Luận án tiến sĩ thực trạng viêm não nhật bản một số đặc điểm của véc tơ và tác n

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- PHẠM KHÁNH TÙNG THỰC TRẠNG VIÊM NÃO NHẬT BẢN, MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA VÉC TƠ VÀ TÁC NHÂN GÂY BỆNH TẠI KHU VỰC TÂY NGUYÊN, 2005 – 2018 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y TẾ CÔNG CỘNG HÀ NỘI – 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- PHẠM KHÁNH TÙNG THỰC TRẠNG VIÊM NÃO NHẬT BẢN, MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA VÉC TƠ VÀ TÁC NHÂN GÂY BỆNH TẠI KHU VỰC TÂY NGUYÊN, 2005 – 2018 Chuyên ngành: Y tế công cộng Mã số: 62720301 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y TẾ CÔNG CỘNG Người hướng dẫn khoa học: 1.TS Đặng Tuấn Đạt 2.TS Phan Thị Ngà HÀ NỘI – 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi với sự hợp tác của các đồng nghiệp và được sự đồng ý của của Thầy, Cô hướng dẫn khoa học thống nhất cho công bố trong Luận án này. Kết quả nghiên cứu thể hiện trong Luận án này là trung thực và chưa công bố trong bất kỳ một công trình nào khác. Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm về những lời cam đoan này. Phạm Khánh Tùng ii LỜI CẢM ƠN Sau hơn 4 năm học tập, giờ đây khi cuốn Luận án tốt nghiệp tiến sĩ y tế công cộng đã và đang được hoàn thành.

Tôi chân thành biết ơn đến: Ban lãnh đạo Viện, các thầy cô giáo, Phòng Đào tạo Sau đại học; Phòng thí nghiệm, SHPT– Viện VSDT Trung Ương; Ban lãnh đạo Viện, Khoa Vi rút, Khoa Dịch tễ, Khoa Côn trùng - Viện VSDT Tây Nguyên, đã tạo điều kiện, giúp đỡ cho tôi trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu và thực hiện Luận án. Xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến GS.TS Đặng Tuấn Đạt và GS.TS Phan Thị Ngà, là thầy cô đã trực tiếp hướng dẫn, động viên khích lệ, tận tình giúp đỡ, hỗ trợ và định hướng cho tôi trong suốt thời gian học tập, thu thập số liệu nghiên cứu để thực hiện và hoàn thành Luận án này. Tôi xin cảm ơn đến tập thể, lãnh đạo Sở Y tế, Trung tâm Y tế Dự phòng tỉnh: Đắk Nông, Đắk Lắk, Gia Lai và Kon Tum; các Trạm y tế xã, thị trấn của 4 tỉnh Tây Nguyên, nơi tiến hành nghiên cứu, đã tạo điều kiện giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện Luận án. Xin được cảm ơn đến lãnh đạo UBND tỉnh Đăk Nông, lãnh đạo Sở Y tế Đắk Nông, lãnh đạo TYYT huyện Đắk R’lấp, lãnh đạo TTYTDP Đắk Nông đã tạo kiện cho phép tôi được tham gia học tập, nghiên cứu sinh.

Xin được cảm ơn các anh, chị em, bạn bè thân hữu đã khuyến khích tôi trên con đường học tập. Và sự biết ơn vô bờ bến của cha, mẹ, vợ và các con, người thân trong gia đình đã vất vả, dành mọi tình cảm, thời gian, vật chất và là nguồn động viên lớn để tôi hoàn thành khóa học nghiên cứu sinh. Hà Nội, tháng 8 năm 2020 Phạm Khánh Tùng iii MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ. 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU.

Dịch tễ học bệnh viêm não Nhật Bản. Đặc điểm muỗi Culex và vai trò truyền vi rút viêm não Nhật Bản. Đặc điểm phân tử/dịch tễ sinh học phân tử vi rút viêm não Nhật Bản 23 1. Vài nét tổng quan khu vực Tây Nguyên.

34 ĐỐI TƯỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu.

53 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Thực trạng bệnh viêm não Nhật Bản tại 4 tỉnh khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Thành phần loài, phân bố và tỷ lệ nhiễm vi rút viêm não Nhật Bản của muỗi thuộc giống Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Mô tả một số đặc điểm phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản phân lập được ở khu vực Tây Nguyên.

Thực trạng viêm não Nhật Bản tại 4 tỉnh khu vực Tây Nguyên, 2005- 2018. Thành phần loài, phân bố và tỷ lệ nhiễm vi rút viêm não Nhật Bản của muỗi thuộc giống Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Một số đặc điểm phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản phân lập được từ muỗi ở khu vực Tây Nguyên. Thực trạng viêm não Nhật Bản tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005–2018.

Thành phần loài, phân bố và tỷ lệ nhiễm vi rút viêm não Nhật Bản của một số loài muỗi Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2005–2018. Một số đặc điểm phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản phân lập được ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. 120 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ĐÃ CÔNG BỐ TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Phụ lục 1: Phiếu thu thập thông tin bệnh nhân VNNB (2005- 2018) Phụ lục 2: Phiếu thu thập thông tin, mẫu muỗi Culex giai đoạn (2005- 2016) Phụ lục 3: Phiếu thu thập thông tin, mẫu muỗi Culex giai đoạn (2017- 2018) Phụ lục 4: Phiếu định loại muỗi Culex giai đoạn, 2017- 2018 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT TỪ VIẾT TẮT TỪ TIẾNG ANH TỪ- NGHĨA TIẾNG VIỆT Arbo Arthropodborne Mang bởi côn trùng tiết túc AND Deoxyribonucleic acid Axit Deoxyribonuclêic ARN Ribonucleic acid Axit ribonucleic cDNA Complement DNA ADN bổ sung Cx Culex Muỗi Culex CS Cộng sự CBHD Cán bộ hướng dẫn dNTP Deoxynucleotide triphosphate ddNTP Dideoxynucleotide triphosphate DNT Cerebrospinal fluid (CSF) Dịch não tủy ELISA Enzyme Linked Immunorbent Thử nghiệm miễn dịch gắn assay enzyme G Genotype Kiểu gen GI Genotype I Kiểu gen I GIII Genotype III Kiểu gen III GV Genotype V Kiểu gen V HCVNC AES Hội chứng viêm não cấp KN - Kháng nguyên JEV Japanese Encephalitis Virus Vi rút Viêm não Nhật Bản KT - Kháng thể MAC-ELISA IgM Antibody Capture ELISA Kỹ thuật ELISA tóm bắt IgM MEM Minium Essential Medium Môi trường thiết yếu NCS Postgraduate Nghiên cứu sinh NGS Next Generation Sequencing Thế hệ thứ hai NKSS Asparagin-Lysine-Serine-Serine OD Opital density Mật độ quang học PBS Phosphate Buffer Saline Đệm muối phốt phát. P Probability Xác suất vi TỪ VIẾT TẮT TỪ TIẾNG ANH TỪ- NGHĨA TIẾNG VIỆT RT-PCR Reverse transcriptaze polymerase Phản ứng chuỗi phiên mã chain reaction ngược SKSS Serine- Lysine- Serine- Serine SR-KST-CTTW Sốt rét- Ký sinh trùng- Côn trùng Trung ương TMB Tetramethylbenzidine VNNB Japanese Encephalitis Virus Viêm não Nhật Bản VSDTTN Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên VSDTTW Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương WHO World Health Organization Tổ chức Y tế Thế giới vii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 3.

Tỷ lệ mắc, chết do hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản ở 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018. Tỷ lệ chết/ mắc do viêm não Nhật Bản tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005 – 2018. Phân bố theo huyện/thị xã/thành phố số mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo nhóm tuổi ở 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018.

Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo tuổi tại Gia Lai, 2005- 2018. Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo nhóm tuổi tại Kon Tum, 2005- 2018. Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo nhóm tuổi tại Đắk Lắk, 2005- 2018. Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo nhóm tuổi tại Đắk Nông, 2005- 2018.

Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo giới tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018. Phân bố mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo nhóm dân tộc tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018. Thành phần, phân bố một số loài muỗi Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Thành phần, phân bố một số loài muỗi Culex ở 4 tỉnh khu vực Tây Nguyên, 2005-2007.

Thành phần, phân bố một số loài muỗi Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2012-2014. Thành phần, phân bố một số loài muỗi Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2017-2018. Phân lập vi rút VNNB bằng tế bào C6/36 từ một số loài muỗi Culex thu thập ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Kết quả phân lập vi rút viêm não Nhật Bản bằng tế bào C6/36 từ một số loài muỗi Culex ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018.

Tỷ lệ nhiễm tối thiểu vi rút viêm não Nhật Bản trong một số loài của muỗi Culex thu thập ở khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Thông tin về các chủng vi rút phân lập từ muỗi Culex ở các tỉnh Gia Lai và Kon Tum thuộc khu vực Tây Nguyên, 2005-2018. Độ khác biệt ở mức nucleotide giữa các vi rút viêm não Nhật Bản GI ở Tây Nguyên với Việt Nam và khu vực. Đặc điểm các acid amin thay thế của vi rút viêm não Nhật Bản GI phát hiện ở khu vực Tây Nguyên so với chủng genotype I chuẩn.

Kiểu Haplotype của vi rút viêm não Nhật Bản phân lập ở khu vực Tây Nguyên. 90 ix DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1. Tình hình bệnh viêm não Nhật Bản ở Nhật Bản. Tình hình bệnh viêm não Nhật Bản ở Hàn Quốc.

Phân bố vùng lưu hành vi rút viêm não Nhật Bản trên thế giới. Vi rút viêm não Nhật Bản và cấu trúc genome. Chu trình lây truyền vi rút VNNB trong tự nhiên. Chu trình lây truyền của vi rút viêm não Nhật Bản.

Mật độ một số loài muỗi Culex ở Cát Quế, Hoài Đức, Hà Tây (cũ) đã thu thập để phân lập vi rút viêm não Nhật Bản, 2001-2003. Mật độ muỗi Culex tại tỉnh Sơn La, Điện Biên, Lào Cai, 2018. Sơ đồ kỹ thuật giải trình tự gen thế hệ thứ nhất. Mô phỏng từ trình tự peptide đến giải mã genome.

Phân bố địa lý và sự lan truyền của các kiểu gen vi rút viêm não Nhật Bản. Sơ đồ thiết kế nghiên cứu. Sơ đồ kỹ thuật MAC-ELISA chẩn đoán VNNB. Bản đồ vị trí các điểm thu thập muỗi Culex, 2017-2018.

Sơ đồ xây dựng cây di truyền phả hệ vi rút VNNB. Số mắc HCVNC, viêm não Nhật Bản theo tỉnh, 2005-2018. Phân bố số mắc hội chứng viêm não cấp, viêm não Nhật Bản theo tháng tại 04 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018. Phân bố số lượng muỗi Culex thu được theo thời gian (tháng) tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2018.

Phân bố số cá thể muỗi Culex thu được theo thời gian (tháng) tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2005- 2007. Phân bố số cá thể muỗi Culex thu được theo thời gian (tháng) tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2012- 2014. Phân bố số cá thể muỗi Culex thu được theo thời gian (tháng) tại 4 tỉnh Tây Nguyên, 2017- 2018. Xác định các mẫu vi rút viêm não Nhật Bản phân lập từ muỗi ở khu vực Tây Nguyên, 2007 bằng RT-PCR với cặp mồi đặc hiệu gen E .