Luận án: Đa dạng di truyền bò nuôi Hà Giang và bò hoang dã Việt Nam bằng kỹ thuật di truyền

MỤC LỤC CÁC TỪ VÀ CHỮ VIẾT TẮT. vi DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH.vi MỞ ĐẦU. TỔNG QUAN TÀI LIỆU. ĐA DẠNG DI TRUYỀN.

Tầm quan trọng của đa dạng di truyền. Bảo tồn sự đa dạng di truyền. PHƢƠNG PHÁP ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN. KỸ THUẬT MICROSATELLITE .2 Sự phân bố của microsatellite trong cơ thể sinh vật.

Phân loại microsatellite và các dạng trình tự của microsatellite. Vai trò của microsatellite. Phƣơng pháp xác định microsatellite. KỸ THUẬT PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ ADN HỆ GEN TY THỂ (mtDNA) 16 1.

MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA BÕ NUÔI. Sự phân loại bò nuôi. Nguồn gốc thuần hoá bò nuôi. Sự đa dạng và phân bố của bò nuôi ngày nay.

ĐẶC ĐIỂM QUẦN THỂ BÕ NUÔI Ở TỈNH HÀ GIANG. Điều kiện địa lý, xã hội của tỉnh Hà Giang. Đặc điểm quần thể bò nuôi ở tỉnh Hà Giang. NHỮNG NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA BÕ NUÔI TRÊN THẾ GIỚI VÀ Ở VIỆT NAM.

Nghiên cứu đa dạng di truyền của bò nuôi trên thế giới. Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền của vật nuôi nói chung và của bò nói riêng ở Việt Nam. MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA BÕ TÓT (BOS GAURUS) VÀ BÕ RỪNG (BOS JAVANICUS). Đặc điểm và sự phân bố của bò tót (Bos gaurus).

Hiện trạng và sự phân bố bò tót ở Việt Nam. Đặc điểm và sự phân bố của bò rừng (Bos javanucus). Hiện trạng và sự phân bố bò rừng ở Việt Nam. NHỮNG NGHIÊN CỨU DI TRUYỀN Ở BÕ TÓT VÀ BÕ RỪNG.

ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU. Phƣơng pháp nghiên cứu đối với quần thể bò nuôi tại Hà Giang.

Thu thập mẫu. Tách chiết ADN. Phƣơng pháp phân tích đa dạng di truyền hệ gen nhân. 42 iv TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.

Phƣơng pháp phân tích đa dạng di truyền hệ gen ty thể. Phƣơng pháp phân tích thống kê. Phƣơng pháp nghiên cứu đối với quần thể bò hoang dã. Thu thập mẫu.

Tách chiết ADN từ mẫu phân. Xác định sự ảnh hƣởng của một số yếu tố bảo quản mẫu phân đến kết quả tách chiết ADN. Xác định loài và giới tính. Phân tích đa dạng di truyền.

KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN. ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ BÕ NUÔI TẠI HÀ GIANG. Tính đa dạng về kiểu hình. Đa dạng về màu sắc lông.

Đa dạng về hình dáng sừng. Tính đa dạng về di truyền. Kết quả phân tích kích thƣớc alen của các locút microsatellites. Tính đa hình của các locút microsatellites.

Tính đa dạng di truyền và cân bằng Hardy-Weinberg. Tính đa dạng và sự sai khác di truyền giữa các quần thể bò phân bố ở các huyện. Mối tƣơng quan giữa khoảng cách di truyền và khoảng cách địa lý. Đặc điểm cấu trúc di truyền quần thể bò nuôi ở Hà Giang.

Tính đa dạng di truyền hệ gen ty thể. Mối quan hệ di truyền của bò ở Hà Giang với một số quần thể bò khác. ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ BÕ TÓT VÀ BÕ RỪNG. Kết quả tách chiết ADN.

Ảnh hƣởng của mốt sô yếu tố bảo quản mẫu đến kết quả tách ADN. Ảnh hƣởng của thời gian bảo quản mẫu phân. Ảnh hƣởng của dung dịch bảo quản đến kết quả tách chiết ADN. Ảnh hƣởng của nhiệt độ bảo quản mẫu phân.

Kết quả xác định loài. Kết quả xác định giới tính. Đa dạng di truyền của quần thể bò tót. Đa dạng di truyền của quần thể bò rừng.

106 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ. 107 TÀI LIỆU THAM KHẢO. 108 v TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com CÁC TỪ VÀ CHỮ VIẾT TẮT ADN: Deoxyribonucleic acid (một dạng vật chất di truyền) PCR: Polymerase Chain Reaction (phản ứng chuỗi trùng hợp) SSCPs: Single Strand Conformation Polymorphisms (đa hình cấu trúc sợi đơn) AFLPs: Amplified Fragment Length Polymorphisms (đa hình độ dài các đoạn nhân chọn lọc) SNP: Single Nucleotide Polymorphisms (đa hình các đơn nucleotid) RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphisms (đa hình độ dài các đoạn cắt enzyme giới hạn) RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA (đa hình độ dài các đoạn ADN nhân ngẫu nhiên) VNTR: Variable Number of Tandem Repeats (chỉ các vùng của hệ gen đặc trƣng bởi sự lặp lại của cùng một trình tự ADN) MPX: Multiplex PCR (phản ứng PCR đa mồi) FAO : Food and Agriculture Organization (Tổ chức nông lƣơng thế giới) IUCN: International Union for Consevation of Nature (Tổ chức bảo vệ tài nguyên thiên nhiên quốc tế) ISAG: International Society of Animal Genetis (Hội di truyền động vật quốc tế) EDTA: Ethylen-Diamin-Tetra-Acetic acid Bp: Base pair (cặp bazơ) Cyt b: Cytochrome b (một gen trên phân tử ADN ty thể) D-loop: Displacement loop (vùng điều khiển trên phân tử ADN ty thể) NJ: Neighbor – Joining Method (phƣơng pháp liên kết nhóm liền kề) UPGMA: Unweighted Paired Group Method of Arithmetic Average vi TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH TRONG LUẬN ÁN Các bảng Bảng 1.1: Đặc điểm của một số kỹ thuật phân tử đối với việc đánh giá đa dạng di truyền .2:Một số nghiên cứu đa dạng di truyền ở vật nuôi sử dụng kỹ thuật microsatellite.1: Một số thông tin về 30 cặp mồi microsatellite sử dụng nghiên cứu .2: Công thức tính các giá trị thống kê của quần thể .3: Địa điểm thu thập các mẫu sinh học của bò hoang dã .4: Các điều kiện bảo quản mẫu phân bò để xác định các yếu tố ảnh hƣởng đến kết quả tách chiết ADN .1: Số lƣợng alen và khoảng kích thƣớc alen của các locút microsatellite nghiên cứu ở quần thể bò Hà Giang .2: Tần số di hợp tử lý thuyết (Hep), quan sát (Hob), hệ số cận huyết (Fis) và kết quả kiểm tra từng locút microsatlite với giả thiết không cân bằng di truyền Hardy-Weinberg .3: So sánh tính đa dạng di truyền của quần thể bò ở Hà Giang với một số kết quả nghiên cứu trên các quần thể bò khác .4: Tần số di hợp tử lý thuyết (Hep), tần số dị hợp tử quan sát (Hob), trung bình số alen trên một locút (K), hệ số đồng huyết (Fis), kiểm định với giả thiết không tuân theo định luật di truyền Hardy- Weinberg ở các quần thể bò ở 8 huyện .5: Ma trận sai khác di truyền (FST) giữa các quần thể bò ở 8 huyện.6: Ma trận khoảng cách di truyền (Ds) giữa các quần thể bò phân bố ở 8 huyện theo Nei (1972) .7: Tỷ lệ hệ gen bò tại các xã nghiên cứu đƣợc chỉ định thuộc nhóm 1 và 2.8: Ma trận khoảng cách di truyền giữa các quần thể.9: Tổng hợp kết quả tách chiết ADN từ các mẫu phân bò hoang dã .10: Ma trận khoảng cách di truyền giữa một số nhóm bò tót .11: Ma trận khoảng cách di truyền giữa bò rừng mang các kiểu haplotype khác nhau. 101 vii TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com Các hình Hình 1.1: Cấu trúc phân tử ADN ty thể của bò nuôi.2: Hệ thống phân loại của bò nuôi, bò hoang dã và một số loài liên quan .3: Sự phân bố của 3 loài phụ bò rừng cổ .4: Sự phổ biến của bò thuần hoá ở khắp nới trên thế giới cổ sinh .5: Sự phân bố các loại bò ngày nay ở Châu Á, Châu Phi và Châu Âu .6: Hình ảnh cá thể bò tót (Bos gaurus) tại Thảo Cầm Viên.

Bản đồ phân bố bò tót ở một số khu vực trên thế giới .8: Bản đồ phân bố bò tót ở Việt Nam .9: Hình ảnh bò rừng (Bos javanicus) .10: Bản đồ phân bố bò rừng ở một số khu vực trên thế giới .11: Bản đồ phân bố bò rừng ở Việt Nam .1: Vị trí các địa điểm thu mẫu sinh học bò nuôi tại tỉnh Hà Giang .2: Hệ thống máy giải trình tự CEQ8000 .1: Biểu đồ phân bố sự đa dạng màu sắc lông của quần thể bò ở Hà Giang .2: Biểu đồ phân bố sự đa dạng hình dáng sừng của quần thể bò ở Hà Giang .3: Một số kết quả phân tích kích thƣớc alen của các locút microsatellite .4: Cây phân loại thể hiện mối quan hệ di truyền giữa các quần thể bò ở 8 huyện dạng có gốc (rooted tree).5: Cây phân loại thể hiện mối quan hệ di truyền giữa các quần thể bò ở 8 huyện dạng không gốc (unrooted tree) .6: Tƣơng quan giữa khoảng cách di truyền và khoảng cách đại lý .7: Kết quả phân tích khả năng phân chia thành các nhóm trong quần thể bò ở Hà Giang .8: Sự phân bố cấu trúc di truyền 2 nhóm bò (quần thể phụ) ở tỉnh Hà Giang .9: Sự đa dạng trình tự vùng D-loop ty thể của 67 mẫu bò .10: Cây phân loại thể hiện mối quan hệ di truyền của 67 mẫu bò .11: Điện di đồ kết quả sau khi nhân PCR vùng D-loop ở bò hoang dã.12: Điện di đồ kết quả sau khi nhân PCR với cặp mồi giới tính .13: Biểu đồ kết quả phản ứng PCR xác định giới tính đối và thời gian bảo quản mẫu .14: So sánh trình tự ADN đoạn gen Cytochrome b giữa bò nuôi, bò tót và bò rừng .15: So sánh trình tự ADN vùng D-loop giữa bò nuôi, bò tót và bò rừng .16: So sánh trình tự ADN giữa các kiểu haplotype ở quần thể bò tót .17: So sánh trình tự ADN giữa các kiểu haplotype ở quần thể bò rừng.18: Cây phân loại di truyền giữa bò tót, bò rừng, bò Tây Tạng, bò rừng Châu Âu và bò nuôi.104 viii TIEU LUAN MOI download : skknchat@gmail.com MỞ ĐẦU Đánh giá tính đa dạng và những đặc điểm di truyền của quần thể, giống vật nuôi và động vật hoang dã ở mức độ phân tử đƣợc coi là công việc mở đầu và rất cần thiết đối với một chƣơng trình bảo tồn [88]. Chính vì vậy, từ những năm 1990 tổ chức Nông lƣơng thế giới (FAO) đã xây dựng một chƣơng trình tổng thể sử dụng các kỹ thuật di truyền phân tử để đánh giá sự đa dạng di truyền trong bản thân một quần thể và giữa các quần thể vật nuôi nhằm định hƣớng cho việc quản lý, bảo tồn và sử dụng nguồn gen động vật nuôi trên toàn cầu. Trong những năm gần đây, các phƣơng pháp sinh học phân tử đã đóng một vai trò quan trọng trong các nghiên cứu về di truyền quần thể và đa dạng di truyền. Nhiều kỹ thuật di truyền phân tử đƣợc sử dụng trong các nghiên cứu đa dạng di truyền nhƣ: RFLP, RAPD, minisatellites, microsatellites và phân tích đa hình hệ gen ty thể.