Luận án bệnh than tại các tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam - Phạm Văn Khang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- PHẠM VĂN KHANG THỰC TRẠNG VÀ MỘT SỐ YẾU TỐ NGUY CƠ CỦA BỆNH THAN TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM, 2010 - 2022 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI - 2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- PHẠM VĂN KHANG THỰC TRẠNG VÀ MỘT SỐ YẾU TỐ NGUY CƠ CỦA BỆNH THAN TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM, 2010 - 2022 Ngành : Y học dự phòng Mã số : 9 72 01 63 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. TRẦN NHƯ DƯƠNG 2. PHẠM QUANG THÁI HÀ NỘI - 2023 i LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc nhất tới PGS. Trần Như Dương và PGS.

Phạm Quang Thái, những người thầy đã tận tình hướng dẫn, động viên và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận án. Tôi xin trân trọng cảm ơn PGS. Hoàng Thị Thu Hà đã tận tình chỉ bảo và đóng góp những ý kiến quý báu trong suốt quá trình thực hiện và hoàn thành bản luận án này. Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Lãnh đạo Viện, Phòng Đào tạo Sau đại học, Bộ môn Y học Dự phòng - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, các đồng nghiệp của tôi trong Văn phòng TCMR miền Bắc, Khoa Kiểm soát bệnh truyền nhiễm, Khoa Vi khuẩn, Phòng Kế hoạch Hợp tác Quốc tế, các phòng ban, cán bộ của Viện đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện nghiên cứu.

Tôi cũng xin chân thành cảm ơn tới các bạn đồng nghiệp thực hiện Dự án tại 6 tỉnh khu vực miền núi phía Bắc, Trường đại học Florida, DTRA, Hoa Kỳ, đặc biệt là các đồng nghiệp tại Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh Hà Giang, Sơn La đã sát cánh cùng tôi thực hiện nghiên cứu này tại địa phương. Cuối cùng tôi luôn ghi nhớ và tri ân sâu sắc tới những người thân yêu trong gia đình và bạn bè đã là nguồn động lực lớn lao cho tôi trong suốt quá trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành bản luận án này. Đây là món quà đặc biệt tôi muốn gửi đến cha mẹ, vợ và các con của tôi. Hà Nội, ngày tháng năm 2023 Tác giả luận án ii LỜI CAM ĐOAN Tôi là: Phạm Văn Khang; nghiên cứu sinh khóa 40, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; chuyên ngành Y học Dự phòng, xin cam đoan: 1.

Đây là công trình nghiên cứu do bản thân trực tiếp thực hiện dưới sự hướng dẫn của các Thầy giáo PGS. Trần Như Dương và PGS. Phạm Quang Thái; 2. Công trình này không trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu nào khác đã được công bố tại Việt Nam và trên thế giới; 3.

Các số liệu và thông tin trong nghiên cứu là hoàn toàn chính xác, trung thực và khách quan, đã được xác nhận và chấp thuận của cơ sở nơi nghiên cứu. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật về những cam đoan này. Hà Nội, ngày tháng năm 2023 Người viết cam đoan Phạm Văn Khang iii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN. i LỜI CAM ĐOAN.

ii MỤC LỤC. iii DANH MỤC VIẾT TẮT. vii DANH MỤC BẢNG. ix DANH MỤC BIỂU ĐỒ.

x DANH MỤC HÌNH. xi DANH MỤC BẢN ĐỒ. xii ĐẶT VẤN ĐỀ. 1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN.

Đại cương bệnh than. Thông tin chung về bệnh than. Tác nhân gây bệnh. Đặc điểm lâm sàng của bệnh than.

Nguồn truyền nhiễm và phương thức lây truyền của bệnh than. Các biện pháp dự phòng. Thực trạng bệnh than trên người. Trên thế giới.

Tại Việt Nam. Thực trạng bệnh than trên động vật và tác nhân gây bệnh ở môi trường. Thực trạng bệnh than trên động vật. Thực trạng tác nhân gây bệnh than ở môi trường.

Các yếu tố nguy cơ của bệnh than trên người. Các yếu tố cá nhân. Các yếu tố môi trường. Các yếu tố thuộc về hệ thống y tế, thú y.

Các yếu tố kinh tế - văn hoá - xã hội. Sinh học phân tử của vi khuẩn B. Phân bố các chủng B. anthracis trên thế giới.

Phân bố các chủng B. anthracis tại Việt Nam. Các phương pháp chẩn đoán vi khuẩn B. anthracis trong phòng thí nghiệm.

Nuôi cấy, định danh vi khuẩn. Phản ứng hạt trai: là một trong các phương pháp chẩn đoán nhanh vi khuẩn B. anthracis, với nguyên lý dựa vào độ nhạy cảm của vi khuẩn với penicillin ở nồng độ thấp. Phương pháp kháng thể huỳnh quang.

Phản ứng ngưng kết hồng cầu gián tiếp. Các phương pháp sinh học phân tử. Một số đặc điểm địa lý, kinh tế, văn hóa xã hội, tỉnh Hà Giang và tỉnh Sơn La. 36 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

Phương pháp nghiên cứu cho mục tiêu 1. Thiết kế nghiên cứu. Đối tượng nghiên cứu. Thu thập thông tin.

Quản lý và phân tích số liệu. Sai số và biện pháp hạn chế sai số. Phương pháp nghiên cứu cho mục tiêu 2. Thiết kế nghiên cứu.

Đối tượng nghiên cứu. Thu tuyển đối tượng. Quy trình nghiên cứu. Thu thập thông tin cho nghiên cứu bệnh chứng.

Quản lý và phân tích số liệu cho nghiên cứu bệnh chứng. Sai số và biện pháp hạn chế sai số. Phương pháp nghiên cứu cho mục tiêu 3. Thiết kế nghiên cứu.

Đối tượng nghiên cứu. Phân tích phòng thí nghiệm. Các biến số và chỉ số trong nghiên cứu. Đạo đức trong nghiên cứu.

60 CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Thực trạng bệnh than trên người, động vật và tác nhân gây bệnh ở môi trường tại tỉnh Hà Giang, Sơn La giai đoạn 2010-2022. Bệnh than trên người. Bệnh than trên động vật.

Tác nhân gây bệnh than trong môi trường (đất). Một số yếu tố nguy cơ của bệnh than tại tỉnh Hà Giang, Sơn La năm 2019-2022. Đặc điểm tuổi, giới tính của đối tượng nghiên cứu. Các yếu tố nguy cơ bên ngoài đến khả năng mắc bệnh than.

Phân tích đa biến các yếu tố nguy cơ mắc bệnh than. Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi khuẩn Bacillus anthracis phân lập được ở bệnh nhân tại tỉnh Hà Giang, Sơn La năm 2019-2022. Đặc điểm dịch tễ vụ dịch bệnh than tại Sơn La, 2022. Đặc điểm dịch tễ vụ dịch bệnh than tại Hà Giang 2019,2020.

Các mô hình không gian và phát sinh loài, xác định nguồn lây nhiễm của B. anthracis trong vụ dịch bệnh than ở tỉnh Sơn La, Hà Giang năm 2019-2022. 92 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN. Thực trạng bệnh than trên người, động vật và tác nhân gây bệnh ở môi trường tại tỉnh Hà Giang, Sơn La giai đoạn 2010-2022.

Một số yếu tố nguy cơ của bệnh than tại tỉnh Hà Giang, Sơn La năm 2019-2022. Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi khuẩn Bacillus anthracis phân lập được ở bệnh nhân tại tỉnh Hà Giang, Sơn La năm 2019-2022. 135 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vii DANH MỤC VIẾT TẮT STT Viết tắt Viết đầy đủ tiếng Anh Viết đầy đủ tiếng Việt 1 ALT Độ cao 2 BANG Bangladesh 3 BNN & Bộ Nông nghiệp và Phát triển PTNT nông thôn 4 BSL3 Biosafety level 3 An toàn sinh học cấp 3 5 BYT Bộ Y tế 6 canSNP Single nucleotide Phân tích đa hình đơn polymorphism nucleotide 7 CDC Control Disease Center Trung tâm Phòng ngừa và Kiểm soát Bệnh tật 8 cgMLST Core genome multilocus Trình tự đa vị trí bộ gen lõi sequence 9 CHI Trung Quốc 10 CO2 Cacbon đi ô xít 11 DBI Điện Biên 12 DDBJ Japan DNA Data Bank Ngân hàng Dữ liệu DNA Nhật Bản 13 EBS Event-Based Giám sát dựa vào sự kiện Surveillance 14 ENP Etosha National Park, Công viên quốc gian Etosha, Namibia Namibia 15 GPS Global Positioning Hệ thống định vị toàn cầu System 16 GT Genotype Kiểu gen 17 HBA Môi trường thạch đậu nành trypicase 18 HGA Hà Giang 19 INDI Ấn Độ 20 INDO Indonesia 21 ITAL Ý 22 LAT Kinh độ 23 LCH Lai Châu 24 LON Vĩ độ 25 MALDI Máy nuôi cấy định danh vi TOF khuẩn viii STT Viết tắt Viết đầy đủ tiếng Anh Viết đầy đủ tiếng Việt 26 MLVA Multiple Locus Variable number tandem repeat Kỹ thuật phân tích trình tự lặp Analysis lại các locus 27 NCBI National Center for Trung tâm Thông tin Công nghệ Biotechnology sinh học Quốc gia Information 28 NIHE National Institute of Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Hygiene and ương Epidemiology 29 PBS Phosphate buffered Dung dịch muối đệm phốt phát saline solution 30 PCR Polymerase Chain Phản ứng chuỗi Polymeraza Reaction 31 PhaME Phylogenetic Analysis Phân tích Phát sinh loài và Tiến and Molecular Evolution hóa phân tử 32 PLET Polymyxin-Lysozyme- Đĩa thạch polymyxin-lysozyme- EDTA-Thallous acetate EDTA- thallous acetate 33 RUSS Nga 34 SAT Standard agglutination Thử nghiệm ngưng kết tiêu test chuẩn 35 SCOT Scotland 36 SLA Sơn La 37 TEA Trans-Eurasian Xuyên Á-Âu 38 THAI Thái Lan 39 TTKSBT Trung tâm kiểm soát bệnh tật 40 TTLT Thông tư liên tịch 41 TTYT Trung tâm Y tế 42 TYT Trạm Y tế 43 VN Việt Nam 44 VSDTTƯ Vệ sinh dịch tễ Trung ương 45 WgSNP Whole Genome Single Phân tích đa hình đơn Nucleotide nucleotide toàn bộ bộ gen Polymorphism ix DANH MỤC BẢNG Bảng 1. So sánh tính chất sinh vật hoá học của B.

Trình tự các mồi cho phản ứng PCR đa mồi. Trình tự mồi phát hiện vật liệu di truyền vi khuẩn B. anthracis bằng kỹ thuật LAMP. Các dấu hiệu/triệu chứng lâm sàng bệnh than trên người.

Tổng hợp cỡ mẫu trong nghiên cứu. Tổng hợp trường hợp bệnh than tại Hà Giang, Sơn La. Phân bố trường hợp bệnh than theo tuổi và giới tính. Bảng phân loại trường hợp bệnh theo tiền sử tiếp xúc.

Phân loại trường hợp bệnh theo thể bệnh và kết quả điều trị. Phân bố trường hợp mắc bệnh than trên gia súc tại tỉnh Sơn La, Hà Giang năm 2010 – 2022, theo số liệu thống kê của Chi cục Thú y tỉnh. Kết quả xét nghiệm bệnh phẩm trên động vật tại tỉnh Sơn La, Hà Giang năm 2010-2022, theo số liệu lưu giữ trong sổ xét nghiệm tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương. Kết quả xét nghiệm PCR các mẫu đất tại tỉnh Sơn La, Hà Giang năm 2016-2022.

ặc điểm tuổi, giới tính của đối tượng nghiên cứu. Các yếu tố nguy cơ bên ngoài đến khả năng mắc bệnh than. Tổng hợp các yếu tố nguy cơ có ý nghĩa trong phân tích đơn biến. Phân tích đa biến các yếu tố nguy cơ mắc bệnh than .