Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh

Ngô Khánh Phương

Luận án Tiến sĩ: Xác định tác nhân gây não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh bằng giải trình tự RNA

"Tìm hiểu và xác định tác nhân gây não ứ nước, phân tích nguyên nhân và tác động của tình trạng này."

Trường ĐH

Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương

Chuyên ngành

Vi sinh vật học

Tác giả

Luan An

Thể loại

Luận án Tiến sĩ Sinh học

Năm xuất bản

2024

Số trang

200

Thời gian đọc

30 phút

Lượt xem

0

Lượt tải

0

Phí lưu trữ

50 Point

Tổng quan nhanh

Chủ đề:: 1. Tổng quan bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh
Số trang:: 200 trang
Trường:: Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương
Chuyên ngành:: Vi sinh vật học
Tác giả:: Ngô Khánh Phương
Năm:: 2024

Tóm tắt nội dung luận án

I. Tổng quan bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

Não úng thủy là tình trạng tích tụ dịch não tủy bất thường trong não thất. Sự gia tăng thể tích dịch gây giãn não thất và tăng áp lực nội sọ. Bệnh lý dẫn đến tổn thương nhu mô não nghiêm trọng. Nhiễm trùng sơ sinh là một trong những nguyên nhân hàng đầu gây não úng thủy mắc phải. Tỷ lệ mắc bệnh đặc biệt cao tại các nước đang phát triển. Trẻ sinh non và trẻ nhẹ cân đối mặt với nguy cơ cao nhất. Các tổn thương viêm làm tắc nghẽn đường lưu thông dịch não tủy. Khả năng hấp thu dịch của màng nhện bị suy giảm rõ rệt. Việc xác định sớm căn nguyên vi sinh đóng vai trò quyết định đối với tiên lượng sống của trẻ. Nghiên cứu dịch tễ học cung cấp cơ sở dữ liệu quan trọng cho các phác đồ y tế dự phòng.

1.1. Khái niệm và dịch tễ học não úng thủy sau nhiễm trùng

Não úng thủy sau nhiễm trùng xảy ra khi phản ứng viêm phá hủy cấu trúc lưu thông dịch. Màng não thất bị xơ hóa và hình thành các vách ngăn cơ học. Tình trạng này làm gián đoạn dòng chảy tự nhiên của dịch não tủy từ não thất tư ra khoang dưới nhện. Các số liệu lâm sàng cho thấy hàng nghìn trẻ sơ sinh mắc bệnh mỗi năm. Phần lớn các trường hợp khởi phát từ các đợt nhiễm trùng huyết hoặc viêm màng não cấp tính. Gánh nặng bệnh tật tạo áp lực lớn lên hệ thống y tế và gia đình người bệnh. Công tác sàng lọc sớm tại các bệnh viện tuyến trung ương giúp phát hiện kịp thời các biến đổi kích thước vòng đầu.

1.2. Mối liên hệ giữa nhiễm trùng sơ sinh và tổn thương thần kinh

Hàng rào máu não ở trẻ sơ sinh chưa phát triển hoàn thiện. Vi sinh vật gây bệnh dễ dàng xâm nhập từ máu vào hệ thần kinh trung ương. Độc tố vi khuẩn kích hoạt phản ứng viêm giải phóng các cytokine gây hại. Quá trình viêm làm tổn thương trực tiếp các tế bào thần kinh và mạch máu não. Tế bào nội mô bị phá hủy dẫn đến phù não lan tỏa. Áp lực nội sọ tăng cao làm giảm tưới máu não cục bộ. Thiếu máu cục bộ kéo dài gây hoại tử tế bào thần kinh vĩnh viễn. Nhiễm trùng sơ sinh là tác nhân thúc đẩy nhanh quá trình teo nhu mô não và giãn não thất tiến triển.

1.3. Nguy cơ biến chứng khi phát hiện muộn ở trẻ sơ sinh

Phát hiện muộn não úng thủy dẫn đến nhiều di chứng thần kinh nặng nề suốt đời. Trẻ có nguy cơ cao bị bại não, chậm phát triển trí tuệ và co giật tái phát. Tình trạng suy giảm thị lực hoặc mù lòa hoàn toàn xuất hiện khi dây thần kinh thị giác bị teo. Vòng đầu trẻ tăng nhanh bất thường làm biến dạng hộp sọ. Các tổn thương cấu trúc não sâu không thể phục hồi bằng các can thiệp y khoa thông thường. Tử vong sơ sinh tăng cao nếu tình trạng tăng áp lực nội sọ không được giải tỏa khẩn cấp. Việc theo dõi chặt chẽ dấu hiệu thóp phồng và bú kém giúp nhận biết sớm biến chứng.

II. Vi khuẩn nguy hiểm gây não úng thủy nhiễm trùng sơ sinh

Căn nguyên vi khuẩn chiếm tỷ lệ áp đảo trong các ca bệnh não úng thủy mắc phải sau nhiễm trùng. Vi khuẩn xâm nhập qua đường tuần hoàn hoặc lây truyền trực tiếp từ mẹ khi sinh. Khả năng thích ứng và kháng kháng sinh của các chủng vi khuẩn sơ sinh ngày càng phức tạp. Vi khuẩn gram âm và gram dương đều có khả năng gây nhiễm khuẩn hệ thần kinh trung ương. Sự hình thành màng sinh học và phản ứng mủ làm tắc nghẽn cống Sylvius. Quá trình viêm màng não mủ sơ sinh để lại hậu quả dính màng não nghiêm trọng. Đánh giá đúng đặc tính sinh học của từng chủng vi khuẩn là tiền đề xây dựng phác đồ điều trị chính xác.

2.1. Tác động của liên cầu khuẩn nhóm B GBS đối với trẻ nhỏ

Liên cầu khuẩn nhóm B (GBS) là tác nhân hàng đầu gây nhiễm trùng sơ sinh sớm và muộn. Vi khuẩn cư trú tự nhiên trong đường sinh dục của phụ nữ mang thai. Trẻ sơ sinh bị lây nhiễm trong quá trình chuyển dạ sinh thường. GBS sở hữu các yếu tố độc lực giúp bám dính và phá vỡ biểu mô đường hô hấp. Vi khuẩn nhanh chóng xâm nhập vào máu và vượt qua hàng rào máu não. Bệnh cảnh viêm màng não do GBS diễn tiến nhanh với tỷ lệ tử vong cao. Trẻ sống sót thường mang di chứng não úng thủy dính màng não thất. Xét nghiệm tầm soát thai kỳ giúp giảm thiểu đáng kể nguy cơ lây truyền GBS.

2.2. Độc lực của vi khuẩn Escherichia coli K1 và Listeria monocytogenes

Chủng vi khuẩn Escherichia coli K1 có nang polysacarit đặc hiệu giúp lẩn tránh hệ miễn dịch sơ sinh. Kháng nguyên nang K1 cho phép vi khuẩn tồn tại lâu trong máu và xâm lấn tế bào nội mô mạch máu não. Tình trạng viêm hoại tử do E. coli K1 gây ra tạo nhiều bã đậu và mủ trong não thất. Bên cạnh đó, Listeria monocytogenes là vi khuẩn nội bào có khả năng truyền qua nhau thai. Vi khuẩn này gây viêm thân não và viêm màng não tủy nguy hiểm. Khả năng kháng thuốc tự nhiên của một số chủng vi khuẩn làm tăng độ khó trong phác đồ điều trị. Hai tác nhân này để lại tổn thương xơ dính não thất rất nặng nề.

2.3. Nguy cơ viêm màng não mủ sơ sinh và nhiễm khuẩn huyết sơ sinh

Nhiễm khuẩn huyết sơ sinh tạo điều kiện cho vi khuẩn lan tràn toàn thân và định vị tại màng não. Khi vi khuẩn thâm nhập khoang dịch não tủy, bệnh chuyển biến thành viêm màng não mủ sơ sinh. Phản ứng viêm mủ tạo ra lượng lớn bạch cầu đa nhân thoái hóa và sợi fibrin. Dịch rỉ viêm lắng đọng làm bít tắc các lỗ Luschka và Magendie. Dòng lưu thông dịch não tủy bị chặn đứng hoàn toàn gây giãn não thất cấp tính. Trẻ có biểu hiện sốt cao, li bì, bỏ bú, co giật và thóp căng phồng. Tỷ lệ biến chứng thành não úng thủy sau viêm màng não mủ vượt quá 30% ở nhóm trẻ không được điều trị kịp thời.

III. Virus và ký sinh trùng gây não úng thủy sơ sinh nguy hại

Bên cạnh vi khuẩn, các virus và ký sinh trùng bẩm sinh là nguyên nhân quan trọng gây não úng thủy phôi thai và sơ sinh. Nhóm tác nhân này thường lây truyền dọc từ mẹ sang thai nhi qua nhau thai trong thai kỳ. Nhiễm trùng xảy ra trong giai đoạn sớm của thai kỳ gây ra các dị tật thần kinh bẩm sinh nặng nề. Quá trình viêm mạn tính phá hủy cấu trúc não thất ngay từ trong tử cung. Các tổn thương bao gồm hoại tử nhu mô não, vôi hóa quanh não thất và tắc nghẽn dẫn lưu dịch. Nhiều trường hợp không có biểu hiện rầm rộ lúc sinh nhưng tiến triển âm thầm thành não úng thủy sau đó.

3.1. Ảnh hưởng của hội chứng nhiễm trùng TORCH đối với thai nhi

Hội chứng nhiễm trùng TORCH bao gồm nhóm các mầm bệnh truyền nhiễm nguy hiểm truyền từ mẹ sang con. Hội chứng này bao gồm Toxoplasma, Rubella, Cytomegalovirus và Herpes simplex virus. Thai nhi bị nhiễm trùng trong tam cá nguyệt thứ nhất đối mặt với nguy cơ bất thường cấu trúc não thất cao nhất. Các virus trong nhóm TORCH can thiệp vào quá trình di chuyển và biệt hóa tế bào thần kinh. Não thất bị giãn rộng kèm theo teo vỏ não và đầu nhỏ hoặc não úng thủy thứ phát. Việc quản lý thai nghén và xét nghiệm huyết thanh học định kỳ giúp phát hiện sớm nguy cơ nhiễm trùng TORCH ở phụ nữ mang thai.

3.2. Nguy cơ từ Cytomegalovirus CMV bẩm sinh và Toxoplasma gondii

Nhiễm Cytomegalovirus (CMV) bẩm sinh là nguyên nhân hàng đầu gây tổn thương thần kinh cảm giác và não úng thủy không do di truyền. CMV tấn công trực tiếp các tế bào mầm thần kinh lót quanh não thất. Quá trình này gây hoại tử tế bào và hình thành các dải vôi hóa đặc trưng quanh thành não thất. Mặt khác, ký sinh trùng Toxoplasma gondii lây truyền khi mẹ tiếp xúc với phân mèo hoặc ăn thịt chưa nấu chín. Nang ký sinh trùng phá hủy nhu mô não và gây viêm tắc cống Sylvius. Hậu quả là hình thành não úng thủy nặng kèm theo viêm màng bồ đào và vôi hóa nội sọ điển hình.

3.3. Tác hại nghiêm trọng từ nhiễm nấm Candida sơ sinh

Nhiễm nấm Candida sơ sinh là mối đe dọa lớn tại các đơn vị chăm sóc đặc biệt (NICU). Trẻ sinh non cực nhẹ cân và trẻ đặt ống thông tĩnh mạch dài ngày có nguy cơ nhiễm nấm cao nhất. Nấm Candida albicans và Candida parapsilosis có thể xâm nhập máu gây nhiễm nấm lan tỏa. Nấm định vị tại hệ thần kinh trung ương hình thành các u hạt nấm và màng giả dính trong lòng não thất. Dịch não tủy trở nên đục và có độ quánh cao do mạng lưới sợi nấm phát triển. Điều này dẫn đến tắc nghẽn lưu thông dịch não tủy cơ học gây não úng thủy tiến triển nhanh. Việc điều trị nấm đòi hỏi thời gian dài và thuốc kháng nấm đặc hiệu.

IV. Phương pháp chẩn đoán tác nhân gây não úng thủy sơ sinh

Chẩn đoán chính xác tác nhân vi sinh là yếu tố quyết định sự thành công trong điều trị não úng thủy sơ sinh. Các phương pháp nuôi cấy vi sinh truyền thống thường có độ nhạy thấp do trẻ đã sử dụng kháng sinh trước đó. Sự phát triển của sinh học phân tử mở ra bước ngoặt lớn trong phát hiện mầm bệnh. Các kỹ thuật tiên tiến cho phép nhận diện vi khuẩn, virus và nấm với độ chính xác cao. Phân tích mẫu dịch não tủy và máu cung cấp bức tranh toàn diện về tình trạng nhiễm trùng. Sự kết hợp giữa lâm sàng và cận lâm sàng hiện đại giúp tối ưu hóa thời gian đưa ra quyết định điều trị y khoa.

4.1. Kỹ thuật chọc dò dịch não tủy sơ sinh trong xét nghiệm mẫu

Kỹ thuật chọc dò dịch não tủy sơ sinh là thủ thuật nền tảng để thu thập bệnh phẩm chẩn đoán xác định. Bác sĩ thực hiện chọc hút dịch qua khe đốt sống thắt lưng trong điều kiện vô khuẩn tuyệt đối. Mẫu dịch não tủy được đánh giá áp lực, độ trong, tế bào học và sinh hóa. Sự gia tăng nồng độ protein cùng sự sụt giảm đường trong dịch não tủy cảnh báo tình trạng nhiễm trùng vi khuẩn. Dịch não tủy cũng được dùng để soi tươi, nhuộm Gram và nuôi cấy vi sinh tìm tác nhân gây bệnh. Thủ thuật chẩn đoán này cần tiến hành sớm trước khi vi khuẩn bị ức chế bởi các liều kháng sinh tiếp theo.

4.2. Ứng dụng công nghệ giải trình tự gen 16S rRNA và RNA sequencing

Giải trình tự gen 16S rRNA khuếch đại các vùng biến đổi đặc trưng của vi khuẩn mà không cần nuôi cấy sống. Kỹ thuật này phát hiện được cả vi khuẩn khó nuôi cấy hoặc bị bất hoạt bởi kháng sinh. Đồng thời, công nghệ giải trình tự RNA sequencing toàn diện giúp xác định toàn bộ hệ gen của các loài virus và vi nấm gây bệnh. Sự kết hợp hai phương pháp này tại Bệnh viện Nhi Trung ương nâng cao tỷ lệ tìm thấy căn nguyên lên mức vượt trội. Dữ liệu trình tự gen cung cấp thông tin chi tiết về các biến thể di truyền và khả năng đề kháng thuốc của mầm bệnh. Đây là công cụ đắc lực cho các nghiên cứu dịch tễ học phân tử chuyên sâu.

4.3. Ưu thế vượt trội của phương pháp Metagenomics thế hệ mới

Phương pháp Metagenomics thế hệ mới (mNGS) cho phép giải trình tự toàn bộ vật liệu di truyền có trong mẫu bệnh phẩm. Kỹ thuật không đòi hỏi mồi đặc hiệu và không giới hạn ở một nhóm vi sinh vật định trước. Tất cả vi khuẩn, virus, ký sinh trùng và nấm đều được giải mã đồng thời chỉ trong một lần chạy xét nghiệm. Thuật toán tin sinh học như QIIME2 và DADA2 lọc bỏ DNA của vật chủ và xác định chính xác danh tính mầm bệnh. Metagenomics rút ngắn thời gian chẩn đoán các ca nhiễm trùng thần kinh khó và hiếm gặp. Kết quả phân tích giúp bác sĩ điều chỉnh phác đồ điều trị trúng đích nhanh chóng và hiệu quả.

V. Giải pháp điều trị não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

Điều trị não úng thủy kết hợp nhiễm trùng sơ sinh đòi hỏi sự phối hợp đa chuyên khoa giữa nội nhi và ngoại thần kinh. Mục tiêu kép bao gồm triệt tiêu hoàn toàn tác nhân gây nhiễm trùng và giải tỏa áp lực nội sọ nhanh chóng. Việc dùng kháng sinh hoặc kháng virus sớm giúp bảo vệ tối đa nhu mô não chưa bị tổn thương. Can thiệp ngoại khoa kịp thời ngăn chặn tình trạng não thất giãn quá mức gây teo não không hồi phục. Đánh giá phục hồi chức năng thần kinh sau điều trị cần được duy trì liên tục trong nhiều năm. Kế hoạch chăm sóc toàn diện giúp nâng cao chất lượng cuộc sống lâu dài cho bệnh nhi.

5.1. Phác đồ kháng sinh sớm và kiểm soát nhiễm trùng sơ sinh

Phác đồ kháng sinh theo kinh nghiệm cần được chỉ định ngay sau khi lấy mẫu dịch não tủy và cấy máu. Bác sĩ lựa chọn kháng sinh phổ rộng có khả năng thấm tốt qua hàng rào máu não với liều lượng tối ưu. Khi có kết quả định danh mầm bệnh và kháng sinh đồ, phác đồ được chuyển sang kháng sinh đích phù hợp. Thời gian điều trị nhiễm trùng thần kinh sơ sinh thường kéo dài tối thiểu từ mười bốn đến hai mươi mốt ngày. Bệnh nhi được theo dõi sát các chỉ số sinh hóa máu và protein dịch não tủy để đánh giá mức độ đáp ứng thuốc. Kiểm soát triệt để ổ nhiễm trùng ngăn chặn nguy cơ tái phát và hình thành vách ngăn não thất.

5.2. Can thiệp ngoại khoa và dẫn lưu dịch não tủy kịp thời

Can thiệp ngoại khoa đóng vai trò cứu sống trẻ khi áp lực nội sọ tăng cao đe dọa tính mạng. Phẫu thuật đặt dẫn lưu não thất ra ngoài (EVD) được ưu tiên khi dịch não tủy còn nhiều mủ hoặc nồng độ protein quá cao. Phương pháp này giúp giải áp tức thì và tạo đường bơm thuốc kháng sinh nội não thất khi cần thiết. Khi dịch não tủy trở nên trong sạch và vô khuẩn hoàn toàn, phẫu thuật đặt van dẫn lưu não thất ổ bụng (VP Shunt) hoặc nội soi phá sàn não thất ba (ETV) được tiến hành. Phẫu thuật nội soi ETV kết hợp đốt đám rối mạch mạc (CPC) mang lại hiệu quả cao đối với não úng thủy sau nhiễm trùng.

5.3. Chiến lược dự phòng lây truyền từ mẹ sang con hiệu quả

Dự phòng lây truyền từ mẹ sang con là giải pháp căn bản nhất để giảm tỷ lệ mắc não úng thủy sơ sinh. Phụ nữ mang thai cần được khám thai định kỳ và tiêm phòng đầy đủ các vắc xin thiết yếu trước thai kỳ. Tầm soát thường quy liên cầu khuẩn nhóm B vào tuần thứ 35 đến 37 của thai kỳ giúp phát hiện thai phụ mang mầm bệnh. Sử dụng kháng sinh dự phòng trong chuyển dạ làm giảm hơn 80% nguy cơ nhiễm trùng GBS sớm ở trẻ. Vệ sinh an toàn thực phẩm giúp ngăn ngừa nguy cơ nhiễm Toxoplasma và Listeria từ nguồn thức ăn. Việc kiểm soát tốt nhiễm khuẩn bệnh viện tại các khoa sơ sinh bảo vệ trẻ non yếu khỏi nhiễm khuẩn chéo.

03/07/2026

Mục lục chi tiết luận án

LỜI CAM ĐOAN

LỜI CẢM ƠN

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

DANH MỤC BẢNG

DANH MỤC HÌNH

ĐẶT VẤN ĐỀ

1. CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

1.1. Định nghĩa não úng thủy

1.2. Phân loại não úng thủy

1.3. Dịch tễ học bệnh não úng thủy ở trẻ em

1.4. Chẩn đoán và điều trị não úng thủy ở trẻ nhỏ

1.5. Nhiễm trùng sơ sinh

1.5.1. Định nghĩa nhiễm trùng sơ sinh

1.5.2. Dịch tễ học nhiễm trùng sơ sinh

1.6. Tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

1.7. Các phương pháp sinh học phân tử chẩn đoán não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

1.7.1. PCR trong chẩn đoán vi sinh vật gây bệnh nhiễm trùng sơ sinh và não úng thủy

1.7.2. Phương pháp Metagenomics và giải trình tự gene thế hệ mới (NGS – whole geneome sequencing)

2. CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Thiết kế nghiên cứu

2.2. Địa điểm, thời gian nghiên cứu

2.3. Đối tượng nghiên cứu

2.3.1. Bệnh nhân não úng thủy

2.3.2. Bệnh nhân mắc nhiễm trùng sơ sinh

2.4. Cỡ mẫu và lựa chọn đối tượng nghiên cứu

2.4.1. Lựa chọn đối tượng nghiên cứu

2.4.2. Cách lấy mẫu

2.4.3. Thu thập thông tin

2.5. Kỹ thuật xét nghiệm

2.5.1. Tại Bệnh viện Nhi Trung ương

2.5.2. Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương

2.5.3. Tại trường đại học bang Pennsylvania

2.6. Quản lý và phân tích số liệu

2.6.1. Nhập và quản lý số liệu bằng REDCap

2.6.2. Phân tích thành phần phân loài các mẫu bệnh phẩm bằng kỹ thuật metagenomics (qiime2, dada2, picrust, v.v.)

2.6.3. Xử lý và phân tích số liệu

2.7. Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu

3. CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

3.1. Mô tả một số đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của bệnh nhi não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh tại Bệnh viện Nhi Trung ương, 2019-2020

3.1.1. Một số đặc điểm nhân khẩu học của bệnh nhân não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.1.2. Các tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh ở trẻ sơ sinh tại Bệnh viện Nhi Trung ương, 2019-2020

3.2. Giải trình tự gene thế hệ mới xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.2.1. Ứng dụng giải trình tự gene 16S rRNA trong phát hiện tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.2.2. Ứng dụng giải trình tự RNA sequencing trong phát hiện tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.3. Đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân và một số tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.3.1. Một số đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh

3.3.2. Một số căn nguyên gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh thông qua nuôi cấy và PCR đa mồi

3.3.3. Xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh bằng 16S rRNA và RNA-seq

3.4. So sánh sự tương đồng trong chẩn đoán tác nhân gây bệnh của các phương pháp

3.5. Hạn chế của đề tài

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Xem trước tài liệu

Tải đầy đủ để xem toàn bộ nội dung

Pdf xác định tác nhân gây não úng thủy và

Tải xuống file đầy đủ để xem toàn bộ nội dung

Tải đầy đủ (200 trang)

Trích đoạn nội dung luận án

Tải xuống để đọc toàn bộ

i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- NGÔ KHÁNH PHƯƠNG XÁC ĐỊNH TÁC NHÂN GÂY NÃO ÚNG THỦY VÀ NHIỄM TRÙNG SƠ SINH BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ RNA VÀ 16S rRNA TẠI BỆNH VIỆN NHI TRUNG ƯƠNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI - 2024 ii ` BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ VIỆN VỆ SINH DỊCH TỄ TRUNG ƯƠNG -----------------*------------------- NGÔ KHÁNH PHƯƠNG XÁC ĐỊNH TÁC NHÂN GÂY NÃO ÚNG THỦY VÀ NHIỄM TRÙNG SƠ SINH BẰNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ RNA VÀ 16S rRNA TẠI BỆNH VIỆN NHI TRUNG ƯƠNG CHUYÊN NGÀNH: VI SINH VẬT HỌC MÃ SỐ: 9420107 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học : 1. ĐẶNG ĐỨC ANH 2. HOÀNG THỊ THU HÀ HÀ NỘI - 2024 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi với sự hợp tác của đồng nghiệp và đã được sự đồng ý cho công bố luận án này. Kết quả nghiên cứu trong luận án là trung thực và chưa từng công bố trong bất kỳ một công trình nào khác.

Tôi xin chịu hoàn toàn trách nhiệm về những lời cam đoan này. Ngày tháng năm Tác giả luận án Ngô Khánh Phương ii LỜI CẢM ƠN Với lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới: GS. Đặng Đức Anh, Nguyên Viện trưởng Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương và PGS. Hoàng Thị Thu Hà, Trưởng khoa Vi khuẩn - Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, là những người thầy đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ, động viên, khuyến khích tôi trong suốt quá trình xây dựng đề cương, thu thập số liệu, viết báo cáo và hoàn thiện luận án.

Tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương; Khoa Vi khuẩn; Phòng Hợp tác quốc tế; Phòng thí nghiệm Personalized Medicine - Đại học Bang Pennsyvania - Mỹ; GS. Steven Schiff và TS. Joshep Paulson - Đại học Yale; PGS. Phạm Quang Thái - Phó trưởng khoa Dịch tễ; các thầy cô trong chương trình đào tạo Nghiên cứu sinh đã tạo mọi điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thiện luận án.

Tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng và cảm ơn sâu sắc đến các thầy cô đã tham dự hội đồng đánh giá luận án; Tôi xin được gửi lời cảm ơn sâu sắc Ban lãnh đạo Trung tâm Đào tạo và quản lý khoa học; Tập thể cán bộ Trung tâm Đào tạo và quản lý khoa học đã hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong quá trình thu thập số liệu, luôn tạo điều kiện tốt nhất trong suốt quá trình nghiên cứu, hoàn thiện luận án. Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban lãnh đạo và các anh/chị bác sĩ cũng như chuyên viên Bệnh viện Nhi Trung ương đã hỗ trợ tôi trong quá trình nghiên cứu, thu thập số liệu cho luận án. Tôi xin được cảm ơn những người bạn của tôi TS. Christine Hehnly – Đại học Harvard, TS.

Mercedeh Movassagh - Đại học Yale, ThS. Trịnh Sơn Tùng - Đơn vị nghiên cứu lâm sàng Đại học Oxford đã hỗ trợ tôi rất nhiều trong quá trình phân tích và hoàn thiện số liệu cho luận án. Tôi xin được cảm tạ những tình cảm vô bờ của bố mẹ, người thân trong gia đình, bạn bè, đồng nghiệp đã giúp đỡ và động viên tôi trong những ngày tháng học tập và nghiên cứu. Hà Nội, ngày tháng năm Ngô Khánh Phương iii MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ.

Định nghĩa não úng thủy. Phân loại não úng thủy. Dịch tễ học bệnh não úng thủy ở trẻ em. Chẩn đoán và điều trị não úng thủy ở trẻ nhỏ.

Nhiễm trùng sơ sinh. Định nghĩa nhiễm trùng sơ sinh. Dịch tễ học nhiễm trùng sơ sinh. Tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh.

Các phương pháp sinh học phân tử chẩn đoán não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh .1 PCR trong chẩn đoán vi sinh vật gây bệnh nhiễm trùng sơ sinh và não úng thủy. Phương pháp Metagenomics và giải trình tự gene thế hệ mới (NGS – whole geneome sequencing). ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Thiết kế nghiên cứu.

Địa điểm, thời gian nghiên cứu. Đối tượng nghiên cứu. Bệnh nhân não úng thủy. Bệnh nhân mắc nhiễm trùng sơ sinh.

Cỡ mẫu và lựa chọn đối tượng nghiên cứu. Lựa chọn đối tượng nghiên cứu. Cách lấy mẫu. Thu thập thông tin.

Kỹ thuật xét nghiệm. Tại Bệnh viện Nhi Trung ương. Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương. Tại trường đại học bang Pennsylvania.

Quản lý và phân tích số liệu. Nhập và quản lý số liệu bằng REDCap:. Phân tích thành phần phân loài các mẫu bệnh phẩm bằng kỹ thuật metagenomics (qiime2, dada2, picrust, v.3 Xử lý và phân tích số liệu. Vấn đề đạo đức trong nghiên cứu.

KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. Mô tả một số đặc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của bệnh nhi não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh tại bệnh viện Nhi trung ương, 2019-2020. Một số đặc điểm nhân khẩu học của bệnh nhân não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Các tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh ở trẻ sơ sinh tại Bệnh viện nhi Trung ương, 2019-2020.

Giải trình tự gene thế hệ mới xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Ứng dụng giải trình tự gene 16S rRNA trong phát hiện tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Ứng dụng giải trình tự RNA sequencing trong phát hiện tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân và một số tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh.

Một số đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Một số căn nguyên gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh thông qua nuôi cấy và PCR đa mồi. Xác định tác nhân gây bệnh não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh bằng 16S rRNA và RNA-seq. So sánh sự tương đồng trong chẩn đoán tác nhân gây bệnh của các phương pháp.

Hạn chế của đề tài. 120 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 122 vi CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ gốc tiếng anh Giải nghĩa BDL Bacteria DNA load Tải lượng DNA vi khuẩn CMV Cytomegalovirus Vi rút Cytomegalo CSF Cerebrospinal Fluid Dịch não tuỷ DNA Deoxyribonucleic Acid Axit Deoxyribonucleic Deoxyribose nucleoside Phân tử Deoxyribose dNTPs triphosphats nucleosid triphotphat EBV Epstain Barr Virus Vi rút Epstain Barr EOS Eary Onset Sepsis Nhiễm trùng khởi phát sớm GBS Group B Streptococcus Liên cầu khuẩn nhóm B HEV Herpatitis E Virus Vi rút viêm gan E Human immunodeficiency Vi rút gây suy giảm miễn HIV 1 virus 1 dịch ở người 1 HSV Herpes Simplex Virus Vi rút Herpes Nhiễm trùng khởi phát LOS Late Onset Sepsis muộn Measles Virus Vi rút gây bệnh Sởi Mumps Virus Vi rút gây bệnh quai bị Giải trình tự gene thế hệ NGS Next Genaration Sequencing mới National Institute of Child Viện Sức khỏe Trẻ em và NICHD Health and Human Phát triển con người Quốc Development gia Non-Postinfectious Não úng thủy không do NIPH Hydrocephalus nhiễm trùng vii Từ viết tắt Từ gốc tiếng anh Giải nghĩa NTSS Neonatal sepsis Nhiễm trùng sơ sinh NUT Hydrocephalus Não úng thủy OTU Operational Taxonomic Unit Đơn vị phân loài Principal Component PCA Phân tích thành phần chính Analysis Principal Coordinate PCoA Phân tích toạ độ chính Analysis Phản ứng chuỗi PCR Polymerase Chain Reaction Polymerase Post-Infectious Não úng thủy sau nhiễm PIH Hydrocephalus trùng Possible Serious Bacterial Nhiễm trùng nghiêm trọng PSBI Infection có thể xảy ra RNA Ribonucleic Acid Axit Ribonucleic RNA-seq RNA sequencing Giải trình tự RNA RSV Respiratory Syncytial Virus Vi rút hợp bào hô hấp Systemic Inflammatory Hội chứng đáp ứng viêm SIRS Response Syndrome toàn thân United Nations Inter-Agency Nhóm liên ngành của Liên UN IGME Group for Child Mortality hợp quốc về Đánh giá Tỷ Estimation lệ Tử vong ở Trẻ em VZV Varicella Zoster Virus Vi rút gây bệnh thuỷ đậu WHO World Health Organization Tổ chức Y tế thế giới viii DANH MỤC BẢNG Bảng 1. Các tác nhân chính gây nhiễm trùng sơ sinh trên thế giới.

Tác nhân vi rút và vi sinh vật khác gây não úng thủy và nhiễm trùng sơ sinh. Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng PCR 16S rRNA .1: Thể tích mẫu máu và dịch não tủy cần lấy, so sánh với lượng máu và dịch não tủy trong cơ thể trẻ. Một số đặc điểm nhân khẩu học của nhóm bệnh nhân não úng thủy (n = 41). Đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân não úng thủy.

Kết quả chẩn đoán bệnh nhân trước và sau khi ra viện. Đặc điểm của bệnh nhi não úng thủy tử vong. Một số đặc điểm nhân khẩu của nhóm bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n = 142). Đặc điểm cận lâm sàng của bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n = 142).

Chẩn đoán bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh khi ra viện (n=142). Đặc điểm của bệnh nhi mắc nhiễm trùng sơ sinh tử vong. Kết quả xét nghiệm miễn dịch tự động và test nhanh của bệnh nhân não úng thủy. Kết quả xét nghiệm miễn dịch tự động và test nhanh của bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh (n=142).

Kết quả nuôi cấy phát hiện tác nhân gây bệnh của nhiễm trùng sơ sinh. Thành phần vi rút, vi khuẩn trong mẫu máu (nhóm nhiễm trùng sơ sinh) sau phân tích giải trình tự RNA-seq. Thành phần vi rút, vi khuẩn trong mẫu dịch não tuỷ sau phân tích RNAseq. 91 ix DANH MỤC HÌNH Hình 1.

Tỷ lệ mắc não úng thủy phân theo khu vực của Tổ chức y tế thế giới. Chẩn đoán hình ảnh nhiễm khuẩn thần kinh, tổn thương (trái) bình thường (phải). Các phương pháp phân tích chẩn đoán nhiễm trùng sơ sinh. Cấu trúc hệ gene ribosome của vi khuẩn và vị trí của 16S rRNA.

Sơ đồ thiết kế nghiên cứu. Số lượng mẫu. Quy trình thu tuyển bệnh nhân. Phương pháp phân tích mẫu lâm sàng bằng giải trình tự và phân tích metagenomics.

Quy trình giải trình tự RNA theo Lexogen. Phân bố của bệnh nhân Não úng thủy theo khu vực địa lý. Phân bố bệnh nhân nhiễm trùng sơ sinh theo khu vực địa lý. Kết quả PCR mẫu dịch não tuỷ của bệnh nhân não úng thủy.

Tỷ lệ nuôi cấy máu (n = 142). Kết quả PCR đa mồi cho mẫu NTSS (n = 142). Chỉ số kiểm soát chất lượng của giải trình tự (Phred score) của mẫu máu – nhóm nhiễm trùng sơ sinh. Chỉ số đa dạng sinh học loài H (Shanon index) .

Nội dung được bảo vệ bản quyền — Tải xuống đầy đủ

Trích dẫn luận án này

Ngô Khánh Phương (2024). Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh [Luận án tiến sĩ, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương]. LuanAn.net. https://luanan.net/y-hoc/xac-dinh-tac-nhan-gay-nao-ung-thuy-nhiem-trung-so-sinh-giai-trinh-tu-rna

Câu hỏi thường gặp

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" nghiên cứu về vấn đề gì?

"Tìm hiểu và xác định tác nhân gây não ứ nước, phân tích nguyên nhân và tác động của tình trạng này."

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" được bảo vệ tại trường nào?

Luận án này được bảo vệ tại Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương. Năm bảo vệ: 2024.

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" thuộc chuyên ngành gì?

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" thuộc chuyên ngành Vi sinh vật học. Danh mục: Y Học.

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" có bao nhiêu trang?

Luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" có 200 trang. Bạn có thể xem trước một phần tài liệu ngay trên trang web trước khi tải về.

Cách tải luận án "Xác định tác nhân gây não úng thủy & nhiễm trùng sơ sinh" về máy như thế nào?

Để tải luận án về máy, bạn nhấn nút "Tải xuống ngay" trên trang này, sau đó hoàn tất thanh toán phí lưu trữ. File sẽ được tải xuống ngay sau khi thanh toán thành công. Hỗ trợ qua Zalo: 0559 297 239.

Luận án liên quan

Chia sẻ tài liệu: Facebook Twitter