Thực trạng kháng kháng sinh vi khuẩn cộng đồng & yếu tố liên quan tại Việt Nam (2018-2019)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -------------------*------------------- TRẦN THỊ MAI HƯNG THỰC TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA MỘT SỐ VI KHUẨN THƯỜNG GẶP Ở CỘNG ĐỒNG VÀ MỘT SỐ YẾU TỐ LIÊN QUAN Ở VIỆT NAM NĂM 2018-2019 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG HÀ NỘI – 2022 ii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -------------------*------------------- TRẦN THỊ MAI HƯNG THỰC TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA MỘT SỐ VI KHUẨN THƯỜNG GẶP Ở CỘNG ĐỒNG VÀ MỘT SỐ YẾU TỐ LIÊN QUAN Ở VIỆT NAM NĂM 2018-2019 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y TẾ CÔNG CỘNG Chuyên ngành: Y tế công cộng Mã số: 62 72 03 01 Người hướng dẫn khoa học: 1. Trần Huy Hoàng 2. Dương Thị Hồng HÀ NỘI – 2022 iii LỜI CAM ĐOAN Tôi là Trần Thị Mai Hưng, nghiên cứu sinh khóa 36, Viện vệ sinh dịch tễ Trung ương, chuyên ngành Y tế công cộng, xin cam đoan: 1. Đây là luận án do bản thân tôi trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của TS.

Trần Huy Hoàng và PGS. Dương Thị Hồng. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam. Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu.

Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam kết này. Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Người viết cam đoan Trần Thị Mai Hưng iv LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên tôi muốn bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS. Trần Huy Hoàng, Phó trưởng Khoa Vi khuẩn- Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, là người hướng dẫn khoa học, đã luôn giúp đỡ tôi, tận tình truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm quý báu, luôn động viên tinh thần để tôi có thể hoàn thành luận án. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.

Dương Thị Hồng, Phó Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, là giáo viên đồng hướng dẫn, đã luôn nhiệt tình giúp đỡ, động viên tôi. Cô không chỉ truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm mà cả những bài học trong cuộc sống trong suốt quá trình học tập và thực hiện nghiên cứu để tôi có thể hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn sâu sắc đến các đồng nghiệp, các anh chị và các bạn của Phòng thí nghiệm Kháng sinh, đồng nghiệp tại Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương đã quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ tôi trong quá trình thực hiện nghiên cứu và hoàn thành luận án. Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành tới Trung tâm Đào tạo và Quản lý Khoa học, Bộ môn Y tế công cộng của Viện.

Các Thầy cô của Trung tâm và Bộ môn đã hướng dẫn, giúp đỡ tôi từ khi bắt đầu khoá học Nghiên cứu sinh, trong quá trình học tập và đến khi hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Lãnh đạo Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, các đồng nghiệp của Viện, các đồng nghiệp tại phòng Kế hoạch - Hợp tác quốc tế đã luôn giúp đỡ, động viên và tạo mọi điều kiện để tôi có đủ thời gian và trí tuệ hoàn thành luận án này. Cuối cùng con xin khắc ghi công ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dỗ của cha mẹ hai bên gia đình và sự ủng hộ, động viên, thương yêu, chăm sóc, khích lệ của chồng, con và các anh, chị, em những người luôn ở bên tôi, là chỗ dựa vững chắc để tôi yên tâm học tập và hoàn thành luận án. Hà Nội, ngày tháng năm 2022 Trần Thị Mai Hưng v Nghiên cứu được thực hiện sử dụng kinh phí của các đề tài/dự án: Đề tài cấp nhà nước "Đánh giá thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại Việt Nam, xác định đặc điểm cấu trúc gen và yếu tố liên quan của các vi khuẩn kháng thuốc thường gặp ở Việt Nam" (Mã số: MOST: NHQT/SPĐP/02.

Trần Huy Hoàng chủ nhiệm. vi MỤC LỤC DANH MỤC CÁC HÌNH. xii DANH MỤC CÁC BẢNG. xi DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ.

xii ĐẶT VẤN ĐỀ. TỔNG QUAN TÀI LIỆU. Kháng sinh và sự đề kháng kháng sinh. Lịch sử phát hiện kháng sinh và đề kháng kháng sinh.

Gánh nặng bệnh tật của vi khuẩn kháng kháng sinh và thực trạng kháng kháng sinh của một số vi khuẩn đáng quan tâm trên thế giới. Gánh nặng bệnh tật do kháng kháng sinh. Thực trạng vi khuẩn Klebsiella pneumoniae kháng thuốc. Thực trạng Escherichia coli kháng kháng sinh.

Kiến thức của người dân về kháng sinh và sử dụng kháng sinh. Các kĩ thuật phát hiện kháng kháng sinh và các kĩ thuật sinh học phân tử sử dụng trong phát hiện các gen kháng kháng sinh. Kỹ thuật PCR phát hiện gen kháng kháng sinh. Kỹ thuật điện di xung trường (PFGE).

Kỹ thuật Southern blot phân tích hệ gen vi khuẩn. Phân tích các plasmid. Nghiên cứu khả năng truyền plasmid kháng kháng sinh. Kỹ thuật phân loại trình tự đa vị trí ( Multi Locus Sequence Typing - MLST).

Vai trò của sinh học phân tử trong giải quyết các vấn đề y tế công cộng và nghiên cứu các vi khuẩn kháng kháng sinh. Vai trò của sinh học phân tử trong giám sát kháng kháng sinh. Vai trò của sinh học phân tử để xác định nguồn lây của vi khuẩn kháng kháng sinh. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

Phương pháp nghiên cứu:. Đối tượng nghiên cứu. Error! Bookmark not defined. Thời gian nghiên cứu:.

Địa điểm nghiên cứu:. Error! Bookmark not defined. Thiết kế nghiên cứu:. Cỡ mẫu: Áp dụng công thức tính cỡ mẫu cho một tỷ lệ:.

Biến số nghiên cứu:. Kỹ thuật thu thập thông tin. Các kỹ thuật xét nghiệm áp dụng. Phương pháp Xử lý và phân tích số liệu:.

Biện pháp khống chế sai số:. Kiểm soát tính chính xác và độ tin cậy của các kỹ thuật trong quá trình nghiên cứu. Đạo đức nghiên cứu. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU.

Thông tin chung của đối tượng nghiên cứu. Tỷ lệ kháng kháng sinh của một số loại vi khuẩn thường gặp của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã một số tỉnh Việt Nam năm 2018-2019. Đặc điểm của một số loại vi khuẩn thường gặp phân lập được tại cộng đồng. Đặc điểm sinh học phân tử và kháng kháng sinh của vi khuẩn E.

Đặc điểm các gen kháng kháng sinh ở các chủng E. coli phân tích bằng kỹ thuật giải trình tự hệ gen (WGS). Đặc điểm sinh học phân tử và kháng kháng sinh của các vi khuẩn Klebsiella spp. Một số yếu tố liên quan tới tỉ lệ mang gen kháng kháng sinh ở 2 chủng E.coli và Klebsiella spp.

Thực trạng kiến thức sử dụng kháng sinh của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã một số tỉnh Việt Nam năm 2018-2019. Kiến thức của đối tượng tham gia nghiên cứu về sử dụng kháng sinh và kháng kháng sinh. Thực trạng sử dụng kháng sinh trong chăn nuôi. Mối liên quan về kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn phân lập được từ nghiên cứu và với các chủng đang lưu.

Mối liên quan về kiểu gen giữa các chủng E. coli phân lập được của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã và với các chủng đang lưu hành. Mối liên quan về kiểu gen giữa các chủng Klebsiella spp. phân lập được của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã và với các chủng đang lưu hành 118 viii CHƯƠNG 4.

Đặc điểm kháng kháng sinh của vi khuẩn E.coli và Klebsiella spp. Đặc điểm kháng kháng sinh của vi khuẩn E. Đặc điểm kháng kháng sinh của vi khuẩn Klebsiella spp. Một số yếu tố liên quan đến tình trạng mang gen KKS ở cộng đồng.

Thực trạng kiến thức và sử dụng kháng sinh của người bệnh và gia đình người bệnh đến khám tại trạm y tế xã. Kiến thức về kháng sinh và kháng kháng sinh của người bệnh đến khám tại trạm y tế xã. Thực trạng sử dụng kháng sinh ở cộng đồng. Mối liên quan về kiểu gen của các chủng vi khuẩn phân lập được với các chủng đã từng phát hiện ra ở Việt Nam và trên thế giới.

Mối liên quan về kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn E.coli phân lập được trong nghiên cứu và với các vi khuẩn E.coli phân lập được tại Việt Nam và trên thế giới. Mối liên quan về kiểu gen giữa các chủng vi khuẩn K.pneumonia phân lập được trong nghiên cứu và với các vi khuẩn K.pneumonia phân lập được tại Việt Nam. Hạn chế của nghiên cứu và đề xuất nghiên cứu tiếp theo. Đóng góp của nghiên cứu.

147 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN. 150 TÀI LIỆU THAM KHẢO. i ix DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Viết đầy đủ tiếng anh Viết giải nghĩa tiếng việt A. baumannii Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii ADN Acid Deoxyribo Nucleic Acid Deoxyribo Nucleic BYT Bộ Y tế bp Base pair Đơn vị đo chiều dài của phân tử ADN CDC Centers for Disease Control Trung tâm Kiểm soát Bệnh and Prevention tật CLSI Clinical and Laboratory Viện Tiêu chuẩn lâm sàng Standards Institute và Phòng xét nghiệm COVID-19 Coronavirus disease 2019 Đại dịch Coronavirus 2019 CS Colistin Kháng sinh Colistin CRAB Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii Acinetobacter baumannii kháng Carbapenem CRE Carbapenem-resistant Enterobacterales kháng Enterobacterales Carbapenem E.

coli Escherichia coli Escherichia coli ESBLs Extended-spectrum β- Enzyme ly giải vòng β- lactamase lactam phổ rộng GLASS Global Antimicrobial Hệ thống giám sát kháng Resistance Surveillance kháng sinh toàn cầu System ICU Intensive Care Unit Đơn vị chăm sóc đặc biệt IMP Imipenem-resistant Pseudomonas K. Pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae KS Kháng sinh KPC Klebsiella pneumoniae Enzyme carbapenemase carbapenemase phát hiện ở K.pneumoniae MDR Multiple drug resistance Đa kháng thuốc x MIC Minimal Inhibitory Nồng độ kháng sinh tối Concentration thiểu ức chế sự phát triển của vi khuẩn MLST Multi Locus Sequence Phân loại trình tự đa vị trí Typing MRSA Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus kháng Methicillin NDM-1 New Delhi metallo-β- lactamase 1 NST Nhiễm sắc thể OXA Oxacillinase Enzyme Oxacillinase ly giải carbapenem PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi PFGE Pulsed-field Gel Điện di xung trường Electrophoresis P. aeruginosa Pseudomonas aeruginosa Trực khuẩn mủ xanh SARS-CoV2 Severe acute respiratory Vi-rút Corona 2 gây suy hô syndrome coronavirus 2 hấp cấp tính nặng S.