Luận án tiến sĩ xác định tính đa hình của các gen tp53 và gen mdm2 ở bệnh nhân u

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN KHÁNH CHI XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH CỦA CÁC GEN TP53 VÀ GEN MDM2 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2019 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN KHÁNH CHI XÁC ĐỊNH TÍNH ĐA HÌNH CỦA CÁC GEN TP53 VÀ GEN MDM2 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 62720112 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS. Trần Huy Thịnh PGS. Nguyễn Thị Hà HÀ NỘI - 2019 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM ƠN Trong suốt quá trình thực hiện đề tài này tôi đã nhận được rất nhiều sự giúp đỡ của Lãnh đạo cơ quan, các đơn vị, Thầy Cô, đồng nghiệp, các bệnh nhân, bạn bè và gia đình thân yêu của mình. Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng tri ân sâu sắc tới PGS.

Nguyễn Thị Hà và PGS. Trần Huy Thịnh, là những người thầy, người hướng dẫn khoa học, đã tận tình giúp đỡ, động viên tôi trong suốt quá trình học tập, trực tiếp hướng dẫn tôi thực hiện nghiên cứu, góp ý và sửa chữa luận án. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS. Tạ Thành Văn, Hiệu trưởng Trường Đại học Y Hà Nội, trưởng Bộ môn Hóa sinh là người thầy đã tận tình truyền đạt kiến thức và những kinh nghiệm quý báu đồng thời tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình thực hiện đề tài và hoàn thành luận án này.

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến những thầy cô, đồng nghiệp, những người đã tạo mọi điều kiện, giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án: - Ban Giám Hiệu, Phòng Đào tạo Sau Đại Học - Trường Đại học Y Hà Nội. Phạm Thiện Ngọc - Nguyên trưởng Bộ môn Hóa Sinh cùng toàn thể các thầy cô, cán bộ trong Bộ môn Hóa Sinh - Trường Đại học Y Hà Nội. Trần Vân Khánh, Phó giám đốc Trung tâm Gen& Protein cùng toàn thể các cán bộ các nghiên cứu viên của Trung tâm. Ngô Quý Châu, Giám đốc Trung tâm Hô hấp - Bệnh viện Bạch Mai cùng toàn thể các bác sỹ, điều dưỡng của Trung tâm.

Mai Trọng Khoa - Giám Đốc Trung Tâm Y học hạt nhân và Ung Bướu Bệnh Viện Bạch Mai cùng toàn thể các bác sỹ, điều dưỡng của Trung tâm. - Toàn thể bác sỹ và điều dưỡng của Khoa Khám bệnh - Bệnh viện Bạch Mai LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Xin được gửi lời cảm ơn đến các bệnh nhân cùng gia đình của họ đã giúp tôi có được các số liệu trong luận án này. Xin cảm ơn các bạn bè, đồng nghiệp cùng các học trò thân yêu đã giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và thực hiện luận án. Cuối cùng, tôi xin ghi nhớ công ơn sinh thành, nuôi dưỡng và tình yêu thương của bố mẹ tôi, bố mẹ chồng tôi cùng sự ủng hộ, động viên của chồng, hai con và các em trong gia đình, những người đã luôn ở bên tôi, là chỗ dựa vững chắc để tôi yên tâm học tập và hoàn thành luận án.

Hà Nội, tháng 02 năm 2019 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi là Trần Khánh Chi, nghiên cứu sinh khóa 32 Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Hóa Sinh Y Học, xin cam đoan: 1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của Cô Nguyễn Thị Hà và Thầy Trần Huy Thịnh. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu.

Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này. Hà Nội, ngày 18 tháng 02 năm 2019 Người viết cam đoan Trần Khánh Chi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT bp : Base pair Cặp base CI : Confidence Interval Độ tin cậy DNA : Deoxyribonucleic Acid Dup16 : Duplication 16bp Thêm đoạn 16 cặp base GWAS : Genome-Wide Association Studies Các nghiên cứu so sánh ở mức toàn bộ hệ gen MDM2 : Murine Double Minute 2 NST : Nhiễm sắc thể RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism Đa hình chiều dài các đoạn cắt giới hạn bằng enzym RNA : Ribonucleic Acid SNPs : Single Nucleotide Polymorphisms Đa hình nucleotid đơn PAHs : Polycyclic Aromatic Hydrocarbons Các hydrocarbon thơm đa vòng PCR : Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi khuếch đại gen Oncogene : Gen gây ung thư LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com OR : Odds Ratio Tỷ suất chênh Tumor suppressor gene : Gen áp chế ung thư TP53 : Tumor Protein 53 Protein khối u có trọng lượng 53 kDa UTBM : Ung thư biểu mô UTPKTBN : Ung thư phổi không tế bào nhỏ Codon : Bộ ba mã hoá A, Ala : Alanin (GCT, GCC, GCA, GCG) D, Asp : Aspartic acid (GAT, GAC) G, Gly : Glycin (GGT, GGC, GGA, GGG) M, Met : Methionin (ATG) P, Pro : Prolin (CCT, CCC, CCA, CCG) R, Arg : Arginin (CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG) S, Ser : Serin (TCT, TCC, TCA, TCG, AGT, AGC) V, Val : Valin (GTT, GTC, GTA, GTG) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 1 ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư phổi là loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong cao nhất trong các loại hình ung thư hiện nay. Theo số liệu thống kê cập nhật tình hình ung thư trên toàn thế giới Globocan 2012, ung thư phổi có tỷ lệ mới mắc và tử vong hàng đầu ở nam giới, tỷ lệ mới mắc đứng thứ 3 và tỷ lệ tử vong đứng thứ 2 ở nữ giới. Cũng theo thống kê này, Việt nam là quốc gia nằm trong nhóm những nước có tỷ lệ mới mắc ung thư phổi cao nhất ở nam giới và đứng thứ 4 ở nữ giới [1].

Cho đến nay, phẫu thuật vẫn được xem là phương pháp điều trị hiệu quả nhất đối với ung thư phổi. Tuy nhiên, khoảng 50% bệnh nhân ung thư phổi khi được phát hiện đã ở giai đoạn muộn, không còn khả năng phẫu thuật, khi đó các phương pháp hóa trị, xạ trị được chỉ định nhưng hiệu quả hạn chế và thường mang lại nhiều tác dụng không mong muốn, làm giảm chất lượng cuộc sống của bệnh nhân [2]. Chính vì vậy việc phát hiện sớm các yếu tố nguy cơ để có biện pháp theo dõi và chẩn đoán sớm, can thiệp kịp thời sẽ đóng vai trò đặc biệt quan trọng nhằm ngăn ngừa sự phát sinh, phát triển ung thư đồng thời nâng cao hiệu quả của công tác khám và điều trị bệnh. Nghiên cứu cơ chế phân tử trong ung thư đã chứng minh rằng sự tích lũy đột biến gen theo thời gian dẫn tới sự phát sinh, phát triển mọi dạng tế bào ung thư trong cơ thể.

Quá trình chuyển dạng tế bào sang ác tính thường được đánh dấu bằng sự kích hoạt các gen gây ung thư và đột biến gây bất hoạt các gen áp chế ung thư dẫn đến tế bào không ngừng tăng sinh, biệt hóa và kháng lại sự chết tế bào (apoptosis) [3]. Cơ chế điều hoà gen đóng vai trò quan trọng và sự rối loạn cơ chế điều hoà này khiến hệ thống các enzym sửa chữa gen của tế bào không thể khắc phục dẫn tới việc tích lũy một số lượng lớn các đột biến, khởi phát quá trình ung thư. Sự điều hoà gen thông qua mức độ biểu hiện gen, sự tương tác gen và hoạt động của các gen đó trong các con đường tín hiệu tế bào. Điều này có liên quan chặt chẽ đến kiểu gen thể hiện bằng các đa hình nucleotid LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2 đơn (single nucleotide polymorphisms - SNPs) nằm rải rác trên toàn bộ chiều dài của gen.

Chính sự khác biệt một vài nucleotid trong các SNPs của gen có thể làm thay đổi cấu trúc phân tử protein và từ đó làm thay đổi sự tương tác và hoạt động của protein được mã hoá bởi gen đó. Các gen TP53 và MDM2 là nhóm gen nằm trong con đường tín hiệu p53- con đường đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì tính ổn định của bộ gen dưới tác động của các yếu tố có hại như sự thương tổn DNA, giảm oxy máu, rối loạn chuyển hóa hay tăng cường hoạt động của các gen sinh ung thư. Với mỗi biến đổi xảy ra trên gen TP53 hay gen MDM2 đều có thể làm thay đổi quá trình sinh lý tế bào và dẫn đến nguy cơ phát sinh, phát triển ung thư [4], [5], [6], [7]. Bên cạnh đó, gen TP53 và gen MDM2 đều là những gen đa hình, nhiều đa hình nucleotid đơn của 2 gen này đã được tìm thấy tạo ra những kiểu gen (genotype) khác nhau trong cộng đồng [8], [9], [10], [11].

Tuy nhiên, không phải tất cả các kiểu gen đó đều có khả năng thúc đẩy sự hình thành và tiến triển ung thư. Trên thực tế, người ta đã xác định được một số SNPs của gen TP53 và gen MDM2 có vai trò quan trọng trong bệnh sinh một số loại ung thư, trong đó có ung thư phổi [12]. Việc xác định các SNPs này có vai trò quan trọng trong việc đánh giá nguy cơ mắc bệnh và khả năng đáp ứng điều trị đối với từng cá thể. Tại Việt Nam, trong những năm gần đây đã có một số công trình nghiên cứu về vai trò của gen TP53 trong ung thư phổi, tuy nhiên chưa có nghiên cứu nào đánh giá tính đa hình của gen TP53 cũng như vai trò của gen MDM2 thông qua các SNPs liên quan đến ung thư phổi.

Nghiên cứu: “Xác định tính đa hình của các gen TP53 và gen MDM2 ở bệnh nhân ung thư phổi ” được thực hiện với 2 mục tiêu chính: 1. Xác định tỷ lệ kiểu gen của một số đa hình gen TP53 và gen MDM2 ở bệnh nhân ung thư phổi và người bình thường. Phân tích mối liên quan giữa một số đa hình gen TP53 và gen MDM2 với nguy cơ ung thư phổi. LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 3 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.

Ung thư phổi 1. Dịch tễ học ung thư phổi  Tình hình ung thư phổi trên thế giới Những nghiên cứu dịch tễ học hiện nay ghi nhận, ung thư phổi là loại ung thư thường gặp nhất và có tỷ lệ tử vong cao nhất trong các loại hình ung thư.