Luận án tiến sĩ ứng dụng kỹ thuật xét nghiệm ái tính kháng nguyên giới hạn lag a

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN TRẦN HỒNG TRÂM ỨNG DỤNG KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM ÁI TÍNH KHÁNG NGUYÊN GIỚI HẠN (LAG – AVIDITY) VÀ HỆ SỐ PHÂN LOẠI SAI ĐỂ ƢỚC TÍNH TỶ LỆ MỚI NHIỄM HIV TRÊN MỘT SỐ NHÓM CÓ NGUY CƠ CAO LÂY NHIỄM HIV Ở VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI – 2018 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN TRẦN HỒNG TRÂM ỨNG DỤNG KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM ÁI TÍNH KHÁNG NGUYÊN GIỚI HẠN (LAG – AVIDITY) VÀ HỆ SỐ PHÂN LOẠI SAI ĐỂ ƢỚC TÍNH TỶ LỆ MỚI NHIỄM HIV TRÊN MỘT SỐ NHÓM CÓ NGUY CƠ CAO LÂY NHIỄM HIV Ở VIỆT NAM Chuyên ngành : Vi sinh vật học Mã số : 62 42 01 07 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: 1. Nguyễn Anh Tuấn 2. Nguyễn Quang Huy HÀ NỘI – 2018 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi là Trần Hồng Trâm, nghiên cứu sinh của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc gia Hà Nội, xin cam đoan: Kết quả đề tài này là thành quả nghiên cứu của t i với sự hướng dẫn v gi p đ nhi t t nh của một tập thể c c chuy n gia cao cấp trong v ngo i nước. T i đã được Lãnh đạo Vi n, chủ nhi m đề tài và các thành viên trong nhóm nghiên cứu đồng ý cho phép sử dụng các kết quả nghiên cứu của cùng đề tài với mục đích phân tích và so sánh.

Toàn bộ các số li u, kết quả nêu trong luận án là trung thực v chưa được công bố trong bất kỳ công trình nào khác. Nghiên cứu sinh Trần Hồn Tr m Trần Hồng Trâm 15,16,22,23,25-28,36,38,40-42,56,57,59,60,73,74,77,78,81,82,84,94,103,104,108,109,112,113 1-14,17-21,24,29-35,37,39,43-55,58,61-72,75,76,79,80,83,85-93,95-102,105-107,110,111,114- TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Tôi xin trân trọng bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc và cảm ơn chân th nh tới PGS. Nguyễn Anh Tuấn và PGS. Nguyễn Quang Huy, những người Thày có nhiều kinh nghi m và kiến thức đã tận tình giảng dạy, hướng dẫn tôi trong suốt quá trình học tập, thực hi n đề t i cũng như ho n th nh luận án.

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến các anh ch bạn đồng nghi p Khoa HIV/AIDS, ban Lãnh đạo Vi n V sinh D ch tễ Trung ương; các Thày, Cô Bộ môn Vi sinh vật học, Trường Đại học Khoa học Tự nhi n, Đại học Quốc gia Hà Nội đã luôn tạo điều ki n v gi p đ tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thành luận án. T i cũng xin chân th nh cảm ơn TS. Dương Th Yến – chuyên gia cao cấp về xét nghi m sớm HIV của Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa b nh tật (CDC) Atlanta đã cung cấp tài li u v hướng dẫn cách làm xét nghi m và phân tích kết quả xét nghi m; TS.Shah – chuyên gia cao cấp về d ch tễ học của CDC Atlanta đã hỗ trợ phân tích các chỉ số li n quan đến d ch tễ học; ThS. BS Patrick Nadol– Trưởng nhóm d ch tễ học CDC Vi t Nam, ThS.

Lê Vi Linh chuyên gia cao cấp d ch tễ học của CDC Vi t Nam đã cung cấp các số li u và kết quả xét nghi m cuối cùng; cùng toàn thể c c đồng nghi p trong lĩnh vực HIV, HBV của CDC Atlanta và CDC Vi t Nam đã hỗ trợ tôi thực hi n và hoàn thành luận án này. Luận n được thực hi n trong khuôn khổ hợp tác nghiên cứu giữa CDC Vi t Nam và Vi n V sinh D ch tễ Trung ương của “Dự án nâng cao chất lượng giám sát và xét nghi m HIV ở Vi t Nam, giai đoạn 2006- 2010, 2011 -2016” do Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa b nh tật Hoa Kỳ tài trợ. Cuối cùng tôi xin bày tỏ lòng biết ơn đến bố mẹ, chồng con, các anh ch em và những người thân trong gia đ nh, bạn bè đã hết lòng ủng hộ, động viên tôi trong suốt quá trình học tập v l động lực to lớn gi p t i vượt qua được những khó khăn để đạt được kết quả học tập và hoàn thành luận án. Nghiên cứu sinh Trần Hồn Tr m TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com MỤC LỤC MỤC LỤC .1 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .4 DANH MỤC CÁC HÌNH .6 DANH MỤC BẢNG.

TỔNG QUAN TÀI LIỆU. Tình hình nhiễm HIV trên thế giới và ở Vi t Nam. Đặc điểm virut HIV. Cấu trúc HIV.

Diễn biến quá trình nhiễm HIV. C c giai đoạn lâm sàng của các b nh nhiễm trùng cơ hội. Một số thuật ngữ xét nghi m mới nhiễm HIV. C c phương ph p v kỹ thuật xét nghi m trong giám sát d ch tễ và chẩn đo n HIV ở Vi t Nam.

Phương ph p x t nghi m chẩn đo n gi n tiếp HIV. Phương ph p x t nghi m chẩn đo n trực tiếp. Các kỹ thuật xét nghi m x c đ nh tỷ l mới nhiễm HIV. Kỹ thuật miễn d ch gắn enzym kém nhạy.

Các kỹ thuật x c đ nh tỷ l kháng thể IgG. Các kỹ thuật ái lực. Kỹ thuật IDE-V3. Kỹ thuật phát hi n kháng nguyên p24.

Kỹ thuật phát hi n ARN HIV. Kỹ thuật phát hi n kháng thể IgG 3 kháng p24. Kỹ thuật miễn d ch dòng. Ước tính tỷ l mới nhiễm HIV trên thế giới.

Các ứng dụng của ước tính tỷ l mới nhiễm HIV. C c phương ph p ước tính tỷ l mới nhiễm .39 1 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. X c đ nh và so sánh tỷ l phân loại sai trong ước tính tỷ l mới nhiễm HIV của hai kỹ thuật BED –CEIA và LAg- Avidity trên những b nh nhân bắt đầu đăng ký điều tr ARV tại các phòng khám ngoại trú của bốn tỉnh trong năm 2010 -2011.

Đối tượng nghiên cứu. Đ a điểm và thời gian nghiên cứu. C mẫu và cách chọn mẫu. Thiết b và sinh phẩm, hóa chất được sử dụng trong nghiên cứu.

Phương ph p nghi n cứu. Quy trình thu thập mẫu tại phòng khám ngoại trú. Các yếu tố cần đ nh gi trong nghi n cứu. Ứng dụng kỹ thuật LAg Avidity để ước tính tỷ l mới nhiễm HIV-1 trong một số nhóm đối tượng có nguy cơ cao lây nhiễm HIV ở Vi t Nam năm 2006 và 2009.

Các thông tin của nghiên cứu IBBS đã thực hi n năm 2006, 2009. Phương ph p nghi n cứu tính tỷ l mới nhiễm HIV bằng sinh phẩm LAg-Avidity, sử dụng thông tin và mẫu IBBS 2006, 2009. Các kỹ thuật xét nghi m sử dụng trong hai nghiên cứu. Xét nghi m BED-CEIA.

Quy trình kỹ thuật xét nghi m mới LAg-Avidity EIA. Xét nghi m Western Blot. Xét nghi m kiểu gen HIV. Xét nghi m đo tải lượng HIV.

Xét nghi m thành phần thuốc ARV. Công thức tính toán và phần mềm nhập li u của hai nghiên cứu. Công thức tính tỷ l phân loại sai và tỷ l mới nhiễm. Phần mềm phân tích kết quả.

Đạo đức trong nghiên cứu .65 2 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN. X c đ nh và so sánh tỷ l phân loại sai trong ước tính tỷ l mới nhiễm HIV của hai kỹ thuật BED–CEIA và LAg-Avidity trên những b nh nhân bắt đầu đăng ký điều tr ARV tại các phòng khám ngoại trú của bốn tỉnh trong năm 2010 -2011. Đ nh gi đặc điểm chung của những người tham gia nghiên cứu.

X c đ nh tỷ l phân loại sai mới nhiễm của từng sinh phẩm BED - CEIA, LAg-Avidity. Ứng dụng kỹ thuật LAg Avidity để ước tính tỷ l mới nhiễm HIV-1 trong một số nhóm đối tượng có nguy cơ cao lây nhiễm HIV ở Vi t Nam năm 2006 và 2009. Đ nh gi kết quả ban đầu xét nghi m mới nhiễm bằng sinh phẩm LAg- Avidity tr n ba nhóm nguy cơ cao của c c điều tra IBBS. Tỷ l mới nhiễm hi u chỉnh theo năm 2006, 2009 sử dụng tỷ l phân loại sai cho từng miền.

Đ nh gi kỹ thuật LAg-Avidity tr n cơ sở xét nghi m. Hạn chế của các nghiên cứu .115 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN .116 TÀI LIỆU THAM KHẢO .117 PHỤ LỤC 3 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT T v ết tắt T ố T ến An N T ến V ệt cADN Complementary ADN bổ sung Deoxyribonucleic Acid AEM Asian Epidemic Model Mô hình d ch tễ Châu Á AIDS Aquired immune deficiency Hội chứng suy giảm miễn d ch syndrome mắc phải ARN Acid ribonucleic Thuốc kháng virut Retro ART Antioretroviral therapy Li u pháp chống virut Retro ARV Antiretroviral Thuốc kháng virut BED-CEIA Capture Enzyme ImmunoAssay Kỹ thuật miễn d ch gắn enzym tóm B, E, D subtype bắt phân nhóm B, E, D BYT Bộ Y tế CDC U. Centers for Disease Control Trung tâm iểm so t v ph ng and Prevention D ch b nh Hoa ỳ CEPHIA Consortium for the Evaluation Nhóm ủy vi n ban đ nh gi v and Performance of HIV thực hi n các xét nghi m mới Incidence Assays nhiễm CI Confidence interval Khoảng tin cậy DBS Dried Blood Spot Giọt máu khô EIA Enzyme Immuno Assay Xét nghi m miễn d ch gắn enzym ELISA Enzyme Linked Immuno Sorbert Xét nghi m miễn d ch hấp phụ gắn Assay enzym EPP Epidemic Projection Package Phần mềm dự báo d ch FHI Family Health International Tổ chức sức khỏe gia đ nh Quốc tế FRR False Recent Rate Tỷ l phân loại sai GAP Global AIDS program Chương tr nh AIDS to n cầu HIV Human immunodeficiency virus Virut gây suy giảm miễn d ch ở người HTLV III Human T- cell Leukaemia Virut gây ung thư tế bào T ở người Virus IBBS Integrated Biological and Giám sát lồng ghép hành vi và chỉ Behavioral Surveillance số sinh học LAg Avidity Limmiting Antigen Avidity Thử nghi m miễn d ch gắn enzym ái lực kháng nguyên giới hạn LAV Lymphadenopathy Associated Virus Virut gây tăng sinh bạch cầu hạt 4 TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.