Luận án tiến sĩ xác định tỉ lệ nhiễm và một số đặc điểm dịch tễ học phân tử của

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ĐẶNG THỊ THÙY DƢƠNG XÁC ĐỊNH TỈ LỆ NHIỄM VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA CÁC CHỦNG Clostridium difficile MANG GEN ĐỘC TỐ PHÂN LẬP ĐƢỢC TỪ BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH TẠI BỐN BỆNH VIỆN Ở HÀ NỘI (2013 - 2015) LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI - 2018 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ĐẶNG THỊ THÙY DƢƠNG XÁC ĐỊNH TỈ LỆ NHIỄM VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA CÁC CHỦNG Clostridium difficile MANG GEN ĐỘC TỐ PHÂN LẬP ĐƢỢC TỪ BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH TẠI BỐN BỆNH VIỆN Ở HÀ NỘI (2013 – 2015) CHUYÊN NGÀNH : VI SINH VẬT HỌC MÃ SỐ : 62420107 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: 1. BÙI THỊ VIỆT HÀ 2. VŨ THỊ THU HƢỜNG HÀ NỘI - 2018 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi đƣợc thực hiện dƣới sự hƣớng dẫn của tập thể cán bộ hƣớng dẫn. Các số liệu trong luận án là một phần kết quả của đề tài: “Nghiên cứu vai trò gây bệnh và đặc điểm dịch tễ học phân tử của các vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí gây hội chứng tiêu chảy liên quan đến kháng sinh ở một số bệnh viện ở Hà Nội” do Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia – NAFOSTED tài trợ, mã số đề tài là 106.65, do TS Vũ Thị Thu Hƣờng là chủ nhiệm đề tài mà tôi là một thành viên.

Các kết quả trong luận án là trung thực và chƣa từng đƣợc ai khác công bố. Nghiên cứu sinh Đặng Thị Thùy Dƣơng TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Luận án này không thể hoàn thành nếu thiếu sự hƣớng dẫn, hỗ trợ, động viên của nhiều cá nhân và cơ quan: Lời đầu tiên tôi xin bày tỏ sự kính trọng và lòng biết ơn sâu sắc nhất tới tập thể Cán bộ hƣớng dẫn khoa học: PGS. Bùi Thị Việt Hà, Bộ môn Vi sinh vật học, Khoa Sinh học, Trƣờng Đại học khoa học Tự nhiên, đã truyền thụ cho tôi những kiến thức chuyên ngành Vi sinh vật học, tạo mọi điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập, đã tận tình sửa chữa luận án, đặc biệt cô luôn động viên và cho tôi những bài học rất quý giá khi giải quyết những khó khăn và trở ngại trong học tập cũng nhƣ trong cuộc sống; TS. Vũ Thị Thu Hường, Trƣởng phòng Vi khuẩn Kỵ khí, Khoa Vi khuẩn, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ƣơng, chủ nhiệm đề tài “Nghiên cứu vai trò gây bệnh và đặc điểm dịch tễ học phân tử của các vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí gây hội chứng tiêu chảy sau dùng kháng sinh ở một số bệnh viện ở Hà Nội” với mã số đề tài là 106.65 do Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ Quốc gia tài trợ, đã cho phép tôi tham gia đề tài, đƣợc sử dụng một phần số liệu trong đề tài vào luận án, đã tận tình hƣớng dẫn chỉ bảo để tôi nắm vững các thao tác kỹ thuật cũng nhƣ các kiến thức chuyên sâu về đối tƣợng nghiên cứu, tận tình giúp tôi sửa chữa hoàn thiện luận án, cô dẫn dắt chỉ bảo tôi trở thành một nhà nghiên cứu khoa học.

Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo Sau Đại học và Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên đã tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi trong suốt quá trình học tập Tôi xin trân trọng cảm ơn Đảng ủy, Hội đồng Trường, Ban Giám hiệu, Labo XNATVSTP, đặc biệt TTND. TS Vũ Đình Chính, TS. Đinh Thị Diệu Hằng Trường Đại học Kỹ thuật Y tế Hải Dương đã tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi đi học và hoàn thành luận án này. Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương đã tạo mọi điều kiện cho tôi trong quá trình tôi làm nghiên cứu đề tài ở Viện.

Tôi xin chân thành cảm ơn ThS. Tăng Thị Nga, CN. Lê Thị Trang, CN. Phạm Thị Hồng Thủy, BS.

Phùng Thu Hằng đã giúp đỡ tôi trong việc thu thập mẫu, thực hiện kỹ thuật trong thời gian tôi làm việc tại phòng Vi khuẩn Kỵ khí. Tôi xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo Bộ môn Vi sinh vật học, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội và các bạn đồng nghiệp tại trường ĐH Kỹ thuật Y tế Hải Dương đã nhiệt tình giúp đỡ, ủng hộ, động viên tôi trong suốt quá trình học tập. Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn đến Bố, Mẹ, Chồng, các con, những người thân yêu đã động viên và hỗ trợ rất nhiều về thời gian, vật chất và tinh thần để tôi vƣợt qua mọi khó khăn trong quá trình học tập và nghiên cứu. Hà Nội, ngày tháng năm 2018 ĐẶNG THỊ THÙY DƢƠNG TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT.5 DANH MỤC HÌNH .7 DANH MỤC BẢNG ……………………………………………………………… 8 MỞ ĐẦU.

TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI. MỤC TIÊU CỦA ĐỀ TÀI. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI. Ý nghĩa khoa học.

Ý nghĩa thực tiễn. PHẠM VI NGHIÊN CỨU CỦA LUẬN ÁN. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN. TỔNG QUAN CÁC VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU.

TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH. Các tác nhân gây tiêu chảy sau dùng kháng sinh. VI KHUẨN Clostridium difficile. Đặc điểm sinh học.

Tính chất sinh hóa. Sức đề kháng. Độc tố của C. Độc tố TcdA và TcdB.

Độc tố kép CDT. Cơ chế gây bệnh. 23 1 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail. difficile gây ra.

Các yếu tố nguy cơ nhiễm trùng do C. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƢỚC. Trên thế giới. Tình hình nhiễm trùng do C.

Dịch tễ học phân tử của các chủng C. difficile gây bệnh. CÁC PHƢƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN NHIỄM TRÙNG DO Clostridium difficile. Phƣơng pháp nuôi cấy phân lập C.

difficile sinh độc tố. Nuôi cấy phân lập C. difficile từ bệnh phẩm. Xác định chủng vi khuẩn C.

difficile sinh độc tố. Ƣu, nhƣợc điểm. Phƣơng pháp khuếch đại gen phát hiện gen độc tố trực tiếp từ mẫu phân. Các phƣơng pháp khuếch đại gen.

Ƣu nhƣợc điểm của phƣơng pháp khuếch đại gen. Các phƣơng pháp khác. Trung hòa độc tố tế bào (CCCNA – cell culture cytotoxicity neutralization assay). Phƣơng pháp miễn dịch hấp phụ enzym (EIAs hoặc ELISA).

CÁC PHƢƠNG PHÁP PHÂN LOẠI PHÂN TỬ CÁC CHỦNG Clostridium difficile MANG GEN ĐỘC TỐ. Phƣơng pháp PCR ribotyping. Phƣơng pháp giải trình tự gen slpA. Các phƣơng pháp khác.

ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU. CỠ MẪU, THỜI GIAN VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU. 47 2 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.

THIẾT KẾ NGHIÊN CỨU. CÁC BIẾN SỐ NGHIÊN CỨU. Mẫu bệnh phẩm. Thông tin bệnh nhân.

VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU. Chủng vi khuẩn. Môi trƣờng nuôi cấy. Thiết bị, dụng cụ.

NỘI DUNG VÀ CÁC KỸ THUẬT SỬ DỤNG TRONG NGHIÊN CỨU. Đánh giá hiệu năng và xác định giới hạn phát hiện của môi trƣờng CCMA. Nuôi cấy phân lập C. difficile mang gen độc tố.

Nuôi cấy phân lập C. difficile từ mẫu phân. Xác định chủng vi khuẩn C. difficile và phân loại độc tố.

Phƣơng pháp nested PCR. Phƣơng pháp PCR ribotyping. Phƣơng pháp giải trình tự gen slpA. ĐẠO ĐỨC TRONG NGHIÊN CỨU.

PHƢƠNG PHÁP XỬ LÝ VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN. TỈ LỆ NHIỄM C. difficile MANG GEN ĐỘC TỐ Ở BỆNH NHÂN TIÊU CHẢY SAU DÙNG KHÁNG SINH.

Kết quả đánh giá hiệu năng và xác định giới hạn phát hiện của môi trƣờng CCMA. Tính năng suất. Tính chọn lọc. Giới hạn phát hiện của môi trƣờng CCMA.

So sánh phƣơng pháp nested PCR với phƣơng pháp nuôi cấy C. difficile mang gen độc tố. 70 3 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail. Tỉ lệ nhiễm C.

difficile mang gen độc tố ở những bệnh nhân tiêu chảy sau dùng kháng sinh. Tỉ lệ nhiễm C. difficile mang gen độc tố (C. Tỉ lệ nhiễm C.

difficile MGĐT theo kiểu độc tố. Tỉ lệ nhiễm C. difficile MGĐT theo đặc điểm nhân khẩu học. Tỉ lệ nhiễm C.

difficile MGĐT theo tiền sử sử dụng kháng sinh. Tỉ lệ nhiễm C. difficile MGĐT theo tiền sử bệnh lý kèm theo. Tỉ lệ nhiễm C.

difficile MGĐT theo khoa và bệnh viện. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA CÁC CHỦNG Clostridium difficile MANG GEN ĐỘC TỐ. Đặc điểm dịch tễ học phân tử C. difficile MGĐT theo phƣơng pháp phân loại PCR ribotyping.

Kết quả phân loại. Sự phân bố của các ribotype. Sự phân bố các ribotype C. difficile lƣu hành tại 4 bệnh viện ở Hà Nội so với một số nƣớc trên thế giới.

Đặc điểm dịch tễ học phân tử các chủng C. difficile MGĐT theo phƣơng pháp giải trình tự gen slpA. Kết quả phân loại. Mối quan hệ di truyền gen slpA giữa các chủng trong nghiên cứu và các chủng trên thế giới.

120 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CÔNG BỐ CÓ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN. 121 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 122 PHỤ LỤC 4 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ADN Axit DeoxyRibonucleic ARN Axit Ribonucleic bp Base pair BHI Brain heart Infusion (Canh thang não tim) CCMA Cyclocerine – Cefoxitin – Manitol – Agar CCFA Cyclocerine – Cefoxitin – Fructose – Agar CCMB Cyclocerine – Cefoxitin – Manitol – Broth CDC Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm phòng ngừa và kiểm soát bệnh, Mỹ) CFU Colony form unit (Đơn vị hình thành khuẩn lạc) CI Confidence Interval (khoảng tin cậy) C. difficile mang gen độc tố Elisa Enzym linked – immusorbent assay (Thử nghiệm hấp phụ miễn dịch gắn enzym) GAM-HT GAM – Horse Taurocholate kb Kilobase kDa Kilodalton MIC Minimal Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) MLVA Multilocus Variable-number tandem-repeat Analysis (Phân tích trình tự lặp lại ngẫu nhiên) MLST Multilocus sequence typing (Phân tích trình tự đa locus) MRSA Methicillin Resistant Staphylococcus aureus 5 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.