Nghiên cứu mối tương quan giữa tỷ lệ ctDNA và đặc điểm bệnh học ung thư đại trực tràng - Luận văn Thạc sĩ Y học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LÊ HỒNG THỦY MỐI TƢƠNG QUAN GIỮA TỶ LỆ HÀM LƢỢNG CIRCULATING TUMOR DNA (ctDNA) VỚI CÁC ĐẶC ĐIỂM BỆNH HỌC CỦA UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021. BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LÊ HỒNG THỦY MỐI TƢƠNG QUAN GIỮA TỶ LỆ HÀM LƢỢNG CIRCULATING TUMOR DNA (ctDNA) VỚI CÁC ĐẶC ĐIỂM BỆNH HỌC CỦA UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG CHUYÊN NGÀNH: KHOA HỌC Y SINH – HÓA SINH MÃ SỐ: 8720101 LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC 1. ĐƢỜNG THỊ HỒNG DIỆP 2. TRẦN DIỆP TUẤN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2021.

LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, do tôi thực hiện dƣới sự hƣớng dẫn của TS. Đƣờng Thị Hồng Diệp và PGS. Trần Diệp Tuấn Các số liệu, kết quả đƣợc nêu trong luận văn này là hoàn toàn trung thực và chƣa từng đƣợc sử dụng ở bất kì công trình nghiên cứu nào khác. Nếu có gì sai trái, tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm.

Hồ Chí Minh, tháng 11 năm 2021 Tác giả Lê Hồng Thủy. LỜI CẢM ƠN Trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn này, tôi đã nhận đƣợc sự hƣớng dẫn, hỗ trợ và giúp đỡ quý báu của các Thầy Cô, các cơ quan, tổ chức và các cá nhân. Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin đƣợc bày tỏ lời cảm ơn chân thành nhất. Trƣớc tiên, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc đến TS.

Đƣờng Thị Hồng Diệp và PGS. Trần Diệp Tuấn, những ngƣời Thầy Cô đã hƣớng dẫn và giúp đỡ tôi trong quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn. Tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành đến Ban Giám Đốc, Thầy Cô và các anh chị trong Trung tâm y sinh học phân tử TP.HCM, Viện di truyền Y học đã giúp đỡ, góp ý và tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi trong quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận án. Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn Ba Mẹ, bạn bè đã luôn bên cạnh động viên, hỗ trợ và giúp đỡ tôi, truyền động lực và nhiệt huyết để tôi hoàn thành luận văn này.

Hồ Chí Minh, tháng 06 năm 2021 Tác giả Lê Hồng Thủy. MỤC LỤC Contents LỜI CAM ĐOAN. ii MỤC LỤC. iii DANH MỤC BẢNG.

vii DANH MỤC BIỂU ĐỒ. viii DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT. ix ĐẶT VẤN ĐỀ. TỔNG QUAN TÀI LIỆU.

Tình hình bệnh ung thƣ đại trực tràng (UTĐTT). Trên thế giới. Tại Việt Nam. Triệu chứng lâm sàng của UTĐTT.

Các yếu tố nguy cơ gây UTĐTT. Chẩn đoán UTĐTT. Cận lâm sàng. Mô bệnh học.

Phân loại giai đoạn UTĐTT. Phƣơng pháp điều trị UTĐTT. Các phƣơng pháp tầm soát UTĐTT. Sinh thiết – đánh giá mô học.

Phân tích các kháng nguyên trong phân. Xét nghiệm các chỉ dấu ung thƣ. Sinh thiết lỏng - Phát hiện UTĐTT giai đoạn sớm dựa trên ctDNA16 CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.

Địa điểm và thời gian nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Thời gian nghiên cứu. Đối tƣợng nghiên cứu.

Cỡ mẫu nghiên cứu. Thiết kế nghiên cứu. Kỹ thuật chọn mẫu. Định nghĩa biến số.

Phƣơng pháp tiến hành và thu thập số liệu. Xử lý số liệu. Đặc điểm chung của đối tƣợng nghiên cứu. Phân bố đối tƣợng theo tuổi của các nhóm nghiên cứu.

Phân bố đối tƣợng theo giới tính của các nhóm nghiên cứu. Các đặc điểm bệnh học của nhóm bệnh UTĐTT. So sánh nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu. Mối tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các đặc điểm bệnh học của UTĐTT.

Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các giai đoạn của khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u 50.

Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ di căn hạch của khối u. Các đột biến ghi nhận trong mẫu sinh thiết lỏng. Xác định sự tƣơng đồng kết quả giải trinh tự giữa mẫu huyết tƣơng và mẫu mô u tƣơng ứng. Mối tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA với các đặc điểm bệnh học của UTĐTT.

Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các giai đoạn bệnh. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của khối u.

Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch của khối u (n = 50). Phổ đột biến gen trên mẫu huyết tƣơng và mô u. Mối tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với các đặc điểm bệnh học của UTĐTT. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với giai đoạn khối u.

Phổ đột biến gen theo vị trí khối u trong mẫu huyết tƣơng. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen theo kích thƣớc khối u. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với mức độ xâm lấn của khối u 60 3. Tƣơng quan giữa phổ đột biến gen với mức độ di căn hạch.

61 CHƢƠNG IV. Đặc điểm chung của đối tƣợng tham gia nghiên cứu. Các đặc điểm bệnh học của nhóm bệnh UTĐTT. So sánh nồng độ cfDNA giữa hai nhóm nghiên cứu.

So sánh nồng độ cfDNA giữa hai nhóm nghiên cứu. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo giới. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo tuổi. Mối tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các đặc điểm của UTĐTT.

Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với giai đoạn khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u 69 4.

Sự tƣơng đồng đột biến giữa mẫu huyết tƣơng và mẫu mô u. Mối tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các đặc điểm bệnh học của UTĐTT. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA với giai đoạn bệnh. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u.

Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của khối u. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch. Phổ đột biến gen trong nghiên cứu.

Mối tƣơng quan giữa phổ dột biến gen với các đặc điểm bệnh học UTĐTT .86 ĐIỂM HẠN CHẾ CỦA NGHIÊN CỨU .87 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHIẾU THU THẬP THÔNG TIN BỆNH NHÂN .i DANH MỤC BẢNG Bảng 1. Xếp giai đoạn theo TNM. Tuổi trung bình của nhóm bệnh và nhóm chứng. Phân bố theo nhóm tuổi của nhóm bệnh và nhóm chứng.Phân bố giới tính của hai nhóm nghiên cứu.

Tỷ lệ phân bố giai đoạn của nhóm bệnh (n=50). Tỷ lệ kích thƣớc khối u trong nhóm bệnh (n=50). Tỷ lệ phân bố vị trí khối u trong nhóm bệnh (n=50). Tỷ lệ di căn hạch trong nhóm bệnh (n=50).

Tỷ lệ phân bố mức độ xâm lấn trong nhóm bệnh (n=50). Đặc điểm nồng độ cfDNA ở nhóm bệnh và nhóm chứng. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo giới. Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với các giai đoạn của khối u (n=50).

Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với kích thƣớc của khối u (n=50). Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với vị trí của khối u (n=50). Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ xâm lấn của khối u (n=50). Tƣơng quan giữa nồng độ cfDNA với mức độ di căn hạch của khối u (n=50).

DANH MỤC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 3. Đặc điểm nồng độ cfDNA ở các nhóm nghiên cứu theo nhóm tuổi (n=50). Tỷ lệ đột biến ung thƣ (ctDNA) ở mẫu mô u và mẫu huyết tƣơng. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và các giai đoạn bệnh (n =50).

Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và vị trí khối u (n = 50). Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và kích thƣớc khối u 55 Biểu đồ 3. Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ xâm lấn của khối u (n = 50). Tƣơng quan giữa tỷ lệ hàm lƣợng ctDNA và mức độ di căn hạch (n = 50).

Phổ đột biến gen trong mẫu huyết tƣơng và mô u (n = 50). Phổ đột biến của các gen khảo sát theo giai đoạn (n = 50). Phổ đột biến của các gen theo vị trí khối u (n = 50). Phổ đột biến của các gen theo kích thƣớc khối u (n = 50).

Phổ đột biến của các gen theo mức độ xâm lấn (n = 50). Phổ đột biến của các gen theo mức độ di căn hạch (n = 50). DANH MỤC CÁC CHỮ VIÉT TẮT Từ viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt AJCC American Joint Committee on Cancer Hiệp hội ung thƣ Mỹ CA 19-9 Carbohydrate Antigen 19-9 CEA Carcinoembryonic Antigen cfDNA Cell-free DNA DNA ngoại bào cfRNA Cell-free RNA RNA ngoại bào CH Clonal hematopoiesis Tạo máu vô tính COSMIC Catalogue Of Somatic Mutations In Danh mục các đột biến trong Cancer ung thƣ CT Computed Tomography Chụp cắt lớp vi tính CTCs Circulating Tumor Cells Tế bào tuần hoàn khối u ctDNA Circulating Tumor DNA DNA ngoại bào khối u FAP Familial Adenomatous Polyposis Bệnh đa polyp gia đình FDA Food and Drug Administration Cục quản lý dƣợc và thực phẩm Hoa Kỳ FIT Fecal Immunochemical Test Xét nghiệm hóa miễn dịch trong phân FOBT Fecal Immunochemical Test Xét nghiệm tìm máu trong phân GDP Guanosine Diphosphate GTP Guanosine Triphosphate HNPCC Hereditary nonpolyposis colorectal Hội chứng ung thƣ đại trực cancer tràng không đa polyp gia đình JPS Juvenile Polyposis Syndrome Hội chứng đa polyp vị thành niên. KTPV Khoảng tứ phân vị MAF Mutation Allelle Fraction Tần suất đột biến MMR Mismatch Repair Sửa chữa lỗi bắt cặp MRI Magnetic Resonance Imaging Chụp cộng hƣởng từ NGS Next-Generation Sequencing Giải trình tự thế hệ mới PET Positron Emision Tomography Chụp cắt lớp phát xạ positron TME Total Mesorectal Excision Cắt bỏ toàn bộ mạc treo trực tràng TPA Tissue Polypeptide Antigen Kháng nguyên polypeptide mô UTĐTT Colorectal cancer Ung thƣ đại trực tràng.

ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thƣ đại trực tràng (UTĐTT) là loại ung thƣ phổ biến ở Việt Nam và trên thế giới.