Luận án tiến sĩ: Đặc điểm dịch tễ học phân tử CIAV lưu hành ở gà miền Bắc Việt Nam - Học viện Nông nghiệp

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ĐÀO ĐOAN TRANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA VIRUS GÂY BỆNH THIẾU MÁU TRUYỀN NHIỄM Ở GÀ (CHICKEN INFECTIOUS ANEMIA VIRUS- CIAV) LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2020 luan an HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ------------------ ĐÀO ĐOAN TRANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA VIRUS GÂY BỆNH THIẾU MÁU TRUYỀN NHIỄM Ở GÀ (CHICKEN INFECTIOUS ANEMIA VIRUS- CIAV) LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9.08 Người hướng dẫn khoa học: PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ TS. Nguyễn Văn Giáp HÀ NỘI, NĂM 2020 luan an LỜI CAM ĐOAN Dữ liệu trong luận án là một phần của đề tài “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng và dịch tễ học phân tử của virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà (chicken infectious anemia virus, CIAV) lưu hành ở miền Bắc Việt Nam”, mã số 04/DAVB, được tài trợ bởi Dự án Việt- Bỉ, giai đoạn 2014-2019. Tôi xin cam đoan: (1) tất cả các kết quả thu được trong luận án này do bản thân tôi và nhóm nghiên cứu thực hiện và được phép công bố với sự đồng ý của chủ nhiệm đề tài và các thành viên tham gia thực hiện; (2) các kết quả được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và không trùng lặp với bất kỳ một luận án tiến sĩ nào đã công bố trước đây; (3) mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cảm ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án đều được chỉ rõ nguồn gốc.

Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả luận án Đào Đoan Trang i luan an LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án, tác giả đã nhận được sự giúp đỡ và tạo điều kiện của rất nhiều cá nhân, đơn vị và tổ chức. Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. Huỳnh Thị Mỹ Lệ và TS. Nguyễn Văn Giáp, những người đã trực tiếp hướng dẫn và chỉ bảo tận tình, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận án.

Bên cạnh đó, tôi muốn gửi lời cảm ơn đến dự án Việt- Bỉ tại Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã cấp kinh phí đề tài để tôi có thể thực hiện được nội dung nghiên cứu của luận án. Đồng thời, tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Ban Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, cùng toàn thể các thầy, cô giáo và cán bộ Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, đã tạo điều kiện thuận lợi trong quá trình học tập, trang bị cho tôi những kiến thức quý báu và giúp đỡ tôi hoàn thành công trình nghiên cứu này. Nhân dịp hoàn thành luận án, tôi xin được gửi lời cảm ơn chân thành đến tập thể Lãnh đạo và toàn thể cán bộ công nhân viên Trung tâm Thực nghiệm và Bảo tồn Vật nuôi (Viện Chăn nuôi), các đồng nghiệp, gia đình và bạn bè đã luôn tạo điều kiện về thời gian, động viên, chia sẻ vật chất, tinh thần, giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành luận án. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Nghiên cứu sinh Đào Đoan Trang ii luan an MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục các từ viết tắt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình ix Trích yếu luận án xi Thesis abstract xiii PHẦN 1.

Tính cấp thiết của đề tài 1 1. Mục tiêu nghiên cứu 2 1. Phạm vi nghiên cứu 2 1. Những đóng góp mới của đề tài 2 1.

Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài 3 PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 4 2. Virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà 4 2. Lịch sử phát hiện và phân loại virus gây bệnh 4 2.

Hình thái, cấu trúc CIAV 5 2. Sức đề kháng của CIAV 6 2. Tính kháng nguyên và sự biến đổi chủng của CIAV 7 2. Bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà 7 2.

Giới thiệu chung 7 2. Thiệt hại do bệnh thiếu máu truyền nhiễm gây ra 9 2. Loài vật mắc bệnh 9 2. Phương thức truyền lây 10 2.

Cơ chế sinh bệnh 11 2. Triệu chứng bệnh thiếu máu truyền nhiễm 11 2. Bệnh tích bệnh thiếu máu truyền nhiễm 14 2. Chẩn đoán bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà 16 iii luan an 2.

Biện pháp phòng bệnh 19 2. Đặc điểm dịch tễ học phân tử của CIAV 20 2. Mối quan hệ di truyền giữa các chủng CIAV 20 2. Sự lưu hành CIAV theo nhóm di truyền ở một số quốc gia 22 2.

Khác biệt di truyền của CIAV 23 2. Tình hình nghiên cứu về CIAV tại Việt Nam 25 PHẦN 3. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 3. Địa điểm nghiên cứu 26 3.

Thời gian nghiên cứu 26 3. Đối tượng/ vật liệu nghiên cứu 26 3. Đối tượng nghiên cứu 26 3. Dụng cụ và thiết bị 26 3.

Vật liệu nghiên cứu 27 3. Nội dung nghiên cứu 28 3. Nghiên cứu sự lưu hành của virus và bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà nuôi tại một số tỉnh/thành phố miền Bắc Việt Nam 28 3. Nghiên cứu một số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử của CIAV 29 3.

Phương pháp nghiên cứu 29 3. Phương pháp lựa chọn cơ sở chăn nuôi để thu mẫu 29 3. Phương pháp theo dõi triệu chứng lâm sàng và bệnh tích đặc trưng 29 3. Phương pháp mổ khám và lấy mẫu 30 3.

Phương pháp tách chiết ADN 30 3. Phương pháp PCR phát hiện CIAV 30 3. Phương pháp chứng minh độc lực của CIAV 31 3. Phương pháp giải trình tự gen và chú giải cấu trúc gen 32 3.

Phương pháp phân tích đặc điểm di truyền 32 3. Phương pháp xây dựng cây phát sinh chủng loại 33 3. Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 33 3. Phương pháp xử lý số liệu 33 PHẦN 4.

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 4. Sự lưu hành virus và bệnh thiếu máu truyền nhiễm 34 4. Kết quả nghiên cứu sự lưu hành CIAV 34 iv luan an 4. Triệu chứng lâm sàng và bệnh tích của gà nhiễm CIAV trong tự nhiên 37 4.

Đặc điểm về sự lưu hành của CIAV 40 4. Kết quả chứng minh độc lực của CIAV lưu hành ở gà tại miền Bắc 45 4. ĐẶc điểm dịch tễ học phân tử của CIAV tại miền Bắc 56 4. Đặc điểm di truyền bộ gen của CIAV lưu hành ở miền Bắc 56 4.

Đặc điểm di truyền của gen mã hóa capsid protein 60 4. Nguồn gốc phát sinh chủng loại của CIAV lưu hành tại miền Bắc 68 4. Đặc điểm phát tán theo không gian và thời gian của CIAV lưu hành tại miền Bắc 74 PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 82 5.

Đề nghị 83 Danh mục công trình công bố có liên quan đến luận án 84 Tài liệu tham khảo 85 Phụ lục 101 v luan an DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Chữ viết đầy đủ Nghĩa tiếng Việt ADN Acid Deoxyribonucleic Axit Deoxyribonucleic ALV Avian Leukosis Virus Virus gây bệnh Lơ-cô ở gà ARV Avian Reovirus Reovirus ở gà ATF Activating Transcription Factor Yếu tố khởi đầu phiên mã BWD Blue Wing Disease Bệnh cánh xanh CAA Chicken Anemia Agent Tác nhân gây thiếu máu ở gà CIA Chicken Infectious Anemia Thiếu máu truyền nhiễm ở gà CIAV Chicken Infectious Anemia Virus Virus gây thiếu máu truyền nhiễm ở gà ELISA Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay Phản ứng ELISA FAdV Fowl Adenovirus Adenovirus ở loài cầm FAdV4 Fowl Adenovirus serotype 4 Adenovirus ở loài cầm thuộc serotype 4 FPV Fowlpox Virus Virus gây bệnh đậu gia cầm GDP Gross Domestic Product Tổng sản phẩm quốc nội HPS Hydropericardium Bao tim tích nước ICTV International Committee on Ủy ban quốc tế về phân loại Taxonomy of Viruses virus IBD Infectious Brusal Disease Bệnh Gumboro IBDV Infectious Brusal Disease Virus Virus gây bệnh Gumboro IBH Inclusion Body Hepatitis Viêm gan thể vùi IFA Indirect Immunofluorescence Assay Phản ứng miễn dịch huỳnh quang gián tiếp ILTV Infectious Laryngotracheitis Virus Virus gây bệnh viêm thanh - khí quản truyền nhiễm LL Lymphoid Leukosis Bệnh Lơ-cô MD Marek’s Disease Bệnh Marek’s MDCC-JP2 Marek’s Disease Chicken Cell-JP2 Tế bào JP2 của gà mắc bệnh Marek’s MDCC-MSB1 Marek’s Disease Chicken Cell- MSB1 Tế bào MSB1 của gà mắc Marek’s MDV Marek’s Disease Virus Virus gây bệnh Marek’s ND Newcastle Disease Bệnh Newcastle NDV Newcastle Disease Virus Virus gây bệnh Newcastle vi luan an ORF Open Reading Frame Khung đọc mở PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng tổng hợp chuỗi ADN PCV Packed Cell Volume Tỷ khối huyết cầu REV Reticuloendotheliosis Virus Virus gây bệnh hệ lưới nội bì ở gia cầm RFLP Restriction Fragment Length Đa hình chiều dài các đoạn được Polymorphism cắt bằng enzyme SPF Specific Pathogen Free Sạch với một số loại mầm bệnh TTMV Torque Teno Mini Virus Virus Torque Teno Mini TTV Torque Teno Virus Virus Torque Teno VNT Virus Neutralization Test Phản ứng trung hòa virus VP Virion Protein Protein cấu tạo nên virion vii luan an DANH MỤC BẢNG TT Tên bảng Trang 2. Đối chiếu cách phân loại nhóm di truyền của CIAV 20 2. Khoảng cách di truyền của CIAV dựa vào gen ORF1 24 3. Trình tự mồi đặc hiệu dùng trong nghiên cứu 28 4.

Kết quả PCR phát hiện CIAV trong mẫu bệnh phẩm 34 4. Kết quả PCR phát hiện CIAV ở mẫu bệnh phẩm thu từ 10 tỉnh/thành phố miền Bắc Việt Nam 35 4. Kết quả phát hiện virus huyết ở gà sau gây nhiễm CIAV 47 4. Bệnh tích đại thể ở nhóm gà nhiễm CIAV 55 4.

Trình tự amino acid của VP1 liên quan đến độc lực của CIAV 67 viii luan an DANH MỤC HÌNH TT Tên hình Trang 2. Cây phát sinh chủng loại của giống Gyrovirus 4 2. Hạt virus dưới kính hiển vi điện tử 5 2. Cấu trúc bộ gen CIAV 6 2.

Bản đồ phân bố của CIAV ở các nước trên thế giới 8 2. Tương quan giữa biểu hiện bệnh, lứa tuổi và tình trạng miễn dịch trong bệnh thiếu máu truyền nhiễm 12 2. Triệu chứng của gà mắc bệnh thiếu máu truyền nhiễm 13 2. Biến động tỷ khối huyết cầu ở gà mắc bệnh 14 2.

Bệnh tích đại thể ở gà mắc bệnh thiếu máu truyền nhiễm 15 2. Kết quả RFLP-PCR phân biệt các chủng CIAV 17 2. Kết quả giải trình tự gen phát hiện đồng nhiễm các chủng CIAV 18 2. Cây phát sinh chủng loại CIAV 21 2.

Đặc điểm biến đổi amino acid của VP1 protein 24 4. Một số triệu chứng của gà nhiễm CIAV tự nhiên 37 4. Bệnh tích ở tuyến ức của gà nhiễm CIAV trong tự nhiên 38 4. Bệnh tích ở tủy xương gà nhiễm CIAV trong tự nhiên 39 4.

Bệnh tích ở túi Fabricius của gà nhiễm CIAV trong tự nhiên 40 4. Sự phân bố của CIAV tại một số tỉnh miền Bắc 41 4.