Luận án tiến sĩ y học các nhóm thứ týp và hiện trạng kháng thuốc của hiv 1 đang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BO Y TE ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHÓ HÒ CHÍ MINH HUỲNH MINH TUẦN CÁC NHÓM, THỨ TÝP VA HIEN TRANG KHANG THUOC CUA HIV-1 DANG LUU HANH TAI CAC TINH PHIA NAM LUAN AN TIEN SI Y HOC THANH PHO HO CHi MINH - NAM 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BO Y TE ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHÓ HÒ CHÍ MINH HUỲNH MINH TUẦN CÁC NHÓM, THỨ TÝP VA HIEN TRANG KHANG THUOC CUA HIV-1 DANG LUU HANH TAI CAC TINH PHIA NAM Chuyén nganh: Vi sinh y hoc Mã số: 62720115 LUẬN ÁN TIÊN SĨ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1. Nguyễn Thanh Bảo 2. Phạm Hùng Vân THÀNH PHÓ HỒ CHÍ MINH - NĂM 2016 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả nêu trong luận án là trung thực và chưa được công bố trong bất kỳ công trình nào khác.

Tác giả luận án Huỳnh Minh Tuấn ii MUC LUC Trang Trang phu bia U02 8. 1 Danh muc cac chit viét tt .ccccsccssessssscsecssesecsecsessuesecsucercaresveseesesersarsarsresersavsnceaeeesanees iv PP 11080015ãv 1071 0T. vi Dan muc Cac Wink 000. cece cccccccccsecsseeseecssecsseesseccecessecsseeseeessccssecsseeceeeeaeesseseseeesseens Vill Danh muc cac biểu đồ - sơ đồ.

121 nen 1 Chương 1: TÔNG QUAN TÀI LIỆU .- 25: ©2522SE2EE2EEE2EEE22EEEEEEeEEErrrrrerrre 3 1. Cấu trúc HIV-I. Phương thức xác định nhóm virus HIV-]. Kỹ thuật xác định thir typ, phụ thứ týp, thể tái tổ hợp.

Sự phân bố của HTV-1 trên thế giới .6 Cơ chế tác động của thuốc kháng virus (ARV) đối với HIV-I. Cơ chế kháng thuốc ARV của HTV-I. Các đột biến kháng thuốc đã được phát hiện. Các phương pháp nghiên cứu tính kháng thuốc ARV ở HIV-1.

Phương thức lan truyền chủng HIV kháng thuốc.----2¿©sz225cz 35 Chương 2: ĐỎI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Đối tượng nghiên cứu.--- 2 2+22+E+2EE+22Et2EEEEE271. Thời gian và địa điểm nghiên cứu. Biến số nghiên cứu.

Xử lý số liệu .--22- Set TS 111113111011 11 11111111 1111101 1g net 61 Chương 3: KÉT QUÁ NGHIÊN CỨU. Đặc điểm dịch tễ học của mẫu nghiên cứu ở thời điểm M0. Xác định nhóm, thứ týp di truyÈn.---2sc St St E2E1x2E1xeEEerrrrrrree 64 3. Đặc điểm kháng thuốc ở thời điểm trước điều trị (M0).

Đặc điểm kháng thuốc ở thời điểm sau điều trị 6 tháng (M6). Phân tích các yếu tố liên quan đến tính kháng thuốc .------ 78 Chương 4: BÀN LUẬN. Đặc điểm dịch tễ học của mẫu nghiên cứu ở thời điểm M0. Xác định nhóm, thir typ di truyOn.

Đặc điểm kháng thuốc ở thời điểm trước điều trị (M0). Đặc điểm kháng thuốc ở thời điểm sau điều trị 6 tháng (M6). Phân tích các yếu tố liên quan đến tính kháng thuốc .----52225 222 22222EE221122112211122122212 212101212222 re 102 KIÊN NGHỊ,. 225222222215 221227122121112111271227122711211112121221222 re 104 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH LIÊN QUAN ĐÉN ĐÈ TÀI ĐÃ CÔNG BÓ TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Hồ sơ bệnh án nghiên cứu Danh sách bệnh nhân 1V DANH MUC CAC CHU VIET TAT Chir viét tat Diễn giải 3TC Lamivudine ABC Abacavir Acquired Immunodeficiency Syndrome AIDS a.

(Hội chứng suy giảm miền dich mặc phải) Anti-retroviral Therapy ART ; a. ; (Liệu pháp điêu trị kháng virus) Anti-retrovirus ARV. (Thuôc khang retrovirus) ATV Atazanavir AZT Zidovudine British HIV Association BHIVA. Hiệp hội HIV Anh quốc D4T Stavudine ddI Didanosine DLV Delavirdine DNA Deoxyribonucleic acid DRV Darunavir EFV Efavirenz ETV Etravirenz FPV Fosamprenavir FTC Emtricitabine gp Glycoprotein Human Immunodeficiency Virus HIV x (Virus gây suy giảm miên dịch ở người) IDV Indinavir LPV Lopinavir Chữ viết tắt Diễn giải LTRs Long Terminal Repeat Sequences MO Thời điểm ngay trước khi uéng thuéc ARV M6 Thời điểm 6 thang sau khi uống thuốc ARV NFV Nelfinavir NNRTI Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor (Non- Nucleoside irc ché men phién ma ngugc) Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor NRTI - , ; (Nucleoside ức chê men phiên mã ngược) NVP Nevirapine Out patient Clinic OPC.

(Phòng khám ngoại trú) Peripheral blood monoclear cell PBMC. ¬ Tê bào đơn nhân máu ngoại vi Polymerase Chain Reaction PCR x. (Phản ứng chudi polymerase) PI Protease Inhibitor (Ức chế men cắt protein) RNA Ribonucleic acid Reverse Transcriptase RT (Men phiên mã ngược) Reverse Transcriptase- Polymerase Chain Reaction RT-PCR x (Phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược) SQV Saquinavir TDF Tenofovir Bang 1. vi DANH MUC CAC BANG Tổng hợp các thé tai t6 hop cla HIV-L owe ececeecessessessseesseesseesseessesseen 14 Phân bố địa ly cia mt 86 thir typ HIV-1 o.eccecccecccecsesssecssessseesseesseessseesses 18 Cac loai thude khang retrovirus .ccccccsesssessseesssesssessseessesssessusssssessecsseesses 21 Một số đột biến kháng thuốc nhóm NRTI ou.

esssesssesssssseesssesseesseeesees 27 Một số đột biến kháng thuốc nhóm NNRTTI.-2-©22z2+sz+zxezczez 28 Một số đột biến kháng thuốc nhóm PI.-- 2: 2¿©+¿++2+EE£+2E++2z+z+zxe2 29 Các đột biến kháng thuốc ở những thứ týp HIV-I.-------ccscc- 36 Các loại mỗi được sử dung trong PCR “` 50 Các thành phần được sử dụng trong 1 phản ứng ở vòng ngoài. 50 Các thành phần được sử dụng trong 1 phản ứng ở vòng trong. 51 Các thành phần được sử dụng trong 1 phản ứng giải trình tự. 35 Các loại mỗi được sử dụng với gen éứw.---2-©-¿¿©7s2+2sSC2z22xzczxxcrrcee 59 Đặc điểm chung của mẫu nghiên cứu ở M0.---2-©ccccrsesrseerree 62 Kết quả tập huấn về HTV/AIDS.

xe 63 Đặc điểm thời gian trước khi điều trị.----- s¿csee+EteEEeEEeExsrkerrkeree 64 Kết quả Blast trình tự gen ewv của 200 mẫu.2--©ccc+ccsccczvecr 67 Nguồn gốc các thứ týp.------©22 2222 2221122127112 Ea 67 Đặc điểm các bệnh nhân mang đột biến kháng nhóm PI.---- 71 Tổng hợp loại đột biến gây kháng thuốc ở M0.-----2©7-2+cz+crex 71 Các đột biến phụ kháng thuốc ARV ở M0.-©52 5c cecSreExerkerrkrree 72 Tổng hợp loại đột biến gây kháng thuốc ở M0, M6. Các đột biến phụ kháng thuốc ARV ở M6.--2©2-2+22z+2zz+rzzrreee 77 vii Bảng 3. Giai đoạn lâm sàng của bệnh nhân ở MO, M6. Số lượng CD4 của quần thể ở M0, M6.

Các phác đồ ARV được sử đụng đề điều trị bệnh nhân trong nghiên cứu. Phân tích đơn biến các yếu tô liên quan đến tính kháng thuốc. Phân tích hồi quy đa biến của sự xuất hiện HIV kháng thuốc. 87 viii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.

Cấu trúc HIV-1 dưới kính hiển vi điện tử. Các thành phần của một hạt virus HIV-1. Cấu trúc bộ gen của HTV-1. Quá trình nhân lên của HT V- Ì.

--- 6 k1 vn ng HH rưệt 8 Hình 1. Cây phả hệ di truyền của HTV-I. Sự phân loại của HV- Ì. S2 1T HH HH HH net 11 Hình 1.

Cây phát sinh loài của nhóm ÌM.--- tt x23 2 E3 11 ke rerret 12 Hình 1. Một số thể tái tổ hop cua HIV-1 với cấu trúc gen khảm. Quan hệ phát sinh loài của các chủng HIV-I dựa vào gen poÏ. Quan hệ phát sinh loài của các chủng HIV-I dựa vào gen gag, pol va env 17 Hình 1.

Phân bố địa lý của các chủng HIV-I trên toàn cầu. Các vị trí tác động của thuốc ARV. Dữ liệu về đột biến kháng thuốc của ngân hàng Stanford. Cơ chế hòa mảng của HIV và tác động của thuốc FÌ.

Cơ chế tác động của thuốc ức chế enzyme integrase. Minh họa bước “nhuộm kháng thể đơn dòng””. Minh họa hệ thống dòng chất lỏng được phân tích trong máy đếm tế bào dòng 07) 0. Minh họa tách chiết RNA bằng cách sử dụng phenol-chloroform.

Minh họa nguyên tắc tổng hợp cDNA bang mdi ngẫu nhiên. Kết quả định lượng cDNA của từng mẫu bệnh nhân. Minh họa nguyên lý của kỹ thuật PCR “tổ” (nested PCR). Quan sát DNA dưới ánh sáng tử ngoại và điện di trên gel agarose.

Minh họa nguyên tắc tỉnh sạch DNA. Minh họa nguyên lý hoạt động của máy giải trình tự khi dùng 4 màu huỳnh quang khác nhau để đánh dấu 4 loại đdNÑTP khác nhau. Minh họa quá trình thu nhận tín hiệu huỳnh quang của máy. Công cu Blast cia NCBI Hình 2.

Tin hiệu không rõ rang ở đoạn đầu của mạch .-- c5 ccccsccccssc+eccs 58 Hình 2. Tin hiéu r6 rang ở đoạn g1Iữa của mạch.-- ¿+ s+ se ssrseeeerrrererre 58 Hinh 2. Minh hoa nguyén tắc “tinh sạch” trình tự nueleotid DNA. Kết qua Blast trinh ty gen env cua mẫu và phân bố vị trí địa lý.

Kết quả Blast trình tự gen env cua mau HDROO! va phân bố vị trí địa lý. Kết qua Blast trinh ty gen env cia mau HDRO14 va phan bé vị trí địa lý. Tín hiệu huỳnh quang của đột biến M184l. Tín hiệu huỳnh quang của đột biến Y 1§1C.-cccccccccccccrrrrre 70 DANH MUC BIEU DO - SO DO Biểu đồ 3.

Tỷ lệ các loại đột biến gen kháng thuốc @ MO. Tỷ lệ đột biến kháng các nhóm thuốc ở M0, M6. Tỷ lệ các loại đột biến gen kháng thuốc ở M0, M6. Tỷ lệ giai đoạn lâm sàng của bệnh nhân ở M0 và M6.

Số lượng CD4 trung bình của quần thẻ nghiên cứu ở M0 và M6. Tỷ lệ đáp ứng virus học ở ÌMó. Ty lệ thất bại điều trị ở nhóm (1) và nhóm (2). Tỷ lệ phác đồ đầu tiên được sử dụng ở M0.

Tỷ lệ số lần thay d6i phdc dO ARV oocccccccccccccssecssssssssssesssessstssseesstessneesses 83 Biểu đồ 3. Tỷ lệ các phác đồ ARV được thay thế. 2-52 +se+cxerxerrxerrseee 84 Biểu đồ 3. Tỷ lệ phác đồ ARV cuối cùng được sử dụng ở M0.

Tỷ lệ các ly do thay đổi phác đồ điều trị AR. Các bước theo dõi thông tin cận lâm sàng của bệnh nhân. Các bước tìm đột biến kháng thuốc .-2- 22 ©22+22E222E22EE22EEcrrkerree 48 ĐẶT VAN DE Kể từ khi HIV trở thành đại dịch toàn cầu và có nhiều loại đột biến kháng thuốc khác được tìm thấy. Các chuyên gia hết sức e ngại về sự xuất hiện ngày càng nhiều các chủng kháng thuốc này và lo sợ về chủng virus kháng với tất cả các thuốc hiện có.

Theo thống kê, có nhiều nguyên nhân dẫn đến sự hiện diện của các chủng virus kháng thuốc. Một là, về mặt virus học, HIV có tính đa biến di truyền cao (khoảng 10 triệu virus có I đột biến mới/ngày) do tốc độ nhân lên rất nhanh (10 tỉ virus mới/ngày) và enzyme phiên mã ngược không có khả năng sửa lỗi trong quá trình sao chép. Trong những đột biến này, có một số đột biến liên quan đến tính kháng thuốc ARV. Dưới áp lực chọn lọc của thuốc ARV, các chủng virus mang đột biến kháng thuốc sẽ tồn tại, dẫn đến tình trạng kháng thuốc và lan truyền chủng kháng thuốc.

Hai là, về mặt phân loại di truyền, các thứ týp HIV khác nhau cũng dẫn đến tính kháng khác nhau. Ví dụ: virus HIV-2 và các virus HIV-I nhóm O có tính kháng thuốc tự nhiên với một số thuốc ARV. Trong các nghiên ctu in viro, HIV-2 có thê đề kháng với một số thuốc ức chế enzyme protease như Amprenavir va Atazanavir. Ba là, về mặt điều trị HIV, có các nguyên nhân sau có thể dẫn đến xuất hiện chủng kháng thuốc: phác đồ điều trị được sử dụng, mức độ tuân thủ của bệnh nhân.

Trong khuôn khổ luận án, chúng tôi nghiên cứu trên HIV-I gây hội chứng suy giảm miễn dịch ở người.