạo ra. Các vùng exome được làm giàu và sau đó giải trình tự bằng máy Illumina. Phương pháp này cho phép thu được lượng dữ liệu gen khổng lồ. Dữ liệu giải trình tự thô được tiền xử lý. Các bước bao gồm gióng hàng với hệ gen tham chiếu và lọc dữ liệu chất lượng thấp. Sau đó, quá trình xác định biến thể được thực hiện. Các biến thể di truyền như biến thể đơn nucleotide (SNV) và biến thể số lượng bản sao (CNV) được phát hiện. Các biến thể này sau đó được chú giải bằng các cơ sở dữ liệu công khai. Mục tiêu là xác định các biến thể di truyền gây bệnh tiềm năng. Phương pháp giải trình tự Sanger được sử dụng để xác nhận các biến thể quan trọng. Quá trình này đảm bảo độ chính xác cao của kết quả. Công nghệ giải trình tự thế hệ mới này có khả năng phát hiện hiệu quả các đột biến gen de novo và các biến thể di truyền gây bệnh khác.
2.1. Quy trình Giải trình tự toàn bộ exome WES
Giải trình tự toàn bộ exome (WES) là một ứng dụng tiên tiến của công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS). WES tập trung vào việc giải mã các vùng mã hóa protein (exome) của hệ gen. Đây là những vùng chứa phần lớn các đột biến gây bệnh được xác định. Quy trình bắt đầu bằng việc thu nhận mẫu DNA từ bệnh nhân. DNA được tách chiết, sau đó kiểm tra chất lượng và số lượng. Bước tiếp theo là tạo thư viện DNA, theo sau là quá trình làm giàu các vùng exome mục tiêu. Cuối cùng, các mẫu được giải trình tự bằng máy Illumina, tạo ra một lượng lớn dữ liệu gen.
2.2. Phân tích dữ liệu gen tìm kiếm biến thể gây bệnh
Dữ liệu giải trình tự thô thu được từ WES trải qua quy trình phân tích nghiêm ngặt. Dữ liệu được gióng hàng với hệ gen tham chiếu và lọc bỏ các đọc có chất lượng thấp. Sau đó, các biến thể di truyền được gọi ra, bao gồm biến thể đơn nucleotide (SNV) và các biến thể số lượng bản sao (CNV) tiềm năng. Các biến thể này được chú giải chi tiết dựa trên các cơ sở dữ liệu công cộng và thông tin chức năng. Mục đích chính là xác định các biến thể di truyền gây bệnh có khả năng liên quan đến ASD. Việc xác nhận các biến thể quan trọng thường được thực hiện bằng giải trình tự Sanger, đảm bảo độ tin cậy của phát hiện.
III.Kết quả xác định biến thể gen gây bệnh tự kỷ ở Việt Nam
Nghiên cứu đã thực hiện giải trình tự toàn bộ exome cho nhiều bệnh nhân ASD Việt Nam. Các biến thể di truyền gây bệnh tiềm năng được xác định. Các đột biến gen de novo được tìm thấy ở một số bệnh nhân. Ví dụ, các biến thể trong gen liên quan đến chức năng thần kinh. Các biến thể này bao gồm cả biến thể đơn nucleotide (SNV) và biến thể số lượng bản sao (CNV) tiềm ẩn. Các biến thể được chú giải chi tiết cho từng bệnh nhân (T01, T02, T03, T06, T07, T08, T09). Phát hiện này cung cấp cái nhìn sâu sắc về cơ sở di truyền của ASD trong quần thể Việt Nam. Dữ liệu giải trình tự thu được có giá trị lớn. Chúng góp phần vào việc xây dựng cơ sở dữ liệu hệ gen người Việt. Cơ sở dữ liệu này sẽ là công cụ quan trọng. Nó giúp giải thích chính xác hơn các biến thể gen. Việc so sánh với dữ liệu gen từ các quần thể khác không phải lúc nào cũng phù hợp. Một cơ sở dữ liệu quốc gia giúp phân biệt biến thể gây bệnh với các biến thể lành tính phổ biến trong dân số. Điều này cải thiện độ chính xác trong chẩn đoán di truyền học tự kỷ. Nâng cao hiệu quả sàng lọc gen trẻ tự kỷ trong tương lai.
3.1. Các biến thể di truyền được tìm thấy ở bệnh nhân
Nghiên cứu đã thành công trong việc xác định các biến thể di truyền gây bệnh tiềm năng ở một số bệnh nhân rối loạn phổ tự kỷ (ASD) Việt Nam. Các phân tích giải trình tự toàn bộ exome (WES) đã chỉ ra sự hiện diện của các đột biến gen de novo ở nhiều cá thể. Những biến thể này bao gồm cả biến thể đơn nucleotide (SNV) và các biến thể số lượng bản sao (CNV) có thể. Các gen bị ảnh hưởng thường có vai trò quan trọng trong các chức năng phát triển thần kinh. Phát hiện này cung cấp dữ liệu quan trọng, làm sâu sắc thêm hiểu biết về cơ sở di truyền của ASD trong cộng đồng người Việt.
3.2. Tiềm năng xây dựng cơ sở dữ liệu gen người Việt
Dữ liệu giải trình tự gen thu thập được từ nghiên cứu này có giá trị to lớn. Chúng tạo tiền đề cho việc xây dựng một cơ sở dữ liệu hệ gen người Việt chuyên biệt. Cơ sở dữ liệu này cực kỳ quan trọng để giải thích chính xác các biến thể gen được tìm thấy. Việc thiếu dữ liệu gen bản địa có thể dẫn đến việc diễn giải sai các biến thể. Một cơ sở dữ liệu riêng cho phép phân biệt hiệu quả các biến thể di truyền gây bệnh với các biến thể đa hình thông thường trong dân số. Điều này sẽ cải thiện độ chính xác của chẩn đoán di truyền học tự kỷ và hỗ trợ sàng lọc gen trẻ tự kỷ hiệu quả hơn.
IV.Các gen nhạy cảm ASD và đột biến de novo liên quan
Đột biến gen de novo là những biến thể gen xuất hiện lần đầu ở cá thể. Chúng không di truyền từ cha mẹ. Các đột biến này đóng vai trò quan trọng trong các trường hợp ASD không có tiền sử gia đình. Nghiên cứu này đã xác định một số đột biến gen de novo. Những đột biến này ảnh hưởng đến các gen quan trọng trong phát triển não bộ. Việc xác định các đột biến de novo giúp làm sáng tỏ nguyên nhân gây bệnh. Chúng cũng là các chỉ dấu di truyền tiềm năng cho chẩn đoán sớm. Hiểu biết này cần thiết cho chẩn đoán di truyền học tự kỷ chính xác hơn. Nghiên cứu đã chỉ ra mối liên hệ giữa các gen nhạy cảm với ASD và kênh ion. Ví dụ, các gen như RYR2 và RYR3 có vai trò trong tín hiệu calcium nội bào. Rối loạn chức năng kênh ion có thể ảnh hưởng đến sự phát triển thần kinh. Một biến thể đơn nucleotide (SNP) như RS7725785 trên gen HTR4 cũng được phân tích. Gen HTR4 mã hóa thụ thể serotonin, liên quan đến chức năng não. Những phát hiện này cung cấp mục tiêu nghiên cứu sâu hơn. Chúng cũng mở ra hướng phát triển các phương pháp điều trị cá thể hóa cho bệnh nhân ASD.
4.1. Vai trò của đột biến gen de novo trong ASD
Đột biến gen de novo là các biến thể di truyền mới phát sinh ở cá thể bị ảnh hưởng. Chúng không được di truyền từ bất kỳ phụ huynh nào. Những đột biến này được công nhận là nguyên nhân chính gây ra các trường hợp rối loạn phổ tự kỷ (ASD) đơn lẻ, không có tiền sử gia đình. Nghiên cứu này đã thành công trong việc xác định một số đột biến gen de novo ở bệnh nhân Việt Nam. Các đột biến này ảnh hưởng đến các gen có chức năng quan trọng trong quá trình phát triển và hoạt động của não bộ. Việc xác định chúng đóng góp lớn vào việc làm sáng tỏ căn nguyên di truyền của ASD và cung cấp các chỉ dấu tiềm năng cho chẩn đoán di truyền học tự kỷ.
4.2. Các gen quan trọng liên quan đến kênh ion và ASD
Nghiên cứu đã chỉ ra sự liên quan của nhiều gen nhạy cảm với ASD đến chức năng kênh ion. Các gen như RYR2 và RYR3, đóng vai trò quan trọng trong việc điều hòa tín hiệu calcium nội bào, đã được xem xét. Sự rối loạn chức năng của các kênh ion có thể tác động tiêu cực đến quá trình phát triển thần kinh. Ngoài ra, một biến thể đơn nucleotide (SNV) cụ thể, RS7725785 trên gen HTR4, cũng được phân tích. Gen HTR4 mã hóa thụ thể serotonin, một yếu tố thiết yếu cho chức năng não. Những phát hiện này mở ra hướng nghiên cứu sâu hơn về cơ chế bệnh sinh và tiềm năng cho các liệu pháp điều trị cá thể hóa.
V.Ứng dụng WES chẩn đoán và sàng lọc gen trẻ tự kỷ
Giải trình tự toàn bộ exome (WES) cung cấp khả năng chẩn đoán chính xác hơn cho ASD. WES giúp xác định các biến thể di truyền gây bệnh cụ thể. Việc này quan trọng khi các phương pháp chẩn đoán truyền thống không đủ rõ ràng. Chẩn đoán sớm và chính xác có ý nghĩa lớn. Nó cho phép can thiệp kịp thời. Cải thiện đáng kể chất lượng cuộc sống của bệnh nhân ASD. WES mở ra kỷ nguyên mới cho chẩn đoán di truyền học tự kỷ. Phát hiện biến thể gen tự kỷ có tiềm năng ứng dụng rộng rãi. Kết quả nghiên cứu là nền tảng cho chương trình sàng lọc gen trẻ tự kỷ. Sàng lọc sớm giúp xác định trẻ có nguy cơ cao. Từ đó, các biện pháp can thiệp sớm có thể được triển khai. Dữ liệu gen cũng hỗ trợ phát triển các liệu pháp điều trị cá thể hóa. Phương pháp này dựa trên cấu trúc gen cụ thể của từng bệnh nhân. Công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS) sẽ tiếp tục thúc đẩy y học chính xác.
5.1. Tăng cường chẩn đoán chính xác ASD bằng WES
Giải trình tự toàn bộ exome (WES) mang lại khả năng tăng cường đáng kể độ chính xác trong chẩn đoán rối loạn phổ tự kỷ (ASD). Phương pháp này cho phép xác định các biến thể di truyền gây bệnh cụ thể, điều này đặc biệt có giá trị trong những trường hợp mà chẩn đoán lâm sàng truyền thống còn mơ hồ. Một chẩn đoán sớm và chính xác là cực kỳ quan trọng. Nó tạo điều kiện cho các can thiệp kịp thời, từ đó cải thiện đáng kể kết quả phát triển và chất lượng cuộc sống của người bệnh. WES đang định hình lại lĩnh vực chẩn đoán di truyền học tự kỷ.
5.2. Hướng phát triển sàng lọc và điều trị cá thể hóa
Việc phát hiện các biến thể gen tự kỷ có tiềm năng ứng dụng sâu rộng trong y học. Các kết quả nghiên cứu này tạo nền tảng vững chắc cho việc phát triển các chương trình sàng lọc gen trẻ tự kỷ. Sàng lọc sớm giúp xác định các cá thể có nguy cơ cao, cho phép áp dụng các chiến lược can thiệp sớm. Ngoài ra, dữ liệu gen chi tiết hỗ trợ mạnh mẽ việc phát triển các liệu pháp điều trị cá thể hóa. Phương pháp điều trị này được tùy chỉnh dựa trên cấu trúc gen độc đáo của từng bệnh nhân. Công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS) tiếp tục là động lực chính thúc đẩy tiến bộ trong y học chính xác.
Mục lục chi tiết luận án
Tải xuống file đầy đủ để xem toàn bộ nội dung
Tải đầy đủ (192 trang)Trích đoạn nội dung luận án
Tải xuống để đọc toàn bộLỜI CẢM ƠN Tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới PGS. Nguyễn Huy Hoàng và GS.TS Phan Văn Chi đã tận tình hướng dẫn, tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu cũng như thực hiện luận án. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Nghiên cứu hệ gen đã giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình thực hiện luận án. Tôi xin trân trọng cảm ơn sự giúp đỡ, ủng hộ và tham gia nhiệt tình của các cán bộ, đồng nghiệp của phòng Hệ gen học chức năng, Viện Nghiên cứu hệ gen, các bác sĩ tại khoa Tâm bệnh, Bệnh viện Nhi Trung Ương,.
Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Lãnh đạo, phòng Quản lý tổng hợp, ThS. Bùi Hải Hà, Viện Công nghệ sinh học đã nhiệt tình giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi về mọi mặt, hỗ trợ tôi thực hiện các thủ tục cần thiết để tôi có thể hoàn thành chương trình học tập và nghiên cứu của nghiên cứu sinh. Tôi muốn bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình và người thân đã ở bên tôi chăm sóc, động viên, giúp tôi yên tâm học tập và nghiên cứu. Luận án được thực hiện trong khuôn khổ đề tài thuộc các hướng KHCN ưu tiên cấp Viện Hàn lâm KHCNVN “Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (exome) ở bệnh nhân tự kỷ Việt Nam” VAST02.
Tôi xin chân thành cảm ơn sự hỗ trợ quý báu của Viện Hàn lâm KHCNVN. Tác giả luận án Nguyễn Thu Hiền i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả cùng cộng tác với các cộng sự khác. Các số liệu và kết quả trình bày trong luận án là trung thực, một phần đã được công bố trên các tạp chí khoa học chuyên ngành với sự đồng ý và cho phép của các đồng tác giả. Phần còn lại chưa được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác.
Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Thu Hiền ii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN. i LỜI CAM ĐOAN. ii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT. vi DANH MỤC CÁC BẢNG.
viii DANH MỤC CÁC HÌNH. 1 CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU. Bệnh tự kỷ. Giới thiệu bệnh tự kỷ.
Thực trạng bệnh tự kỷ. Phân biệt, chẩn đoán hội chứng tự kỷ. Hội chứng Asperger. Hội chứng Rett.
Rối loạn tan rã thời thơ ấu. Rối loạn phát triển lan toả không xác định. Phương pháp chẩn đoán và điều trị. Các yếu tố di truyền liên quan đến bệnh tự kỷ.
Các hội chứng di truyền liên quan đến bệnh tự kỷ. Những yếu tố gây bệnh ở cấp độ di truyền học. Các tiến bộ nghiên cứu về di truyền của rối lo n phổ tự kỷ bằng giải tr nh tự gen thế hệ mới. Phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới.
Giải trình tự toàn bộ vùng gen mã hóa trong nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ. Giải trình tự toàn bộ hệ gen trong nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tƣợng nghiên cứu.
Hóa chất và trang thiết bị. Phƣơng pháp nghiên cứu. Tách chiết DNA tổng số. Tạo thư viện DNA.
Giải trình tự gen bằng máy Illumina. Tiền xử lý số liệu và phân tích dữ liệu. Nhân gen bằng kĩ thuật PCR. Giải trình tự gen tự động trên máy Sanger.
Phân tích các gen trong mối tương tác. 44 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Tách chiết DNA tổng số. Giải tr nh tự toàn bộ vùng mã hóa.
Kết quả tạo thư viện DNA. Kết quả giải trình tự gen trên máy Illumina. Xác định biến thể di truyền ở bệnh nhân tự kỷ. Xác định và chú giải biến thể.
Biến thể di truyền ở bệnh nhân T01. Biến thể di truyền ở bệnh nhân T02. Biến thể di truyền ở bệnh nhân T03. Biến thể di truyền ở bệnh nhân T06.
Biến thể di truyền ở bệnh nhân T07. Biến thể di truyền ở bệnh nhân T08. Biến thể di truyền ở bệnh nhân T09. Các gen nh y cảm với ASD có liên quan đến kênh ion.
SNP RS7725785 trên gen HTR4. 88 CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN KẾT QUẢ. Xác định và chú giải biến thể. Các gen liên quan đến biểu hiện bệnh đặc trƣng của ASD.
Các gen nh y cảm với ASD có liên quan đến kênh ion. Gen RYR2, RYR3. Đa h nh rs7725785 trên gen HTR4. 106 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ.
110 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN. 112 TÓM TẮT LUẬN ÁN BẰNG TIẾNG ANH. 113 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 120 v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết Tiếng Anh Tiếng Việt tắt The Autism Diagnostic Interview - Bảng phỏng vấn chẩn đoán ADI-R: Revised tự kỷ có điều chỉnh The Autism Diagnostic Observation Bảng quan sát chẩn đoán tự ADOS Schedule kỷ ASD Autism Spectrum Disorders Rối loạn phổ tự kỷ Công cụ gióng hàng BWA Burrows - Wheeler Alignment Tool Burrows-Wheeler Thang chẩn đoán tự kỷ tuổi CARS Childhood Autism Rating Scale ấu thơ Trung tâm kiểm soát dịch CDC Centers For Disease Control bệnh Bảng kiểm tra sàng lọc tự kỷ CHAT Check - list for Autism in Toddlers ở trẻ nhỏ chập chững biết đi Biến thể đa hình số lượng CNVs Copy number variants bản sao CS Cowden syndrome Hội chứng Cowden Developmental Behavior Checklist for Bảng câu hỏi phát triển hành DBC-P Parent vi cho bố mẹ The Single Nucleotide Polymorphism Ngân hàng dữ liệu đa hình dbSNP Database đơn nucleotide Cẩm nang chẩn đoán và Diagnostic and Statistical Manual of DSM thống kê về chứng rối loạn Mental Disorder tâm thần FXS Fragile X Hội chứng X dễ gãy Thang đánh giá tự kỷ GARS Gilliam Autism Rating Scale Gilliam vi GATK Genome Analysis Toolkit Công cụ phân tích hệ gen HDAC1 Histone deacetylase 1.
Dữ liệu đột biến gen người ICD International Classification of Diseases Phân loại quốc tế về bệnh tật Công cụ xem hệ gen hợp IGV Integrated Genomics Viewer nhất ID Intellectual disability Khuyết tật trí tuệ Bảng sàng lọc tự kỷ ở trẻ nhỏ M-CHAT Modifier Check-list Autism in Toddlers chập chững biết đi có sửa đổi MECP2 Chromatin architecture genes Các gen cấu trúc chromatin National Center for Biotechnology Trung tâm thông tin Công NCBI Information nghệ sinh học National Human Genome Research Viện Nghiên cứu quốc gia về NHGRI Institute gen người NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự thế hệ mới PDD- Pervasive Developmental Disorder Not Rối loạn phát triển lan tỏa NOS Otherwise Specified không xác định PDD Pervasive developmental disorders Rối loạn phát triển lan tỏa PL- The Pre - linguistic Autism Diagnostic Bảng quan sát chẩn đoán tự ADOS Observation Schedule kỷ dành cho trẻ chưa biết nói SAM Sequence Alignment / Map Sắp xếp/gióng hàng trình tự SBL sequencing by ligation Giải trình tự bằng ghép nối SBS sequencing by synthesis Giải trình tự bằng tổng hợp TS Tuberous Sclerosis Bệnh xơ cứng não củ Giải trình tự toàn bộ hệ gen WES Whole exome sequencing mã hóa WGS Whole Genome Sequencing Giải trình tự toàn bộ hệ gen vii DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Thông tin các mẫu bệnh nhân và gia đình nghiên cứu. Trình tự đoạn oligonuleotide. Chất lượng DNA tổng số.
Bảng thông tin chất lượng đọc của các mẫu giải trình tự. Kết quả gióng hàng của các mẫu giải trình tự với hệ gen tham chiếu. Kết quả xác định và chú giải biến thể. Số lượng biến thể sau các bước lọc của 07 bệnh nhân.
Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh nhân T01. Bảng thông kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T01. Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh 56 nhân T02. Thống kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T02.
Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh nhân T03. Bảng thông kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T03. Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh 67 nhân T06. Bảng thống kê biến thể của bệnh nhân T06.
Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh 74 nhân T07. Bảng thông kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T07. Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh 80 nhân T08. Bảng thống kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T08.
Các biến thể trên các gen có liên quan đến bệnh tự kỷ ở bệnh nhân T09. Bảng thông kê biến thể trên các gen mới ở bệnh nhân T09. Tổng kết các gen liên quan đến bệnh tự kỷ ở 07 bệnh nhân. Một số đa hình liên quan đến ASD được công bố trên thế giới 109 ix DANH MỤC HÌNH Hình 1.
Tỷ lệ bệnh tự kỷ ở một số nước phát triển trên thế giới. Tỷ lệ tự kỷ ở Việt Nam so với các nước trong khu vực Châu Á. Tình hình bệnh tự kỷ ở Việt Nam. Lịch sử nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ từ năm 1975 đến 25 năm 2015 Hình 2.
Quy trình tạo thư viện DNA. Sơ đồ phân tích dữ liệu giải trình bằng các phần mềm tin sinh chuyên sâu. Kết quả tách DNA tổng số từ mẫu máu toàn phần. Kết quả kiểm tra chất lượng thư viện DNA.
Hình ảnh minh họa file kiểm định chất lượng. Chất lượng dữ liệu của FastQ của các mẫu. Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T01. Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T02.
Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Ala2224Ser trên gen MUC16 ở bệnh nhân T02. Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Trp13569Cys ở bệnh nhân T02. Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T03. Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Val2430Ala trên gen MUC16 ở bệnh nhân T03.
Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T06. Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Leu13171Phe trên gen MUC16 ở bệnh nhân T06. Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Glu12869Lys trên gen MUC16 ở bệnh nhân T06.14 Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger cho phát hiện biến thể p.Leu111Pro và p.Arg3048Cys trên gen RYR3 ở bệnh nhân T06. Mô hình mô phỏng cấu trúc 3D của đột biến p.
Vị trí 5 domain đầu tiên của protein RYR3. Trình tự amino acid của RYR3 ở các loài khác nhau. Sự tương tác của các gen ở bệnh nhân T07. Kết quả giải trình tự bằng phương pháp Sanger phát hiện biến thể p.Val13167Met trên gen MUC16 ở bệnh nhân T07.
Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ
Trích dẫn luận án này
Nguyễn Thu Hiền (2019). Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome [Luận án tiến sĩ, Viện Công nghệ sinh học]. LuanAn.net. https://luanan.net/sinh-hoc/sinh-hoc-phan-tu-te-bao/exome
Câu hỏi thường gặp
Luận án "Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome" nghiên cứu về vấn đề gì?
Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam nhờ phương pháp giải trình tự exome, nghiên cứu đột phá về di truyền học.
Luận án "Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome" được bảo vệ tại trường nào?
Luận án này được bảo vệ tại Viện Công nghệ sinh học. Năm bảo vệ: 2019.
Luận án "Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome" có bao nhiêu trang?
Luận án "Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome" có 192 trang. Bạn có thể xem trước một phần tài liệu ngay trên trang web trước khi tải về.
Cách tải luận án "Phát hiện biến thể gen tự kỷ ở bệnh nhân Việt Nam bằng exome" về máy như thế nào?
Để tải luận án về máy, bạn nhấn nút "Tải xuống ngay" trên trang này, sau đó hoàn tất thanh toán phí lưu trữ. File sẽ được tải xuống ngay sau khi thanh toán thành công. Hỗ trợ qua Zalo: 0559 297 239.