Luận án tiến sĩ: Căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp tại Bắc Giang 2004-2017

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC HÀ NỘI - 2020 2 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- DƯƠNG THỊ HIỂN MỘT SỐ CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO CẤP TẠI TỈNH BẮC GIANG, 2004 - 2017 Chuyên ngành: Vi sinh y học Mã số: 62 72 01 15 LUẬN ÁN TIẾN SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học : 1. PHAN THỊ NGÀ 2. VIÊN QUANG MAI HÀ NỘI - 2020 3 LỜI CẢM ƠN Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới: GS. Phan Thị Ngà, Nguyên trưởng Khoa Đào tạo và Quản lý Khoa học Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương và TS.

Viên Quang Mai, nguyên Viện trưởng Viện Pasteur Nha Trang, là những người thầy đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên, khuyến khích tôi trong suốt quá trình xây dựng đề cương, thu thập số liệu, viết báo cáo và hoàn thiện luận án. Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Khoa Vi rút, Trung tâm Đào tạo và Quản lý khoa học Viện Vệ sinh Dịch Tễ Trung ương; Phòng thí nghiệm Nagasaki -NIHE friendship; TS. Đỗ Phương Loan, các thầy cô trong chương trình đào t ạo Nghiên cứu sinh đã tạo mọi điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thiện luận án. Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc Ban lãnh đạo Sở Y tế Bắc Giang; Bác sỹ CKII.

Đặng Thanh Minh, Ban lãnh đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang; Tập thể cán bộ Khoa Xét nghiệm, Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Bắc Giang đã hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong quá trình thu thập số liệu, luôn tạo điều kiện tốt nhất trong suốt quá trình nghiên cứu, hoàn thiện luận án. Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Bệnh Viện Đa khoa tỉnh Bắc Giang, Bệnh viện Đa khoa Khu vực Lục Ngạn, Bệnh viện Sản Nhi Bắc Giang đã hỗ trợ tôi trong quá trình nghiên cứu, thu thập số liệu cho luận án. Tôi xin được cảm tạ những tình cảm vô bờ của bố mẹ, người thân trong gia đình, bạn bè, đồng nghiệp đã giúp đỡ và động viên tôi trong những ngày tháng học tập và nghiên cứu. Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Dương Thị Hiển 4 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi với sự hợp tác của đồng nghiệp và đã được sự đồng ý cho công bố luận án này.

Kết quả nghiên cứu trong luận án là trung thực và chưa từng công bố trong bất kỳ một công trình nào khác. Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm về những lời cam đoan này. Tác giả luận án Dương Thị Hiển M CL C Đ TV NĐ 1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 3 1. MỘT SỐ Đ C ĐIỂM CHUNG V HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 3 1.

Một số khái niệm 3 1. Tình hình hội chứng viêm não cấp 3 1. Căn nguyên gây hội chứng viêm não cấp 7 1. Căn nguyên vi rút gây hội chứng viêm não cấp 7 1.

Đ C ĐIỂM MỘT SỐ VI RÚT GÂY HỘI CHỨNG VIÊM NÃO C P 1. Vi rút viêm não Nhật Bản 9 1. Đặc điểm cấu trúc 9 1. Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 10 1.

Đặc điểm dịch tễ 11 1. Đặc điểm lâm sàng 12 1. Đặc điểm phân tử 13 1. Phòng và điều trị 15 1.

Đặc điểm cấu trúc 16 1. Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 17 1. Đặc điểm dịch tễ 18 1. Đặc điểm lâm sàng 18 1.

Đặc điểm phân tử 19 1. Phòng và điều trị 20 1. Vi rút Nam Định 21 1. Đặc điểm cấu trúc 21 1.

Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 22 1. Đặc điểm dịch tễ 22 1. Đặc điểm lâm sàng 22 1. Đặc điểm phân tử 22 1.

Phòng và điều trị 23 1. Vi rút đường ruột 24 1. Đặc điểm cấu trúc 24 1. Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 25 1.

Đặc điểm dịch tễ 25 1. Đặc điểm lâm sàng 25 1. Đặc điểm phân tử 25 1. Phòng và điều trị 28 1.

Đặc điểm cấu trúc 29 1. Đặc điểm ổ chứa, đường truyền 29 1. Đặc điểm dịch tễ 30 1. Đặc điểm lâm sàng 31 1.

Đặc điểm phân tử 31 1. Phòng và điều trị 34 iii 1. PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN VÀ NGHIÊN CỨU PHÂN TỬ VI 34 RÚT 1. Phương pháp chẩn đoán 34 1.

Phương pháp phân lập vi rút 35 1. Phương pháp miễn dịch Enzyme phát hiện IgM 36 1. Phương pháp PCr/Rt-PCR 37 1. Phương pháp nghiên cứu phân tử vi rút 38 1.

Giải trình tự nucleotid thê hệ thứ nhất (Phương pháp Sanger) 39 1. Phương pháp giải trình tự gen thế hệ thứ hai (NGS) 39 1. Những ứng dụng của kỹ thuật giải trình tự nucleotid 40 1. Phần mềm tin y sinh học 40 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 42 2.

Đối tượng nghiên cứu 42 2. Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 1 42 2. Đối tượng nghiên cứu mục tiêu 2 42 2. Tiêu chuẩn lựa chọn hoặc loại trừ đối tượng nghiên cứu 42 2.

Tiêu chuẩn lựa chọn 42 2. Tiêu chuẩn loại trừ 43 2. Thời gian, địa điểm nghiên cứu 43 2. Phương pháp nghiên cứu 44 2.

Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 1 45 2. Thiết kế nghiên cứu 45 2. Biến số nghiên cứu 45 2. Phương pháp thu thập số liệu 46 2.

Lựa chọn bệnh nhân có chẩn đoán lâm sàng HCVNC nghi do vi rút 46 iv 2. Lấy mẫu xét nghiệm 46 2. Tiêu chuẩn xác định ca bệnh do vi rút 46 2. Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 47 2.

Kỹ thuật xét nghiệm 48 2. Phương pháp nghiên cứu mục tiêu 2 51 2. Thiết kế nghiên cứu 51 2. Các biến số nghiên cứu 53 2.

Phương pháp thu thập số liệu 53 2. Vật liệu, trang thiết bị, hóa chất sử dụng cho nghiên cứu 53 2. Kỹ thuật ELISA-NS1 VNNB 54 2. Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút VNNB 55 2.

Kỹ thuật nuôi cấy phân lập vi rút đường ruột 58 2. Các biện pháp hạn chế sai số 59 2. Phương pháp xử lý số liệu 60 2. Đạo đức trong nghiên cứu 60 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.

Xác định một số căn nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 61 gây hội chứng viêm não cấp tại Bắc Giang, 2004-2017 3. Chẩn đoán xác định căn nguyên vi rút gây HCVNC 61 3. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút 65 3. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút đường ruột 65 3.

Một số đặc điểm HCVNC do vi rút viêm não Nhật Bản 70 3. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút Banna 77 3. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút Nam Định 82 3. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút xác định 86 v 3.

Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC tại Bắc 88 Giang, 2004-2017 3. Một số đặc điểm phân tử của vi rút VNNB 88 3. Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi rút đường ruột 95 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 4. Xác định một số căn nguyên vi rút Arbo, vi rút đường ruột, vi rút Herpes 99 gây hội chứng viêm não cấp tại Bắc Giang, 2004-2017 4.

Chẩn đoán xác định căn nguyên vi rút gây HCVNC 99 4. Một số đặc điểm HCVNC 99 4. Chẩn đoán xác định căn nguyên vi rút gây HCVNC 101 4. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút 103 4.

Một số đặc điểm HCVNC do vi rút đường ruột 103 4. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút viêm não Nhật Bản 107 4. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút Banna 114 4. Một số đặc điểm HCVNC do vi rút Nam Định 117 4.

Một số đặc điểm HCVNC do vi rút xác định 119 4. Một số đặc điểm phân tử vi rút VNNB, VRĐR gây HCVNC tại Bắc 122 Giang, 2004-2017 4. Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi rút VNNB 122 4. Đặc điểm sinh học phân tử của vi rút đường ruột 129 4.

Ưu điểm và hạn chế của nghiên cứu 132 KẾT LUẬN 134 KIẾN NGHỊ 136 CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vi CÁC CH VIẾT TẮT TỪ VIẾT TẮT TỪ TIẾNG ANH TỪ- NGHĨA TIẾNG VIỆT Arbo Arthropodborne Mang bởi côn trùng tiết túc ADN Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonuclêic ARN Ribonucleic acid Axit ribonucleic BAV Banna virus Vi rút Banna cDNA Complement DNA ADN bổ sung dNTP Deoxynucleotide triphosphate ddNTP Dideoxynucleotide triphosphate DNT Cerebrospinal fluid Dịch não tủy ELISA Enzyme Linked Immunorbent Thử nghiệm miễn dịch gắn assay enzyme G Genotype Kiểu gen HCVNC AES Hội chứng viêm não cấp HSV Herpes simplex virus Vi rút Hec-pec HT - Huyết thanh KN - Kháng nguyên KT - Kháng thể MAC-ELISA IgM Antibody Capture ELISA Kỹ thuật ELISA tóm bắt IgM MEM Minium Essential Medium Môi trường thiết yếu NDiV Nidovirus Vi rút Nam Định OD Opital density Mật độ quang học PBS Phosphate Buffer Saline Đệm muối phốt phát. P Probability Xác suất RT-PCR Reverse transcriptaze polymerase Phản ứng chuỗi phiên mã ngược chain reaction TAE Tris- Acetate – EDTA VNNB Japanese Encephalitis Virus Viêm não Nhật Bản VRĐR Enterovirus Vi rút đường ruột WHO World Health Organization Tổ chức Y tế Thế giới vii DANH M C HÌNH Hình 1. Vi rút viêm não Nhật bản. Cấu trúc vi rút viêm não Nhật 9 Bản (a) tổ chức bộ gen (b) cấu trúc bao ngoài (c) Hình 1.

Chu trình lây truyền vi rút VNNB trong tự nhiên 11 Hình 1. Phân bố địa lý viêm não vi rút thuộc họ Flaviviridae 11 Hình 1. Phân bố địa lý vùng có nguy cơ viêm não Nhật Bản 11 Hình 1. Phân bố địa lý và sự lan truyền của các kiểu gen vi rút viêm 13 não Nhật Bản Hình 1.

Cấu trúc vi rút Banna 16 Hình 1. Phân bố khu vực phát hiện được vi rút Banna 18 Hình 1. Phân tích sự tiến hóa BAV trên thế giới 1980-2012 20 Hình 1. Đặc điểm hình thái, cấu trúc phân tử của vi rút Nam Định 21 Hình 1.10 Cây phát sinh loài của một số vi rút họ Misoniviridae 23 Hình 1.

Cấu trúc vi rút đường ruột 24 Hình 1. Cây phát sinh loài của vi rút đường ruột gây viêm não tại 27 Hàng Châu, Trung Quốc dựa trên trình tự gen VP1, 5’UTR Hình 1. Cấu trúc vi rút Herpes 29 Hình 1. Cấu trúc phân tử vi rút Herpes 31 Hình 1.

Phân tích di truyền dựa trên trình tự toàn bộ genome của 50 32 chủng HSV-1 Hình 1. Hệ thống PCR ELISA phát hiện ADN của hãng Roche 34 Hình 2.