Luận án Tiến sĩ: Đa dạng sinh học và di truyền khu hệ tôm vùng cửa sông Mê Kông, Vĩnh Long

BỘ GIÁO DỤC VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ ĐÀO TẠO VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- TRẦN THÀNH THÁI ĐA DẠNG SINH HỌC VÀ DI TRUYỀN KHU HỆ TÔM VÙNG CỬA SÔNG MÊ KÔNG, TỈNH VĨNH LONG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh - Năm 2026 iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN. ii MỤC LỤC. iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ KÝ VIẾT TẮT. vi DANH MỤC BẢNG .x DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ.

xii DANH MỤC PHỤ LỤC.xv MỞ ĐẦU. Lý do chọn đề tài. Mục tiêu nghiên cứu. Nội dung nghiên cứu.

Ý nghĩa khoa học và thực tiễn. Ý nghĩa khoa học. Ý nghĩa thực tiễn. Những đóng góp mới của luận án.

TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU .1 Tổng quan hệ sinh thái cửa sông. Một số đặc điểm cơ bản của hệ sinh thái cửa sông. Đa dạng các tiểu hệ sinh thái hợp thành. Vai trò của vật chất hữu cơ trong động lực dinh dưỡng cửa sông.

Sự thích nghi của sinh vật với điều kiện môi trường cửa sông. Hệ sinh thái cửa sông Mê Kông. Điều kiện môi trường, thủy văn. Thủy sinh vật cửa sông Mê Kông.

Đa dạng sinh học khu hệ tôm cửa sông. Đa dạng di truyền. Đa dạng thành phần loài. Cửa sông Mê Kông.

Tương tác giữa khu hệ tôm với các điều kiện môi trường. Dòng chảy, thành phần và dinh dưỡng trầm tích. Nhiệt độ và độ mặn. Các mối đe dọa với khu hệ tôm.

Phát triển thủy điện thượng nguồn. Chuyển đổi mục đích sử dụng đất và phá rừng. Phát triển công - nông nghiệp và thủy sản. Khai thác quá mức.

Biến đổi khí hậu. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Phương pháp nghiên cứu.

Khu vực nghiên cứu và thời gian khảo sát. Thu thập số liệu. Phương pháp thu, xác định trọng lượng và định danh mẫu tôm. Đo các thông số môi trường.

Xử lý số liệu. Đa dạng di truyền khu hệ tôm và hệ gen ty thể tôm càng xanh. Đặc điểm khu hệ tôm. Tương quan giữa môi trường và khu hệ tôm.

Đặc điểm hình thái và biến động quần thể tôm càng xanh. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN. Bước đầu xây dựng cơ sở dữ liệu đa dạng di truyền một số loài tôm bằng gen COI và hệ gen ty thể tôm càng xanh vùng cửa sông Mê Kông. Đa dạng và quan hệ di truyền một số loài tôm có giá trị thương mại ở vùng cửa sông Mê Kông.

Đặc điểm bộ gen ty thể tôm càng xanh Mê Kông. Kết quả kiểm tra mẫu và chuẩn bị thư viện WGS. Cấu trúc bộ gen ty thể tôm càng xanh Mê Kông. Quan hệ di truyền các loài trong họ tôm càng Palaemonidae dựa vào bộ gen ty thể.

Đa dạng quần xã tôm cửa sông Mê Kông. Đa dạng thành phần loài. Cấu trúc thành phần loài. Mật độ và sinh khối.

Các chỉ số đa dạng sinh học. Một số loài điển hình trong quần xã tôm. Đa dạng phân bố. Phân bố theo không gian (cửa sông).

Phân bố theo không gian (khu vực khảo sát). Phân bố theo thời gian (mùa). Một số yếu tố môi trường nước mặt ảnh hưởng đến đa dạng sinh học khu hệ tôm cửa sông Mê Kông. Đặc điểm môi trường nước mặt cửa sông Mê Kông.

Ảnh hưởng của các yếu tố môi trường đến đặc điểm quần xã tôm cửa sông Mê Kông. Ảnh hưởng đến phân bố không - thời gian của quần xã tôm cửa sông Mê Kông. Biến động không - thời gian của quần xã. Phân bố các nhóm sinh thái.

Nghiên cứu điển hình tôm càng xanh cửa sông Mê Kông. Mật độ, sinh khối. Mật độ, sinh khối. Ảnh hưởng của một số yếu tố môi trường nước mặt lên mật độ, sinh khối và hình thái tôm càng xanh.

Mật độ và sinh khối. Biến động quần thể và giải pháp khai thác bền vững. Chiều dài tối đa L∞ và hệ số tăng trưởng K. Bổ sung quần thể.

Ước lượng hệ số chết. Đề xuất giải pháp khai thác bền vững tôm càng xanh cửa sông Mê Kông .114 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .117 DANH MỤC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .118 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO. I vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ KÝ VIẾT TẮT TT Từ viết tắt Tiếng Việt Tiếng Anh 1 A- Kiểu trưởng dị hướng âm Negative allometric 2 A+ Kiểu trưởng dị hướng Positive allometric dương 3 AL Chiều dài phần bụng Abdominal length 4 B’/R Sinh khối còn lại trên mỗi Relative biomass-per-recruit cá thể 5 BIOENV Phân tích so khớp sinh Biota-Environment học-môi trường Matching 6 BL Cửa Ba Lai 7 BLAST Thuật toán so sánh trình Basic Local Alignment tự nucleotide Search Tool 8 BOD Nhu cầu oxy sinh hóa Biochemical Oxygen Demand 9 CaL Chiều dài đốt cổ tay Carpus length 10 CANOCO Phần mềm CANOCO Canonical Community Ordination 11 CaW Chiều rộng đốt cổ tay Carpus width 12 CC Cửa Cổ Chiên 13 CD Cửa Đại 14 CH Chiều cao giáp đầu ngực Carapace height 15 CL Chiều dài giáp đầu ngực Carapace length 16 COD Nhu cầu oxy hóa học Chemical Oxygen Demand 17 COI Tiểu đơn vị I của enzyme Cytochrome c Oxidase cytochrome c oxidase Subunit I 18 CW Chiều rộng giáp đầu ngực Carapace width 19 DaL Chiều dài đốt ngón Dactylus length 20 dbRDA Phân tích hồi quy dựa trên Distance-based Redundancy khoảng cách Analysis 21 ĐBSCL Đồng bằng sông Cửu Long 22 DCW Chiều dài chéo giáp đầu Diagonal carapace length ngực 23 DistLM Phân tích mô hình tuyến Distance-based Linear tính dựa trên khoảng cách Model vii TT Từ viết tắt Tiếng Việt Tiếng Anh 24 DNA Axit Deoxyribonucleic Deoxyribonucleic Acid 25 DO Oxy hòa tan Dissolved Oxygen 26 E Tỷ lệ khai thác Exploitation rate 27 E0,1 Mức khai thác khi độ dốc hàm sản lượng giảm còn 10% 28 E0,5 Mức khai thác tại đó sinh khối giảm còn 50% 29 ELEFAN Phân tích tần suất chiều Electronic Length dài bằng phương pháp Frequency Analysis điện tử 30 EMax Mức khai thác cho sản lượng tối đa 31 EN Loài nguy cấp Endangered 32 F Hệ số chết do khai thác Fishing mortality rate 33 FiSAT Phần mềm FiSAT FAO-ICLARM stock Assessment Tools 34 GPS Hệ thống định vị toàn cầu Global Positioning System 35 Hd Đa dạng haplotype Haplotype diversity 36 HL Cửa Hàm Luông 37 HL Chiều dài đầu Head length 38 HSD Kiểm định sự khác biệt Tukey’s Honestly thực sự có ý nghĩa Tukey Significant Difference 39 I Kiểu tăng trưởng đẳng Isometric hướng 40 IsL Chiều dài đốt hông Ischium length 41 IsW Chiều rộng đốt hông Ischium width 42 M Hệ số chết tự nhiên Natural mortality rate 43 MEGA Phần mềm MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis 44 MeL Chiều dài đốt đùi Merus length 45 MeW Chiều rộng đốt đùi Merus width 46 MITOS Máy chủ phân tích và chú Mitochondrial Genome giải bộ gen ty thể Annotation Server viii TT Từ viết tắt Tiếng Việt Tiếng Anh 47 NCBI Trung tâm Thông tin National Center for Công nghệ Sinh học Quốc Biotechnology Information gia Hoa Kỳ 48 NCN Nghiên cứu này 49 nmMDS Phép thu giảm đa chiều non-metric phi tuyến tính Multidimensional Scaling 50 PaL Chiều dài đốt bàn Palm length 51 PaW Chiều rộng đốt bàn Palm width 52 PCA Phân tích thành phần Principal Component chính Analysis 53 PCGs Các gen mã hóa protein Protein-Coding Genes 54 PCR Phản ứng chuỗi Polymerase Chain Reaction polymerase 55 PERMANOVA Phân tích phương sai đa Permutational multivariate biến hoán vị ANOVA 56 PERMDISP Phân tích hoán vị sự phân Permutational Analysis of tán đa biến Multivariate Dispersions 57 PL Chiều dài chân ngực số 2 Pereiopod length 58 PRIMER Phần mềm PRIMER Plymouth Routines In Multivariate Ecological Research 59 PSU Đơn vị độ mặn thực tế Practical Salinity Unit 60 RDA Phân tích hồi quy đa biến Redundancy Analysis tuyến tính 61 RL Chiều dài chùy (gai đầu) Rostrum length 62 RNA Axit ribonucleic Ribonucleic Acid 63 rRNAs RNA ribosome ribosomal RNAs 64 SIMPER Phân tích phần trăm đóng Similarity Percentage góp vào độ tương đồng Analysis 65 TAE Đệm TAE Tris-Acetate-EDTA buffer 66 TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam 67 TCX Tôm càng xanh 68 TeL Chiều dài đuôi kiếm Telson length 69 TeW Chiều rộng đuôi kiếm Telson width 70 TL Tổng chiều dài Total length ix TT Từ viết tắt Tiếng Việt Tiếng Anh 71 tRNAs RNA vận chuyển transfer RNAs 72 TSS Tổng chất rắn lơ lửng Total Suspended Solids 73 Tw Tổng trọng lượng Total weight 74 VBGF Phương trình tăng trưởng von Bertalanfy Growth VBGF Function 75 WGS Giải trình tự toàn hệ gen Whole Genome Sequencing 76 Y’/R Sản lượng tương đối trên Relative yield-per-recruit mỗi cá thể 77 Z Hệ số chết tổng Total mortality rate 78 π Đa dạng nucleotide Nucleotide diversity x DANH MỤC BẢNG Bảng 2. Mô tả các đặc điểm hình thái tôm càng xanh được sử dụng trong nghiên cứu.

Đa dạng di truyền một số loài tôm có giá trị thương mại trong khu hệ tôm cửa sông Mê Kông. Cấu trúc các gen của bộ gen ty thể tôm càng xanh Mê Kông. Thành phần nucleotide của các gen và độ lệch trong bộ gen ty thể tôm càng xanh Mê Kông. Cách sử dụng codon của các gen mã hóa protein (PCGs) trong bộ gen ty thể loài tôm càng xanh Mê Kông.

So sánh các chỉ số đa dạng sinh học giữa khô hệ tôm cửa sông Mê Kông và một số khu vực khác trên thế giới. Kết quả phân tích SIMPER các loài (mật độ cá thể/1.000 m2 và tỷ lệ đóng góp %) đóng góp vào sự tương đồng theo cửa sông (Cổ Chiên CC, Hàm Luông HL, Ba Lai BL, Cửa Đại CD), khu vực (CS. Trong CST, CS. Ngoài CSN) và mùa (Khô K, mưa M).

Giới hạn đóng góp: 95%. Kết quả phân tích PERMANOVA 3 yếu tố (Cửa sông Cs; Khu vực khảo sát Kv; Mùa Ma) các đặc điểm khu hệ (đơn biến) và toàn bộ khu hệ (đa biến) tôm cửa sông Mê Kông). Giá trị p < 0,05 được in đậm. Phân tích pairwise PERMANOVA các đặc điểm khu hệ tôm cửa sông Mê Kông (Cửa sông Cs (Cổ Chiên CC, Hàm Luông HL, Ba Lai BL, Cửa Đại CD), khu vực Kv (CS.

Trong CST, CS. Ngoài CSN và mùa Ma (khô, mưa). Giá trị p < 0,05 được in đậm). Phân tích pairwise PERMANOVA và SIMPER khu hệ tôm cửa sông Mê Kông (Cửa sông (Cổ Chiên CC, Hàm Luông HL, Ba Lai BL, Cửa Đại CD), khu vực (CS.

Trong CST, CS. Ngoài CSN và mùa (khô, mưa)). Giá trị p < 0,05 được in đậm. Giá trị trung bình (± độ lệch chuẩn) các thông số môi trường sống của khu hệ tôm cửa sông Mê Kông theo mùa, cửa sông và khu vực khảo sát .