Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng và kiểu gen của Pneumocystis jirovecii gây viêm phổi trên bệnh nhân HIV/AIDS - Luận án tiến sĩ y học của Học viện Quân y

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG HỌC VIỆN QUÂN Y NGUYỄN TUẤN ANH NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN HIV/AIDS LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HÀ NỘI – 2020 luan an BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG HỌC VIỆN QUÂN Y NGUYỄN TUẤN ANH NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, KIỂU GEN CỦA PNEUMOCYSTIS JIROVECII GÂY VIÊM PHỔI TRÊN BỆNH NHÂN HIV/AIDS Chuyên ngành : Nội khoa Mã số : 9720107 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. Thái Khắc Châu HÀ NỘI - 2020 luan an LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả trong luận án là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Tác giả luận án Nguyễn Tuấn Anh luan an LỜI CẢM ƠN Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến GS.TS Thái Khắc Châu, hai người Thầy hướng dẫn đã luôn tận tình hướng dẫn tôi trong việc lựa chọn đề tài, giúp đỡ và động viên tôi trong suốt quá trình thực hiện và nghiêm khắc góp ý kiến, chỉnh lý trong suốt quá trình hoàn thành luận án.

Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn và kính trọng sâu sắc đến PGS. Nguyễn Huy Lực, PGS. Mai Xuân Khẩn, PGS. Tạ Bá Thắng, những người Thầy đã tận tình hướng dẫn, góp ý kiến và chỉnh sửa để luận án được hoàn thành.

Tôi xin chân thành cảm ơn GS. Nguyễn Văn Kính, TS. Phạm Ngọc Thạch, PGS. Nguyễn Vũ Trung, đã tạo mọi điều kiện, quan tâm và tận tình giúp đỡ tôi trong quá trình thực hiện luận án.

Tôi xin cảm ơn Tiến sĩ Lê Văn Duyệt người đã tham giúp đỡ tôi hoàn thành luận án. Xin được trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc, Phòng Đào tạo Sau đại học, Bộ môn – Khoa Nội Hô hấp – Học viện Quân y, Ban Giám đốc Bệnh viện Bệnh nhiệt đới Trung ương đã tạo nhiều điều kiện thuận lợi giúp tôi hoàn thành nhiệm vụ và chương trình học tập. Xin cảm ơn Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Khoa vi rút Ký sinh trùng, Khoa Sinh học phân tử, Khoa Xét nghiệm – Phòng kế hoạch tổng hợp Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương đã giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong việc tìm kiếm tài liệu, thu thập số liệu nghiên cứu và thực hiện các kỹ thuật xét nghiệm phục vụ cho đề tài nghiên cứu. Trong suốt quá trình nghiên cứu thực hiện luận án, tôi cũng nhận được sự động viên, giúp đỡ và đóng góp ý kiến của các Thầy, Cô và các bạn đồng luan an nghiệp.

Xin được bày tỏ sự cảm ơn chân thành với những tình cảm và sự giúp đỡ tốt đẹp đó. Nhân dịp này, tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn, yêu thương và kính trọng sâu sắc tới các bậc sinh thành đã nuôi dưỡng và dạy dỗ tôi trong suốt những năm qua; Cảm ơn vợ và các con – luôn là nguồn động viên tinh thần lớn lao giúp tôi hoàn thành nhiệm vụ học tập và nghiên cứu. Và, cho phép tôi được coi luận án này như một món quà tinh thần tặng những người thân yêu của gia đình, các thầy cô giáo, đồng nghiệp và bạn bè vô cùng quý mến của tôi. Nguyễn Tuấn Anh luan an MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan Lời cảm ơn Mục lục Danh mục chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục biểu đồ Danh mục hình ĐẶT VẤN ĐỀ.1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN.

Tổng quan về HIV. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam. Tình hình nhiễm HIV/AIDS trên thế giới. Tình hình nhiễm HIV/AIDS tại Việt Nam.

Các bệnh nhiễm trùng cơ hội trên bệnh nhân HIV/AIDS. Khái nhiệm nhiễm trùng cơ hội ở bệnh nhân HIV/AIDS. Một số bệnh nhiễm trùng cơ hội thường gặp ở bệnh nhân HIV/AIDS. Đặc điểm viêm phổi do PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS.

Đặc điểm vi sinh vật học của pneumocystis jirovecii. Đặc điểm hệ genome của Pneumocystis jirovecii. Đặc điểm lâm sàng của bệnh nhiễm trùng do Pneumocystis jirovecii. Đặc điểm cận lâm sàng của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii.

Dịch tễ học của viêm phổi Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/ AIDS. Cơ chế bệnh sinh của viêm phổi do Pneumocystis jirovecii. Điều trị viêm phổi do Pneumocystis jirovecii ở bệnh nhân HIV/AIDS. Đặc điểm di truyền học của Pneumocystis jirovecii.

Các phương pháp chẩn đoán Pneumocystis jirovecii. Phương pháp miễn dịch. Phương pháp sinh học phân tử. Một số nghiên cứu về PJ trên bệnh nhân HIV/AIDS trên thế giới và Việt Nam.

Trên thế giới. Tại Việt Nam.41 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu. Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân.

Tiêu chuẩn loại trừ bệnh nhân. Địa điểm và thời gian nghiên cứu. Địa điểm nghiên cứu. Thời gian nghiên cứu.

Phương pháp nghiên cứu. Thiết kế nghiên cứu. Phương pháp chọn mẫu. Quy trình nghiên cứu.

Nội dung nghiên cứu. Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 1: Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS. Các nội dung nghiên cứu của mục tiêu 2: Đặc điểm phân tử của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS. Nhập, quản lý và xử lý số liệu.

Đạo đức trong nghiên cứu. Tính mới và đóng góp của đề tài.64 luan an CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS. Một số đặc điểm của nhóm bệnh nhân.

Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do PJ ở bệnh nhân HIV/ AIDS. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii và mối liên quan với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS. Đặc điểm kiểu gen của Pneumocystis jirovecii. Mối liên quan giữa đặc điểm phân tử của PJ với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS.96 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN.

Đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi do PJ. Một số đặc điểm chung. Đặc điểm lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi do PJ. Đặc điểm cận lâm sàng bệnh nhân HIV/AIDS mắc viêm phổi do PJ.

Đặc điểm kiểu gen của PJ ở bệnh nhân HIV/AIDS viêm phổi. Mối liên quan giữa đặc điểm kiểu gen của PJ với lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi ở bệnh nhân HIV/AIDS.134 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC luan an DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ gốc tiếng Anh Nghĩa tiếng Việt AIDS Acquired Immunodeficiency Hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải Syndrome AFB Acid fast bacilli Trực khuẩn kháng cồn kháng toan ARV Antiretroviral Thuốc kháng vi rút sao chép ngược ATP Adenosine triphosphate Adenosine triphosphate BA Blood agar Thạch máu BAL Bronchoaveolar lavage Dịch rủa phế quản phế nang BCLP Bạch cầu lympho BCTT Bạch cầu trung tính CBCL Cutaneous B cell lymphoma U lympho tế bào B ở da CCR5 Chemokine Co-receptor 5 Đồng phụ thể chemokine 5 CFU Colony-forming unit Đơn vị đo số lượng một chủng vi khuẩn CMV Cyto megalo virus Vi rút cự bào CrD Crohn’s disease Bệnh Crohn CRP C-reactive protein Phản ứng protein C CT Computed tomography Chụp cắt lớp vi tính CXCR4 C-X-Chemokine receptor type 4 Đồng thụ thể chemokine X-C kiểu 4 ĐLC Độ lệch chuẩn DNA Deoxyribonucleic acid Axit deoxyribonucleic EBV Epstein bar virus Vi rút Epstein barr GALT Gut-associated lymphoid tissue Mô lympho ở ruột Gp 120 Glycoprotein 120 Glycoprotein trọng lượng phân tử 120 Kilodanton Gp41 Glycoprotein 41 Glycoprotein trọng lượng phân tử 41 Kilodanton HAART Highn active antiretroviral Điều trị bằng thuốc kháng vi rút hoạt therapy tính cao HBV Hepatitis B virus Vi rút viêm gan B luan an HCV Hepatitis C virus Vi rút viêm gan C HIV Human immunodeficiency virus Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở người HPV Human papilloma virus Vi rút gây u nhú ở người HR Hazard ratio Tỷ suất rủi ro IFAT Immuno fluorescence antibody test Xét nghiệm kháng thể miễn dịch huỳnh quang LDH Lactate dehydrogenase Lactate dehydrogenase MAC Mycobacterium avium complex Trực khuẩn lao không điển hình MDR-TB Multidrug resistance tuberculosis lao đa kháng thuốc Men who have sex with men MsM Mycobacterium tuberculosis Tình dục đồn giới nam MTB Non-nucleoside reverse Trực khuẩn lao NNRTI transcriptase inhibitor Thuốc ức chế enzyme sao chép ngược không phải nicleoside NTS Non typhoidal salmonella Samonella không gây bệnh thương hàn NVP Nevirapine Nevirapine OADC Oleic acid, dextrose, bovine Oleic acid, dextrose, bovine albumin, albumin, catalase catalase OR Oral hairy leukoplakia Bạch sản dạng lông PANTA Polymycin, Amphotericin, Polymycin, Amphotericin, Nalidixic Nalidixic acid, Trimethoprim, acid, Trimethoprim, Azlocillin Azlocillin PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase ADN Acid deoxyribonucleic Axit deoxyribonucleic PM Penicillium marneffei Nấm penicillium marneffei PML Progiessive multi-focal Bệnh lý não chất trắng đa ổ tiến triển leucoencephalopathy PJ Pneumocystis jirovecii Viêm phổi do Pneumocystis jirovecii pneumonia PcP Pneumocystis carinii pneumonia Viêm phôi do carinii PPE Palpulo prusitic eruption Sẩn ngứa dạng cục luan an RNA Ribonucleic acid Axit ribonucleic RT Reverse transcriptase Enzyme sao chép ngược SIV Simian immunodeficiency virus Vi rút gây suy giảm miễn dịch ở khỉ xanh Châu Phi STDs Sexually transmitted diseases Các bệnh lây truyền qua đường tình dục TB Tế bào TC Tiểu cầu TSTBLP Tổng số tế bào lympho UC Ulcerative colitis Viêm loét đại tràng UNAIDS United Nations Programme on Chương trình HIV/AIDS của Liên hiệp HIV/AIDSWorld health quốc Oganization VK Vi khuẩn WHO World Health Organization Tổ chức Y tế Thế giới luan an DANH MỤC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 2. Cặp mồi đặc hiệu cho gen mã hóa major surface glycoprotein dùng cho Realtime PCR phát hiện PJ. Cặp mồi đặc hiệu cho gen major surface glycoprotein dùng cho PCR để khẳng định kết quả Realtime PCR các mẫu có PJ dương tính.

Các cặp mồi đặc hiệu cho các locus mt26S, 26S rDNA, ITS1, β-TUB, SOD, CYB, DHPS, DHFR dùng cho phân tích tính đa hình di truyền của PJ. Đặc điểm độ tuổi của nhóm bệnh nhân. Phân bố vùng địa lý của nhóm bệnh nhân. Đường lây truyền HIV của nhóm bệnh nhân.

Sự tiếp cận điều trị ARV của nhóm bệnh nhân. Đặc điểm sốt của nhóm bệnh nhân. Các triệu chứng cơ năng của nhóm bệnh nhân. Đặc điểm toàn trạng và hô hấp của nhóm bệnh nhân.

Các đặc điểm khác của bệnh nhân nghiên cứu. Chỉ số xét nghiệm huyết học của nhóm bệnh nhân. Đặc điểm tải lượng HIV của bệnh nhân. Các chỉ số xét nghiệm sinh hóa của bệnh nhân.

Đặc điểm tổn thương phổi trên phim cắt lớp vi tính. Một số đặc điểm khác trên phim cắt lớp vi tính. Đặc điểm tổn thương phổi trên phim X quang. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus ITS1.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus CYB. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus mt26S. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus 26S.87 luan an Bảng Tên bảng Trang 3. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus SOD.

Biến đổi trình tự nucleotide trên locus β-tubulin. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHPS. Biến đổi trình tự nucleotide trên locus DHFR.