Luận án tiến sĩ sinh học nghiên cứu ở mức độ phân tử khả năng kháng carbapenem c

DAI HOC QUOC GIA HA NOI TRUONG DAI HOC KHOA HOC TU NHIEN TRAN DIEU LINH NGHIÊN CỨU Ở MỨC ĐỘ PHẦN TỬ KHẢ NĂNG KHANG CARBAPENEM CUA MOT SO VI KHUAN GRAM AM PHAN LAP TU BENH NHAN TAI BENH VIEN VIET DUC VA BỆNH VIỆN TRUNG ƯƠNG QUẦN ĐỘI 108 LUẬN ÁN TIÊN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2018 DAI HOC QUOC GIA HA NOI TRUONG DAI HOC KHOA HOC TU NHIEN TRAN DIEU LINH NGHIEN CUU O MUC DO PHAN TU KHA NANG KHANG CARBAPENEM CUA MOT SO VI KHUAN GRAM AM PHAN LAP TU BENH NHAN TAI BENH VIEN VIET DUC VA BỆNH VIỆN TRUNG ƯƠNG QUẦN ĐỘI 108 Chuyên ngành: VỊ sinh vật học Mã số: 62420107 LUẬN ÁN TIÉN SĨ SINH HỌC NGUOI HUONG DAN KHOA HOC: 1. Dang Duc Anh 2. Pham Van Ty Hà Nội - 2018 LOI CAM DOAN TOi xin cam doan: Đây là công trình nghiên cứu khoa học của riêng tôi, tât cả các kêt quả và sô liệu trong luận án do chính tôi thực hiện. Tât cả các sô liệu trình bày trong luận án là trung thực, một phân đã được công bô trên các tạp chí khoa học trong nước và nước ngoài.

Phân còn lại trong luận án chưa được ai công bồ trong bất kỳ công trình nghiên cứu nào khác. Tác giả của luận an Trân Diệu Linh LOI CAM ON Lời đầu tiên tôi muốn bày tỏ lòng biết ơn sâu săc nhất tới GS. Dang Duc Anh, Viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, là người hướng dẫn khoa học, đã luôn giúp đỡ tôi, tận tình truyền đạt những kiến thức và kinh nghiệm quý báu để tôi có thê hoàn thành luận án. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến GS.

Phạm Văn Ty, nguyên giảng viên Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc g1a Hà Nội, là giáo viên đồng hướng dẫn, đã luôn nhiệt tình giúp đỡ, chỉ bảo động viên tôi trong quá trình học tập và thực hiện nghiên cứu đề tôi có thê hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đên TS. Trân Huy Hoàng, Phó Trưởng khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh Dich té Trung ương, là cô vẫn khoa học trong suốt qua trình nghiên cứu, đã tận tình giúp đỡ, hướng dẫn tôi thực hiện các nghiên cứu, tạo điều kiện cho tôi hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu săc đến GS.

Timothy Walsh, Trường Đại hoc Cardiff, Anh va TS. Masato Suzuki, Vién Nghiên cứu Quốc gia các Bệnh truyền nhiễm Nhật Bản đã hợp tác giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn; TS. Rogier Van Doorm, Don vị nghiên cứu lâm sàng Trường Đại học Oxford Hà Nội (OUCRU) da hỗ trợ phân tích kết quả, tạo điều kiện cho tôi hoàn thành luận án này. Tôi xin bày tỏ lòng cảm ơn chân thành tới các bạn đông nghiệp của Phòng thí nghiệm Kháng sinh Khoa Vì khuẩn, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương và OUCRU đã quan tâm, giúp đỡ, hỗ trợ tôi trong quá trình thực hiện nghiên cứu và hoàn thành luận án.

Tôi xIn gửi lời trần trọng cảm ơn tỚI: — Ban gidm doc, Trung tâm Đảm bảo chất lượng xét nghiệm và Kiểm chuẩn, Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh Dịch té Trung ương; — Ban gidm đốc cùng toàn thể cán bộ Khoa Vi sinh vật và Khoa Sinh học phân tử, Bệnh viện Trung ương Quân đội 108; —_ Ban giám độc cùng toàn thê cán bộ Khoa Vi sinh vật, Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức. Cuôi cùng tôi xin ghi nhớ công ơn sinh thành, nuôi dưỡng, dạy dô của cha mẹ tôi, cha mẹ chông và sự ủng hộ, động viên, thương yêu, chăm sóc, khích lệ của chông, con và các em, những người luôn ở bên tôi, là chô dựa vững chắc đê tôi yên tâm học tập và hoàn thành luận án. Hà Nội, ngày thang năm 2018. Tran Diệu Linh Nghiên cứu được thực hiện sử dụng kinh phí của các đề tài/dự án: - Dé tai cap nha nước "Đánh giá thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại Việt Nam, xác định đặc điểm cẫu trúc gen va yếu tô liên quan cua cac v1 khuan kháng thuốc thường gặp ở Việt Nam" (Mã số: MOST: NHQT/SPĐP/02.

Trần Huy Hoàng chủ nhiệm. - Để tài nhánh “Dịch tễ học phân tử của cac chung Enterobacteriaceae va Acinetobacter khang carbapenem" thudc Du an "Phat trién va ap dung cac ky thuật chấn đoán chuyên sâu một số bệnh truyền nhiễm tại Việt Nam" giữa Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương và Viện Nghiên cứu Quốc gia các Bệnh truyền nhiễm Nhật Bản giai đoạn 2016-2019 do TS. Trần Huy Hoàng chủ nhiệm. MỤC LỤC MUC 0 2.

4 DANH MỤC CÁC HÌNH. - - SE 111811 31511111 1115151111111 1111 1111111111 kg 7 DANH MỤC CÁC BẢNG. Vi khuan Gram 4m và tính kháng kháng sinh. Vi khudin Gram Am.

Tinh khang kháng sinh của vi khuân Gram âm. Cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn Gram âm. Cơ sở di truyền học của cơ chế kháng kháng sinh. Khang sinh nhóm carbapenem và cơ chế kháng kháng sinh nhom carbapenem của vi khuẩn Gram âm .---- - + xxx E E8 EEE E18 E119 ng ri 25 1.

Kháng sinh nhóm carbapenem. Cơ chế đề kháng kháng sinh nhóm carbapenem của vi khuẩn Gram âm T000 11 1111011 11 1111111111110 0 1111 1 0T 11111111 1 1 1111111110 00 9 E000 1 18835 28 1. Một số phương pháp hiện đại ứng dụng trong nghiên cứu cơ chế dé khang carbapenem ở mức độ phân tử và khả năng lan truyện của các chủng vi khuẩn mang 5208. Các phương pháp nghiên cứu đặc tính và cơ chế kháng carbapenem ở mức độ phân tử của các chủng vi khuẩn kháng thuốc.

Cac phương pháp nghiên cứu khả năng lan truyền của các chủng vi khuẩn mang øen kháng .----- - - - + + + + + 2611111111161 11111101113 11111111111 cv xo de 1. Tinh hinh khang khang sinh nhom carbapenem cua vi khuan Gram 4m trén thé BIOL Va tal Vist Naim. Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenem của vi khuẩn Gram âm trên thê ØIỚI. Tình hình kháng kháng sinh nhóm carbapenem của vi khuan Gram âm tại VIỆt ÌNaIm.

-- - - - LĂc HS nu cu cv vu ví 51 CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Địa điểm nghiên CỨU. Thiết kế nghiên UU.

Thời gian và địa điểm thực hiện nghiên cứu. Thời ø1an thực hiện. Địa điểm thực hiện. Đối tượng nghiên CỨU.

G6333 SE 3v vn TT TT ri 55 2. Cỡ mẫu nghiên CỨU.-- - + ¿+ E + E SE 1E EEEE8 E8 1E E1 3 11 1 1 1 1c ty, 55 2. Cỡ mẫu cho mục tiêu Ì. Cỡ mẫu cho mục tiêu 2 .- -- 2e tt E238 158 85588558 EE28EE28EE23E E285 ccsg 56 2.

Sơ đô tóm tắt các bước nghiên CỨU. Sơ đô tóm tắt các bước nghiên cứu đáp ứng mục tiêu l. Sơ đô tóm tắt các bước nghiên cứu đáp ứng mục tiêu 2. Phương pháp nghiÊn CỨU.

Trang thiết bị chính. - -- cs St xxx E18 S8EEESESEEEEEESEEEEEESESEEErkskrrererkred 59 2. Nuôi cây và định danh lại vi khuẩn. Tách chiết ADN.

Phản ứng chuỗi polymerase (PC ),. CHải trình fỰ ĐØ€TI.---ccc Q1 1001110110102 111101 10 1111111 11v ng ko 60 2. Thử nghiệm khả năng sinh enzyme carbapenemase của các chủng mang gen khang băng phương pháp Carba NP cai tién (Carba NP - direct). Thử nghiệm xác định nồng độ khang sinh tối thiêu ức chế sự phát triển của vi khuẩn (MÍC).-- c tt 12318 5118115111111 51 511111 11511111111 E11 xe rkreở 62 2.

Kỹ thuật điện di xung trường (PEFGE). Kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen của vi khuẩn (WGS). KY thuat SI-PFGE va Southern blot. Kỹ thuật tiếp hợp vi khuẩn đề truyền plasmid.

Xtr ly va phan tich $6 liGu. Kiểm soát tính chính xác và độ tin cậy của các kỹ thuật trong quá trình nghiên 2 ằăằăằăằăằằ. Đạo đức trong nghiÊn CỨU. KẾT QUÁ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN.

Một số đặc điểm chung của các chủng vi khuẩn phân lập tại 2 bệnh viện. Phát hiện sự có mặt của các gen mã hoá carbapenemase ở các chủng vi khuân kháng carbapenem phân lập tại 2 bệnh viện. Xác định khả năng sinh enzyme carbapenemase và mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuân mang gen mã hoá carbapenemase. Xác định khả năng sinh enzyme carbapenemase của các chủng vi khuẩn mang øen mã hoá carbapenemase.

Xác định mức độ nhạy cảm kháng sinh của các chủng vi khuẩn mang gen mã hoá carbapenemase theo tiêu chuẩn lâm sàng. Xác định mỗi liên hệ về kiểu øen của các chủng vi khuẩn mang gen mã hoá carbapenemase phân lập tại Bệnh viện Việt Đức và Bệnh viện Trung ương quân 200101 O. Xác định mối liên hệ về kiểu gen của các chủng vi khuẩn sinh enzyme carbapenemase trong nghiên cứu băng kỹ thuật PFGE. Xác định mỗi liên hệ vê kiểu gen và sequence type của các chủng vi khuẩn sinh enzyme carbapenemase tại Việt Nam và trên thế giới băng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen của vi khuẩn.

tt tt S2 E23 11511511531 551 18115315315 se. Xác định cơ chê lan truyền qua trung gian plasmid của các chủng vi khuẩn mang øen mã hoá carbapene1mase. Xác định đặc điểm của các plasmid mang gen mã hoá carbapenemase 3. Xác định khả năng lan truyền gen kháng qua trung gian plasmid giữa các chủng vi khuân.

¿tt tk tt E111 11111 1 11111 E111 1E 11111 H111 ng ni 117 3. Xác định câu trúc của các yêu tô di truyén di động mang gen mã hoá @121019ã195i 211222027577. Cầu trúc của các yêu tô di truyền di động mang øen Ö/Zkpc-2. Câu trúc của các yếu tô đi truyền di động mang gen ÖÏ#NDw-1.

Cầu trúc của các yêu tô di truyền di động mang gen Ö/2oxA-48. Câu trúc của yêu tô di truyền di động mang øen Ö/2iwp-1. Câu trúc của yêu tô di truyện di động mang øen Ö/đoxA-23. --- 1 St SE 123111515151 115151 1111111111111 1111111111111 1111111111111 xe 131 KIÊN NGHỊ,.

133 DANH MỤC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIÁ ĐÃ XUẤT BẢN CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN. 134 TÀI LIỆU THAM KHẢO.- -- St E3 S353 E8 E838 SE EEEEEEESEEEEEEEEEEEEEkErrrkekrkred 135 PHU LUC TALI LIỆỆU. G- (SE 88 E858 E8 EE E858 SE E33 SE E111 E111 111 rk. PHU LUC 1: DANH SACH MAU NGHIEN CUU VA KET QUA THEO MOT SO )/9)8801/e7e07.

ằ PHỤ LỤC 2: DANH SÁCH MẪU NGHIÊN CỨU ĐƯỢC GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ HỆ GEN CỦA MỤC TIỂU 2.-- 2+ t2 E S8 E23 E98 53558858858 E3E 5885385155553 553 E513 xe PHU LUC 3: BANG PHIEN GIAI KET QUA MIC THEO TIEU CHUAN CLSI 2017 eeeeeeeoeeeveeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee A.